원고가 2014~2017년 연구·인력개발비 지출에 따른 세액공제 적용을 기대하며 법인지방소득세 감면을 청구함.

【원고, 항소인】 **** (소송대리인 법무법인(유한) 태평양 담당변호사 **** 외 3인) 【피고, 피항소인】 **** 외 1인 (소송대리인 법무법인(유한) 바른 외 1인) 【참가행정청】 **** 【제1심판결】 **** **** 선고 **** 판결 【변론종결】**** 【주 문】 1. 제1심판결을 취소한다. 2. 피고들이 원고에 대하여 한 별지 목록 기재 법인지방소득세 경정거부처분을 모두 취소한다. 3. 소송총비용 중 참가로 인한 부분은 참가행정청이, 원고와 피고 **** 사이에 생긴 부분은 피고 ****이, 원고와 피고 **** 사이에 생긴 부분은 피고 ****이 각 부담한다. 【청구취지 및 항소취지】 주문과 같다. 【이 유】1. 처분의 경위 이 법원이 이 부분에 적을 이유는 제1심판결의 해당 부분(2쪽 6행부터 3쪽 아래에서 6행까지) 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 인용한다(약칭도 그대로 사용한다). 2. 원고의 주장 이 법원이 이 부분에 적을 이유는 제1심판결의 해당 부분(3쪽 아래에서 3행부터 4쪽 끝까지) 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 인용한다. 3. 관계 법령 이 법원이 이 부분에 적을 이유는 제1심판결의 해당 부분(별지) 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 인용한다. 4. 판단 가. 관련 법리 조세법령의 개정이 있는 경우 개정 전·후의 법령 중에서 납세의무가 성립될 당시의 법령을 적용하는 것이 원칙이라 할 것이나, 조세법령이 납세의무자에게 불리하게 개정된 경우에 개정된 법령이 ‘이 법 시행 당시 종전의 규정에 의하여 부과 또는 감면하여야 할 …세에 대하여는 종전의 규정에 따른다’는 경과규정을 두고 있고, 납세의무가 성립하기 전의 원인행위 시에 유효하였던 종전 규정에서 이미 장래의 한정된 기간 동안 그 원인행위에 기초한 과세요건의 충족이 있는 경우에도 특별히 비과세 내지 감면한다는 등의 내용을 명시적으로 규정한 것으로 볼 수 있다면, 이러한 경과규정은 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 납세의무자에게 유리한 종전 규정을 적용하도록 한 특별규정에 해당하므로, 납세의무자가 종전 규정에 의한 조세감면 등을 신뢰하여 종전 규정의 시행 당시에 과세요건의 충족과 밀접하게 관련된 직접적인 원인행위로 나아감으로써 일정한 법적 지위를 취득하거나 법률관계를 형성하는 등 그 신뢰를 마땅히 보호하여야 할 정도에 이른 경우에는 예외적으로 납세의무 성립 당시의 법령이 아니라 그 원인행위가 이루어진 당시의 법령인 종전 규정이 적용된다고 할 것이나, 이러한 정도에 이르지 않은 경우에는 설령 납세의무자가 종전 규정에 의한 조세감면 등을 신뢰하였더라도 이는 단순한 기대에 불과하므로, 원칙으로 돌아가 종전 규정이 아니라 납세의무 성립 당시의 법령이 적용된다고 할 것이다(대법원 1994. 5. 24. 선고 93누5666 전원합의체 판결, 대법원 2001. 5. 29. 선고 98두13713 판결, 대법원 2015. 9. 24. 선고 2015두42152 판결 등 참조). 나. 불리한 개정 ○ 구 지방세법은 법인세법에 따라 납부하여야 하는 법인세액을 과세표준으로 하여 세율 100분의 10을 적용한 세액을 지방소득세 법인세분(구 지방세법상 ‘지방소득세 법인세분’과 개정 지방세법상 ‘법인지방소득세’는 모두 내국법인의 소득에 대하여 내국법인이 지방자치단체에 납부하는 세목으로 그 실질에 있어서 차이가 없으므로, 이하 따로 구분하지 않고 ‘법인지방소득세’라고 한다)으로 정하였다(제85조 제4호, 제89조 제1항, 제94조 제1항). ○ 구 지방세법 당시 시행 중이던 구 조특법은 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 해당 연구·인력개발비 중 일정 비율로 계산한 금액을 해당 과세연도의 법인세에서 공제하되, 해당 과세연도에 납부할 세액이 없거나 법인세 최저한세액에 미달하여 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 해당 과세연도의 다음 과세연도 개시일부터 5년 이내에 끝나는 각 과세연도에 이월하여 그 이월된 각 과세연도의 법인세에서 공제할 수 있도록 정하였다(제10조, 제132조, 제144조). ○ 위와 같이 구 지방세법에서는 법인지방소득세가 법인세액을 기초로 산출됨으로써 법인세액 산정 시 반영된 구 조특법 제10조, 제144조에 따른 연구비 등의 세액공제 및 이월공제의 효과를 함께 누리는 구조로 규정되어 있었다. ○ 개정 지방세법은 법인세법 제13조에 따라 계산한 금액(법인의 해당 사업연도 소득에서 이월결손금, 비과세소득, 소득공제액을 뺀 금액)을 과세표준으로 하여 과세표준에 따른 세율을 적용한 세액을 법인지방소득세로 정하면서(제103조의19, 제103조의20), 지방세특례제한법에 법인지방소득세에 대한 세액 공제·감면 규정이 없는 이상 기존의 조세특례제한법에 따른 세액 공제·감면은 이루어지지 않게 되었다(제103조의22). 