창업중소기업이 사업용 부동산을 취득한 뒤 침수와 자금조달 차질 등으로 2년 안에 직접 사용하지 못함

【심급】 1심 【세목】 취득세 【주문】 1. 피고가 2018. 2. 13. 원고에게 한 취득세 88,711,810원, 농어촌특별세 4,435,580원, 지방교육세 8,871,180원(각 가산세 포함)의 부과처분을 각 취소한다. 2. 소송비용은 피고가 부담한다. 【이유】 1.처분의 경위 가.원고는2014. 1. 20.개업하여 수산물가공 제조업을 영위하는 사업자로서, 2015. 10. 30.****,****외3필지의 토지1698.5㎡및 그 지상 건축물604.14㎡를 취득한 다음,그 무렵 피고로부터“원고가 위와 같이 취득한 부동산(이하‘이 사건 부동산’이라 한다)은 지방세특례제한법(2016. 12. 27.법률 제14477호로 개정되기 전의 것,이하 같다)제58조의3제1항에 따른 창업중소기업이 그 창업일로부터4년 이내에 취득한 사업용 재산에 해당한다.”는 이유로,취득세 등을 감면받았다. 나.피고는2018. 2. 13.원고에게“원고는 이 사건 부동산을 취득한 날부터2년 이내에 해당 사업에 직접 사용하지 않았으므로,감면된 세액을 추징해야 한다.”는 이유로,취득세88,711,810원,농어촌특별세4,435,580원,지방교육세8,871,180원(각 가산세 포함)의 부과처분(이하‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다. 다.원고는2018. 4. 13.이에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2018. 8. 14.원고의 청구를 기각하는 재결이 내려졌다. [인정근거]다툼 없는 사실,갑 제1, 2, 3호증,을 제1, 2, 3호증의 각 기재,변론 전체의 취지 2.처분의 적법 여부 가.원고의 주장 철거공사 후 이 사건 부동산에서 만조시 배수관 역류로 침수가 발생함을 알게 되었으나 피고 측은 이를 해결해주지 않았고,수산물 산지가공시설사업 대체 보조사업자로 선정됨에 따라 주관은행의 융자가 거절되고,입찰절차를 거치게 되었으며,다시 시공방법을 변경하여 건축허가를 받게 되는 등의 추가적인 과정을 거치면서 유예기간 내에 준공하지 못하였을 뿐이고,현재 원고가 이 사건 부동산에서 공장용 건축물을 신축 중에 있음에도,원고가 정당한 사유 없이 이 사건 부동산을 유예기간 내에 직접 사용하지 않은 것으로 보아서 이루어진 이 사건 처분은 위법하다. 나.인정사실 (1)원고는2015. 10. 30.이 사건 부동산을 취득한 후2015. 12. 8.건축도급공사계약을 체결하고2015. 12. 29.건축허가를 받아2016. 5. 2.착공신고, 2016. 5. 6.기존 건축물에 대한 철거·멸실 신고를 하였다. 한편****는2014. 12. 31. 2015년도**** 중소기업육성자금 지원계획을 공고하였고,원고는2015. 12. 21.****에 시설설비지원자금 융자승인 신청을 하였으나,주관은행인**** 측은 원고에 대한 대출을 승인하지 않았다. (2)원고는2016. 5. 9.피고 측에게 이 사건 부동산에 침수가 발생하였다는 취지의 민원을 접수하였다.그리고 원고는2016. 12.경****로부터2017년도 시설자금지원신청을 하였고, 2017. 4. 21.****로부터 시설자금지원보조사업자로 지정되었다. (3)원고는 시설자금지원보조사업자로 지정된 후2017. 8. 7.당초 건축허가를 취소한 다음, 2017. 11. 10.다시 건축허가를 받았고, 2018. 1. 24.입찰에 의해 선정한 새로운 공사업체와 사이에 공장신축을 위한 공사도급계약을 체결하였다. (4)원고는2018. 4. 2.착공신고한 다음, 2018. 4. 27.****에 지반공사방법을 파일천공 방법에서 팽이파일 공법으로 시공방법을 변경하겠다는 취지의 공기연장 사유서를 제출하였다. (5) 2018. 5. 3.피고 측의 현지조사 당시,이 사건 부동산 일부 부지에 건물바닥 부분에 시멘트 타설이 되어 있었다. [인정근거]다툼 없는 사실,갑 제4내지9, 11, 12, 13, 14, 19내지24, 27호증(가지번호 포함,이하 같다),갑 제10, 15, 16호증의 각 영상,변론 전체의 취지 라.판단 (1)지방세특례제한법 제58조의3제1항에 의하면, “창업중소기업 등이 해당 사업을 하기 위하여 창업일부터4년 이내에 취득하는 사업용 재산에 대해서는 취득세의100분의75에 상당하는 세액을 감면한다.