원고가 2014~2017년 연구·인력개발비 지출에 따른 세액공제 적용을 기대하며 법인지방소득세 감면을 청구함.

• 원고는 2014년부터 2017년까지 사업을 하면서 연구·인력개발비를 지출했다.
• 당시 구 조특법에 따라 법인세에서 연구비에 대한 세액공제를 받을 수 있었고, 구 지방세법은 법인세액을 기준으로 법인지방소득세도 함께 감면되도록 되어 있었다.
• 이후 지방세법이 개정되어 법인지방소득세는 법인세액이 아닌 과세표준에 세율을 적용하는 방식으로 바뀌면서 연구비 세액공제 효과가 사라졌다.
• 원고는 개정된 지방세법 부칙의 경과규정을 근거로 종전 규정을 적용해 감면받아야 한다며 경정청구를 했으나, 피고들이 이를 거부했다.
• 원고는 이 거부처분이 부당하다며 소송을 제기했다.

원고는 2014~2017년 연구비 지출에 따른 세액공제를 근거로 법인지방소득세 감면을 기대했으나, 지방세법 개정으로 감면이 불가능해지자 경정청구를 했고, 피고들이 이를 거부했다. 쟁점은 개정법 시행 당시 종전 규정을 적용할 수 있는지 여부였으며, 법원은 원고의 신뢰보호를 인정해 경정거부처분을 취소했다.

• 조세법령이 개정되더라도 납세의무가 성립할 당시의 법령을 적용하는 것이 원칙이나, 납세자에게 불리한 개정이라면 경과규정을 통해 종전 규정을 적용할 수 있다.
• 구 지방세법과 구 조특법은 연구비 세액공제 및 이월공제 효과가 법인지방소득세에도 미치도록 규정되어 있었다.
• 개정 지방세법은 법인지방소득세 산출 방식을 바꾸어 연구비 세액공제 효과를 없앴다.
• 개정법 부칙 제15조 경과규정은 "이 법 시행 당시 종전 규정에 따라 부과 또는 감면하여야 할 세금은 종전 규정을 따른다"고 명시해 납세자의 신뢰를 보호한다.
• 원고는 5년간 이월 세액공제가 적용될 것이라는 신뢰를 바탕으로 연구비를 지출했고, 이는 법적 지위를 형성하는 정도에 이르렀다.
• 따라서 경과규정을 적용해 종전 규정을 인정하고, 경정거부처분은 위법하다고 판단했다.

법원은 납세자가 연구비 세액공제에 따른 감면을 믿고 지출한 점을 인정해, 법령 개정에도 불구하고 종전 규정을 적용하는 것이 타당하다고 봤다. 이에 따라 원고의 경정청구 거부는 부당하다고 판결했다.