비영리내국법인이 수익사업에서 얻은 수입배당금을 고유목적사업에 직접 지출하고, 그 금액을 손금에 산입하여 법인세 경정청구를 하였다.

• 원고는 비영리내국법인으로서 수익사업을 통해 주식회사 OO회사로부터 수입배당금을 받았다.
• 원고는 2011 사업연도 법인세 8,220,168,000원에 대해 경정청구를 하였고, 피고는 2017. 2. 28.자로 이를 일부 거부하는 처분을 하였다.
• 원고는 2012 사업연도 법인세 7,061,124,563원에 대해서도 경정청구를 하였고, 피고는 2018. 3. 29.자로 일부 거부처분을 하였다.
• 원고는 위 각 거부처분의 취소를 구하는 소송을 제기하였고, 제1심인 춘천지방법원은 2020. 8. 11. 2019구합52148 판결로 원고 청구를 일부 인용하고 나머지를 기각하였다.
• 원고가 항소하였고, 항소심 법원은 2021. 11. 10. 변론을 종결한 뒤 제1심판결을 일부 변경하는 판결을 선고하였다.

원고인 비영리내국법인이 2011·2012 사업연도 법인세에 대해 경정청구를 하였고, 피고가 이를 일부 거부하자 소송을 냈다. 법원은 고유목적사업준비금을 설정하지 않았더라도 수익사업 재원을 고유목적사업에 직접 지출한 금액은 손금에 산입할 수 있다고 보아, 2011 사업연도 거부처분 중 6,953,165,663원을 초과하는 부분을 취소하고 나머지 청구는 기각하였다.

• 법원은 조세법규라도 법규 상호 간 해석을 통해 의미를 명확히 할 필요가 있으면 입법 취지와 목적을 고려한 합목적적 해석이 불가피하다고 보았다.
• 구 법인세법 제29조는 비영리내국법인이 고유목적사업준비금을 손금으로 계상하면 일정 범위에서 손금에 산입하고, 5년 내 사용하지 않으면 익금에 산입하도록 하여 과세를 이연해 주는 제도라고 설명하였다.
• 원고 같은 비영리법인이 수익사업을 하면 구분경리 원칙에 따라 수익사업과 비수익사업의 회계를 나눠 기록해야 하므로, 수익사업 소득을 고유목적사업에 지출한 것은 원칙적으로 손금에 산입할 수 없다고 보았다.
• 그러나 구 법인세법 제29조 제2항은 고유목적사업준비금 잔액을 초과해 고유목적사업에 지출한 금액을 해당 사업연도의 손금으로 계상할 수 있게 하는데, 이는 공익사업 지출을 장려하려는 취지라고 해석하였다.
• 고유목적사업준비금을 아예 설정하지 않은 법인도 수익사업 재원을 고유목적사업에 직접 지출한 경우 손금산입을 인정할 필요성이 같고, 신설법인처럼 준비금 잔액이 없는 경우와 형평을 맞춰야 한다고 보았다.
• 또한 고유목적사업준비금을 설정하지 않은 법인도 관련 서류를 갖춰 손금으로 계상할 수 있다는 것이 국세행정 관행으로 납세자들에게 받아들여졌고, 원고도 2011·2012 사업연도 법인세 신고 시 이러한 절차를 따른 것으로 보인다고 판단하였다.

이 사건은 비영리법인이 고유목적사업준비금을 설정하지 않았더라도 수익사업에서 얻은 수입배당금을 고유목적사업에 직접 지출한 경우 그 금액을 손금에 산입할 수 있다는 점을 확인한 판결이다. 법원은 준비금 설정 여부에 따라 손금산입 가능 여부가 달라지면 형평에 어긋난다는 점과 국세행정 관행을 근거로 원고의 청구를 일부 받아들였다.