1세대 1주택자가 재건축으로 취득한 조합원입주권을 양도하고 전체 양도차익에 대해 장기보유특별공제 적용을 요구함

【원 고】 【피 고】 동작세무서장 (공익법무관 이진혁) 【변론종결】2016. 10. 19. 【주 문】 1. 피고가 2015. 8. 7. 원고에 대하여 한 2015년 귀속 양도소득세 122,531,588원의 경청거부처분을 취소한다. 2. 소송비용은 피고가 부담한다. 【청구취지】 주문과 같다. 【이 유】1. 처분의 경위 가. 원고는 1987. 11. 25. 서울 서초구 (주소 생략)○○○아파트(동·호수 1 생략)(이하 ‘이 사건 주택’이라 한다)을 취득하였다. 나. 서울시 서초구청장은 2010. 8. 26. 이 사건 주택을 포함한 (주소 생략) 대 66,337.7㎡에 관하여 주택재건축을 위한 관리처분계획인가를 하였고, 이에 따라 원고는 (주소 생략)△△△△△△△(동·호수 2 생략)의 입주권(이하 '이 사건 조합원입주권‘이라 한다)을 취득한 후 2015. 1. 20. 소외인에게 이 사건 조합원입주권을 26억 원에 양도하였다. 다. 원고는 2015. 4. 27. 이 사건 입주권의 전체 양도차익 중 관리처분계획 전 양도차익에 대해서만 장기보유특별공제를 적용하여 양소득세 220,763,441원을 신고·납부하였다. 라. 그 후 원고는 1세대 1주택의 9억 원 초과 고가주택으로 의제되는 이 사건 입주권은 관리처분계획 인가일 전 양도차익에 대해서만 장기보유특별공제가 적용되는 것이 아니라 전체 양도차익에 대하여 장기보유특별공제가 적용된다고 주장하면서 2015. 6. 9. 피고에게 양도소득세 122,531,588원을 환급해 달라는 내용의 경정청구를 하였으나, 피고는 2015. 8. 7. 원고에게 ‘이 사건 조합원입주권의 관리처분계획인가일 이후의 양도차익에 대하여는 장기보유특별공제가 적용되지 않는다’는 이유로 위 경정청구를 거부하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다). 마. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2015. 8. 25. 이의신청하였으나 2015. 9. 18. 기각되었고, 2015. 12. 15. 조세심판원에 심판청구를 하였으나 2016. 3. 22. 기각되었다. [인정근거] 갑 제1 내지 8호증, 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지 2. 이 사건 처분의 적법 여부 가. 원고의 주장 이 사건 조합원입주권은 1세대 1주택으로 의제되므로, 장기보유특별공제 적용대상 양도차익은 관리처분계획인가 전 양도차익으로 한정되는 것이 아니라 전체 양도차익으로 보아야 한다. 따라서 이와 다른 전제에 선 이 사건 처분은 위법하다. 나. 관계법령 별지 관계법령 기재와 같다. 다. 판단 아래와 같은 사정들에 비추어 보면, 이 사건처럼 1세대 1주택을 보유하던 자가 취득한 조합원입주권(9억 원 초과)을 양도하는 경우에도 양도시까지의 양도차익에 따른 장기보유특별공제가 적용되어야 한다. 따라서 이와 다른 전제에 선 이 사건 처분은 위법하다. ① 구 소득세법 시행령(2015. 6. 1. 법률 제26302호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제155조 제17항에 따라 구 소득세법(2015. 3. 10. 법률 제13206호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제89조에서 규정하는 비과세 대상인 1세대 1주택으로 의제되는 이상, 구 소득세법 제95조에서 규정하는 장기보유특별공제대상이 되는지를 판단함에 있어서도 주택으로 봄이 상당하다. ② 비과세 대상이 아닌 1세대 1주택을 소유하다가 양도하는 경우에는 장기보유특별공제가 적용되는 반면, 비과세 대상이 아닌 1세대 1주택을 소유하다가 취득한 조합원입주권을 양도하는 경우에 장기보유특별공제대상에 해당하지 않는다고 해석하다면 양자 사이에 합리적인 근거 없는 차별이 발생한다. ③ 소득세법이 2013. 1. 1. 법률 제11611호로 개정되면서 제95조 제2항에 ‘94조에 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 「도시 및 주거환경정비법」 제48조에 따른 관리처분계획 인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에“ 부분이 추가되었다. 그러나 종래 대법원은 “구 소득세법(2005. 12. 31. 법률 제7837호로 개정되기 전의 것) 제89조 제3호, 제95조, 구 소득세법 시행령(2005. 2. 19. 대통령령 제8705호로 개정되기 전의 것) 제154조, 제155조 제16항, 제156조, 제159조의2 제2호, 제160조의 취지를 종합하면, 재건축조합의 조합원이 기존주택과 토지를 재건축조합에 제공하고 승인된 사업계획에 따라 당해 조합을 통하여 취득한 입주자로 선정된 지위(분양권)를 양도하는 경우 구 소득세법 시행령 제154조 제1항 소정의 1세대 1주택 비과세 요건을 갖춘 경우에는 그 분양권은 ‘부동산을 취득할 수 있는 권리’에 해당함에도 불구하고 시행령 제155조 제16항이 정하는 바에 따라 ‘주택’으로 의제되고(대법원 2005. 3. 11. 선고 2004두9456 판결 참조), 그 양도당시 실지거래가액이 6억 원을 초과하는 고가주택에 해당하여 양도소득세가 부과되는 경우에는 장기보유특별공제를 받을 수 있다(대법원 2007. 6. 14. 선고 2006두16854 판결)”는 입장이었고, 위 소득세법 개정에도 불구하고 현재 위와 같은 대법원 입장을 변경할 필요성은 특별히 엿보이지 않는다. 3. 결론 원고의 청구는 이유 있어 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다. [별지 생략] 판사 송병훈