나아가 지방세특례제한법은 개인지방소득세에 관하여는 연구비 등에 대한 세액공제 규정을 두고 있으나, 법인지방소득세에 관하여는 연구비 등에 대한 세액공제 규정을 두고 있지 않다. ○ 위와 같이 개정 지방세법 시행 후에는 법인세에 관하여는 여전히 구 조특법 제10조, 제144조에 따라 지출한 연구비 등의 세액공제 및 이월공제가 가능하나, 법인지방소득세에 관하여는 더 이상 세액공제 및 이월공제를 받을 수 없게 되었다. 다. 이 사건 경과규정에 따라 종전 규정이 적용될 수 있는지 여부 ○ 개정 지방세법 부칙 제15조(이하 ‘이 사건 경과규정’이라 한다)는 “이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다.”라고 규정하고 있다. 앞서 관련 법리에서 본 바와 같이 위와 같은 경과규정은 조세법령이 납세의무자에게 불리하게 개정된 경우 일정한 요건 하에 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 종전 규정이 적용되도록 하는 특별규정으로서 기능하게 된다. 그렇다면 위와 같은 일정한 요건이 충족되었는지 여부에 관하여 구체적으로 살펴본다. ○ 구 지방세법은 법인지방소득세에 관하여 법인세법에 따라 납부하여야 하는 법인세액을 과세표준으로 하여 100분의 10의 세율을 적용하여 계산한다고만 규정하고 있어서(제85조 제4호, 제89조 제1항, 제94조 제1항) 그 최종적인 세액을 확정하기 위해서는 법인세법 제13조, 제55조 등 법인세액을 산출하는 규정과 구 조특법 제10조, 제144조 제1항 등과 같은 법인세액을 감면하는 규정 등을 아울러 적용하여야 한다. 즉 위 규정들이 모두 유기적으로 결합하여 법인지방소득세의 세액이 확정되는 것이므로, 위 규정들은 일체로서 이 사건 경과규정에서 말하는 ‘종전 규정’, 즉 법인지방소득세를 부과 또는 감면하는 규정이 된다. ○ 구 조특법 제144조 제1항은 “제10조에 따라 공제할 세액 중 해당 과세연도에 납부할 세액이 없거나 법인세 최저한세액에 미달하여 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 해당 과세연도의 다음 과세연도 개시일부터 5년이 끝나는 각 과세연도에 이월하여 그 이월된 각 과세연도의 법인세에서 공제한다.”라고 규정하고 있다. 즉 5년이라는 장래의 한정된 기간 동안 이월 세액공제 규정이 적용된다는 점을 명시적으로 규정하고 있다. 비록 구 조특법 제144조 제1항이 법인세에 관하여 규정하고 있기는 하지만, 앞서 본 바와 같이 구 지방세법은 법인세액을 법인지방소득세의 과세표준으로 삼고 있어 위 규정이 필연적으로 법인지방소득세를 감면하는 효과가 있다는 점은 명백하므로, 결국 구 조특법 제144조 제1항은 법인세뿐만 아니라 법인지방소득세에 관하여도 5년이라는 장래의 한정된 기간 동안 이월 세액공제 규정이 적용된다는 점을 명시하는 규정으로 볼 수 있다. ○ 원고는 위와 같이 5년간 이월 세액공제가 적용되어 법인세 및 법인지방소득세가 감면될 것이라는 점을 신뢰하여 이 사건 연구비 등을 지출하였다. ○ 그렇다면 앞서 본 관련 법리에서 정한 요건은 모두 충족되었다고 할 것이므로, 이 사건 경과규정은 원고의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 종전 규정이 적용되도록 하는 특별규정으로서 기능하게 되고, 그에 따라 종전 규정이 적용되어 2014 사업연도부터 2017 사업연도까지의 이 사건 연구비 등에 의한 법인세 이월 세액공제로 인하여 위 각 과세연도의 법인지방소득세도 함께 감면된다. 라. 소결 위와 같이 이 사건 연구비 등에 의한 법인세 이월 세액공제로 인하여 2014 사업연도부터 2017 사업연도까지의 법인지방소득세도 함께 감면되어야 한다는 취지의 원고의 경정청구를 거부한 이 사건 각 처분은 위법하다. 5. 결론 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 인용하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로, 제1심판결을 취소하고, 이 사건 각 처분을 취소한다. [별지 생략] 판사 이광만(재판장) 도정원 양성욱