상장법인 대주주가 보유 주식을 대량 매도한 후 사망하자, 상속인들이 취득가액을 높게 신고했으나 과세관청이 무상주 취득가액을 0원으로 보아 양도소득세를 부과함.

【심급】 1심 【세목】 기타 【주문】 1. 피고가 2003. 2. 3. 원고들에 대하여 한 양도소득세 및 가산세 9,360,536,770원의 부과처분 중 4,121,529,976원을 초과하는 부분을 취소한다. 2. 원고들의 나머지 청구를 기각한다. 3. 소송비용은 이를 5분하여 그 2는 원고들이 부담하고, 나머지는 피고가 부담한다 【이유】 1. 처분의 경위 등 가. 원고들의 선대인****는 1999. 4. 5.부터 1999. 11. 9.까지 기간 동안 상장법인인****의 대주주로서 같은 주식회사가 발행한 이 사건 쟁점주식 10,370,662주를 대금 102,161,691,600원에 매도하고 1999. 11. 24. 사망하여 그의 상속인인 원고들이 피고에게 쟁점주식의 취득가액을 101,490,174,234원으로 산정한 양도차익을 과세표준으로 하여 양도소득세를 신고ㆍ납부하였는데, 피고는 2003. 2. 3. 원고들에 대하여 쟁점주식의 취득가액을 60,949,622,400원으로 산정한 양도차익을 과세표준으로 하여 청구취지 기재와 같은 이 사건 처분을 하였다(다툼 없는 사실). 나.****가 1999. 1. 1. 현재 소유한****발행의 주식은 1989. 6. 28. 유상증자로 주당 발행가 20,700원에 취득한 1,091,128주를 포함한 7,000,000주였는데, 1999. 6.경 유상증자로 4,368,952주를 주당 발행가 7,700원에 취득하고, 1999. 10.경 130,000주를 매입하는 대신, 1999. 1.경 300,000주를 타에 증여하고 1999. 11.까지 10,370,622주를 매도함으로써 사망당시 소유한 주식 수량은 828,330주(＝7,000,000주＋4,368,952주＋130,000주－300,000주－10,370,622주)이고, 한편,****가 주식 300,000주를 증여하고 1999. 4.경 주식을 매도하기까지 보유한 주식은, ① 1988. 4. 29. 자산재평가적립금의 자본전입에 따라 무상주로 취득한 6,432,861주 가운데 처분되지 아니한 3,845,901주, ② 1989. 6.경 유상증자로 취득한 1,091,128주, ③ 1989. 7. 14. 자본준비금인 주식발행초과금의 자본전입에 따라 무상주로 취득한 519,938주, ④ 이익잉여금의 자본전입에 따라 1991. 2.경 액면가로 배당받은 323,012주와 1992. 2.경 배당받은 150,021주를 합한 473,033주, ⑤ 1996년 대금 5,743,952,900원에 취득한 570,000주와 1997년 대금 1,990,365,500원에 취득한 200,000주를 합한 770,000주로 합계 6,700,000주(＝∑①~⑤＝7,000,000주－300,000주)인바,****이 발행한 주식의 주당 액면가액은 5,000원이다(갑 3~8, 을 3-1~6의 각 기재, 증인 김사철의 일부 증언, 변론 전체의 취지). 2. 처분의 적법 여부 가. 원고들의 주장 일반적인 주식거래의 실정에 비추어 볼 때, 주식배당이나 유상증자를 포함하여 무상증자 등으로 신주가 발행되면 기존주식의 가치 일부가 신주인수배정일 다음날에 이른바 권리락(權利落)가격으로 조정되면서 신주식으로 이전됨으로써 기존주식이나 신주식이 동가성 및 동질성을 가지게 되는 것이어서, 무상증자 등으로 주식수가 늘어나는 경우에는 증권거래소업무규정 시행세칙에서 정한 환산식에 따라 기준가격이 합리적으로 산정되어야 하므로 무상주를 취득하였다고 하여 그 취득원가를 ‘0’원으로 볼 수 없을 뿐만 아니라, 이러한 주식의 동질성과 동가성 내지 가치이전현상을 감안해 볼 때, 주식의 