1세대 1주택자가 재건축으로 취득한 조합원입주권을 양도하고 전체 양도차익에 대해 장기보유특별공제 적용을 요구함

• 원고는 1987년에 서울 서초구에 1세대 1주택을 보유하고 있었다.
• 2010년 서울시 서초구청장이 해당 주택을 포함한 지역에 대해 재건축 관리처분계획을 승인했다.
• 원고는 재건축으로 조합원입주권을 취득했고, 2015년 1월 이 입주권을 26억 원에 양도했다.
• 2015년 4월 원고는 양도소득세 신고 시 관리처분계획 전 양도차익에만 장기보유특별공제를 적용해 세금을 납부했다.
• 2015년 6월 원고는 전체 양도차익에 대해 장기보유특별공제를 적용해 환급을 요구했으나, 세무서는 이를 거부했다.
• 원고는 이의신청과 조세심판원 심판청구를 했으나 모두 기각되자 소송을 제기했다.

원고가 재건축으로 취득한 조합원입주권을 양도하면서 전체 양도차익에 대해 장기보유특별공제를 적용할 수 있는지가 쟁점이었다. 법원은 1세대 1주택을 보유하다 취득한 조합원입주권의 양도차익 전체에 장기보유특별공제를 적용해야 한다고 판단해 원고의 손을 들어주었다.

• 재건축 조합원입주권은 1세대 1주택으로 간주되므로 장기보유특별공제 대상에 포함된다.
• 관리처분계획 인가 전 양도차익에만 공제를 제한하는 것은 합리적 근거가 없는 차별이다.
• 대법원 판례에 따르면 재건축 조합원입주권은 주택으로 의제되고, 고가주택에 해당하면 장기보유특별공제를 받을 수 있다.
• 관련 법령 개정에도 불구하고 기존 대법원 판례 입장을 변경할 특별한 이유가 없다.
• 따라서 전체 양도차익에 대해 장기보유특별공제를 적용하는 것이 타당하다.

재건축으로 취득한 조합원입주권을 양도할 때는 전체 양도차익에 장기보유특별공제를 적용할 수 있다. 세무서가 일부만 공제 대상으로 본 처분은 법원에서 위법하다고 판단되었다.