다만,취득일부터2년 이내에 그 재산을 정당한 사유 없이 해당사업에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 감면받은 세액을 추징한다.”고 규정하고 있다. 위 규정에서 말하는‘정당한 사유’란 그 취득 부동산을 해당사업에 사용하지 못한 것이 법령에 의한 금지·제한 등 외부적인 사유로 인한 경우는 물론 내부적으로 그 부동산을 해당 사업에 사용하기 위하여 정상적인 노력을 하였음에도 불구하고 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 경우도 포함한다.그리고 정당한 사유의 유무를 판단할 때에는 부동산의 취득목적에 비추어 그 목적사업에 직접 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단,목적사업에 사용할 수 없는 법령상·사실상의 장애사유 및 장애정도,창업중소기업이 부동산을 목적사업에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 한다.다만,창업중소기업이 부동산을 취득할 당시2년 이내에 해당 사업에 직접 사용할 수 없는 법령상의 장애사유가 있음을 알았거나,설사 몰랐다고 하더라도 조금만 주의를 기울였더라면 그러한 장애사유의 존재를 쉽게 알 수 있었던 상황에서 부동산을 취득하였고,취득 후2년 이내에 그 부동산을 해당 사업에 직접 사용하지 못한 것이 동일한 사유 때문이라면,취득 전에 존재한 법령상의 장애사유가 충분히 해소될 가능성이 있었고 실제 그 해소를 위하여 노력하여 이를 해소하였는데도 예측하지 못한 전혀 다른 사유로 해당 사업에 사용하지 못하였다는 등의 특별한 사정이 없는 한,그 법령상의 장애사유는 취득한 부동산을 해당 사업에 직접 사용하지 못한 것에 대한 정당한 사유가 될 수 없다(대법원2012. 12. 13.선고2011두1948판결의 취지 참조). (2)원고가 이 사건 부동산을 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있는지 여부에 관하여 보건대,위 인정사실 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들,즉①특정 부동산이 천재지변시에 침수가 발생한다는 사실은 쉽게 파악할 수 있는 것은 아니므로,원고가 조금만 주의를 기울였다면 장애사유를 알 수 있었다고 볼 수는 없는 점,침수발생 문제는 원고의 개인적인 노력으로 해결하기 어려운 측면이 있으므로,관계당국에 민원을 제기하고 그 회신을 기대해보는 기간을 갖는 것은 이례적이라고 할 수 없는 점,②원고는 이 사건 부동산을 취득할 무렵에 시설자금융자를 신청하였으나,**** 측에서 승인을 얻었음에도 은행 측으로부터 거부되었던바,원고로서는 건축에 소요될 자금운용에 있어 예측할 수 없었던 장애사유가 발생하였다고 보이는 점,③원고로서는 다시 건축자금 확보를 위해서는 다음 연도의 다른 시설자금융자를 신청할 기회를 기다릴 수밖에 없었을 것으로 보이는 점,따라서 원고가 침수사실을 알게 된 즉시 설계변경 및 공사진척 등으로 나아가지 않았다고 하더라도,장애사유를 해결할 적극적인 조치에 나아가지 않았음을 비난하기 어려운 점,④그런데 시설자금융자를 받게 될 경우 시설공사계약은 입찰에 의해서 진행해야 하는 등의 제약이 발생하게 되고,그 결과 원고는 기존의 건축허가 및 공사도급계약의 절차진행을 포기하고 새로 그 과정을 갱신해야 했던 것으로 보이는 점,⑤원고는 실제로 이 사건 부동산에 공사를 진척시켰고,원고가 이 사건 부동산을 취득한 이유는 미국 등에 수산물을 수출하기 위한 공장을 설립하기 위한 것으로서 원고의 잦은 해외출국이 불가피하였기 때문에 다른 대안을 고려하기 어려웠을 것으로 보이는 점 등을 종합하면,원고는 이 사건 부동산을 해당 사업에 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있다고도 볼 수 있다. (3)따라서 이와 다른 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 위법하므로,취소되어야 한다. 3.결론 그렇다면 원고의 청구는 이유 있어 이를 인용하기로 하여,주문과 같이 판결한다.