취득원가를 계산함에 있어서는 유가증권의 평가나 투자주식의 평가에 관하여 금융감독위원회규칙인 기업회계기준에서 정한 이른바 총평균법이나 이동평균법에 따라 평가하여야 하는 것이지 이를 무시한 채 이른바 선입선출법에 따라 각 시기별 양도주식을 의제특정하고 개별적으로 취득원가를 산정하면서 무상 주식은 ‘0’원, 유상 주식은 발행가액, 배당 주식은 액면가를 각 취득원가로 평가하여서는 아니 된다고 할 것인바, 이 사건 처분은 이러한 취득원가의 평가방법을 위반하여 이른바 선입선출법에 의한 개별산정의 방식에 따라 양도차익을 산정함으로써 관계법령을 위반하였을 뿐만 아니라, 이 사건 쟁점주식 중 1988. 4.경 자산재평가적립금의 자본전입에 따라 취득한 무상주는 당초 배정된 6,432,861주 가운데 1988. 7. 기업을 공개할 무렵 일반공모에 의하여 매각된 1,738,000주와 1988. 10. 15.부터 1988. 12. 19.까지 사이에 각 증권회사에 위탁매매한 1,850,000주(＝쌍용증권 600,000주＋한신증권 850,000주＋대신증권 400,000주) 등 합계 3,588,000주(＝1,738,000주＋1,850,000주)를 공제한 2,844,861주(＝6,432,861주－3,588,000주)에 불과하였고, 나머지는 적법한 평가방법에 따라 취득원가가 25,446원38전으로 환산되는 종전 보유주식 1,001,040주인데도 이 부분 주식마저 취득가액이 없는 무상주인 것으로 사실을 오인함으로써 양도차익을 25,472,844,235원2전(＝1,001,040주×25,446원38전)이나 과다하게 산정한 위법이 있다. 나. 관계법령 별지 1 기재와 같다. 다. 판단 ⑴ 평가방법에 관한 법령 위반 여부 원고가 주장하는 이른바 ‘총평균법’이나 ‘이동평균법’에 의한 평가방식은 주식거래의 실정에 기초한 합리적인 기준가격의 산정방식으로 볼 수 있으나 어디까지나 일정 시점에서 자산을 평가하는 방법일 뿐이며 그 자체로서 취득가액을 산정할 근거가 된다고 할 수 없고, 이 사건과 같이 상장법인의 주식거래가 증권회사의 위탁계좌를 통하여 하루에도 수회씩 대량으로 매매되는 사정으로 말미암아 양도주식의 취득시기가 주권발행번호 등으로 제대로 확인되지 않는 경우(갑 8만으로 확인된다고 보기 어렵다), 비록 양도주식의 취득시기가 분명하지 아니하지만 취득순서에 개별적으로 대응하여 먼저 취득한 주식을 먼저 양도한 것으로 간주하는 관계법령의 규정은 과세관청이 취득원가를 산정할 수 있도록 취득원가의 산정방식을 포함하는 취지이고, 이와 같은 산정방식에 근거하여 양도 주식에 대응하는 취득주식을 개별적으로 특정하여 취득원가를 산정할 수 있는 이상, 피고가 관계법령(시행령 162조 제5항)에 정한 ‘선입선출의 방식’에 따라 산정한 것을 위법하다고 할 수는 없다(잔존 보유주식의 비율이 쟁점주식의 8%에 이르지 못하고 있는 점을 고려해 볼 때, 이른바 ‘후입선출의 방식’에 따라 산정하더라도 결론이 크게 달라질 것도 아니다). ⑵ 무상주 수량의 오인 여부 ****가****의 기업공개에 임박하여 재평가적립금의 자본전입에 따른 무상주 6,432,861주를 취득한 다음 증권회사를 통하여 3,588,000주를 매도한 사실은 인정되나(을 3-6, 변론 전체의 취지), 위 매도 주식이 위 무상주식의 일부라는 점에 부합하는 증인 김사철의 일부 증언은****가 그 무렵 이미 무상주 이외에 4,534,337주를 보유하고 있었으며 상장주식의 거래가 증권회사를 통하여 증권예탁원에 혼장임치되고 거래가 있을 때마다 증권예탁통장에 지분율만 조정되는 일반적인 거래실정(을 3-6, 변론 전체의 취지)에 비추어 이를 선뜻 믿기 어렵고, 갑 9~14의 각 기재만으로는 이를 인정하기 부족하며, 앞서 인정한 쟁점주식의 분포내용과 달리 원고의 주장사실은 인정할 증거가 없으므로, 피고가 무상주의 수량을 쟁점주식과 같은 내용으로 인정한 것을 위법하다고 할 수는 없다. ⑶ 무상주 취득가액 산정의 적법 여부 다만, 피고가 관계법령에 따라 쟁점주식의 취득시기가 불분명하여 이른바 ‘선입선출의 방식’에 따라 취득주식을 개별적으로 특정하여 취득원가를 산정함에 있어 무상주의 취득가액을 ‘0’원으로 평가한 것이 적법한지 여부에 관하여 보건대, 쟁점주식 중 앞서 본 무상주 4,635,839주(이 판결 이유 1.나의 ①, ③항 각 기재 부분 참조)는 액면가액을 초과하여 발행한 주식의 발행가액과 액면가액의 차액으로 발생된 자본준비금이거나 자산재평가로 발생한 재평가적립금 등 이른바 자본잉여금의 자본전입에 따라 취득한 무상주로서, 피고는 이러한 무상주의 취득에 금원이 소요되지 아니하여 그 취득가액을 전혀 인정할 수 없음을 전제로 양도차익을 산정하고 있으나, 자본준비금이나 재평가적립금 등 자본잉여금의 자본전입에 따른 무상주는 ― ① 자본준비금은 출자자가 불입한 자본에 해당하는 것으로 처음부터 과세대상인 소득이 아니며, 재평가차액은 자산의 재평가를 통하여 감가상각비 등의 계상을 적정화 하도록 촉구하기 위하여 저율의 재평가세를 부과하는 대신 과세대상에서 제외할 필요성이 있는 등으로 자본잉여금과 관하여는 법인세나 소득세를 부과하지 아니하고 있는데, 자본잉여금의 자본전입에 따라 취득한 무상주의 취득가액이 인정하지 아니하고 양도차익을 산정할 경우에는 자본잉여금과 관하여 법인세나 소득세를 부과하지 아니하는 세법의 기본취지에 어긋나고, ② 배당이익이 액면가액으로 표시된 주식으로서 이익준비금의 자본전입에 따라 취득한 주식과 마찬가지로, 자본잉여금의 자본전입에 따른 무상주의 경우도 출자자가 실질적으로 출자한 금액이나 재평가차액의 원천이 액면가액으로 표시된다고 볼 수 있는만큼, 무상주의 액면가액에 표시된 자본준비금이 무상주의 취득을 위하여 실제로 지출된 금액이 아니라고 할지라도 이를 ‘주식을 취득하기 위하여 지출한 금액’으로 해석할 여지가 있으며(대법원 1994. 9. 9. 선고 93누19733판결참조), ③ 특별히 이 사건과 같이 자산재평가적립금의 일부(349억원)를 자본으로 전입하여 액면금 5,000원인 무상주 698만주를 발행한 것과 관련하여 자산재평가세로 31억원 이상을 납부하였음에도(갑 15~20), 위 무상주의 취득가액을 전혀 인정하지 아니하게 되면 액면가액 상당의 재평가적립금에 관하여 이중과세의 비난을 면하기 어려워 구체적 타당성도 없는 점 등의 이유로 ― 이익잉여금의 자본전입에 따른 주식배당의 경우와 마찬가지로 그 액면가액을 무상주의 취득가액으로 인정함이 상당하다 보아야 할 것이므로, 이 사건 처분은 자본잉여금의 자본전입에 따라 취득한 무상주의 취득가액 산정에 관하여 견해를 달리함을 전제로 하는 부분에 한하여 위법하다. ⑷ 중간결론 : 정당한 세액의 산정 앞서 본 법리에 따라 쟁점주식 10,370,622주 가운데 무상주 4,635,839주의 취득가액을 액면가액으로 보고 쟁점주식의 취득가액을 산정하면(이 판결 이유 1.나.항 참조) 82,778,817,400원{＝4,635,839주×5,000원(위①,③)＋1,091,128주×20,700원(위②)×473,033주×5,000원(위④)＋7,734,318,400원(위⑤)＋3,670,622주×7,700원}이 되고, 위 취득가액을 근거로 관계법령에 정한 세율과 양도차익의 산정방식에 따라 정당한 세액을 산정하면 [별지 2] 기재와 같이 4,121,529,976원이 되므로, 이 사건 처분은 위 인정 세액을 초과하는 부분에 한하여 위법하다. 3. 결론 그렇다면, 이 사건 처분이 위법함을 이유로 그 취소를 구하는 원고들의 이 사건 청구는 위 인정범위에 한하여 이유 있으므로 일부 인용한다.