공공주택 개발사업에서 국가에 귀속될 공공시설 부지를 취득한 후, 취득세 등 부과처분에 대해 비과세라며 경정청구를 했으나 거부되자 취소를 구함

【심급】 2심 【세목】 취득세 【주문】 1. 제1심판결을 다음과 같이 변경한다. 가. 피고가 2020. 10. 15. 원고에 대하여 한 경정청구거부처분 중 취득세 합계 1,368,506,824원, 농어촌특별세 합계 117,300,585원, 지방교육세 합계 78,200,390원을 초과하는 부분을 취소한다. 나. 원고의 나머지 청구를 기각한다. 2. 소송총비용 중 제1심 소송비용은 피고가 부담하고, 항소비용은 그 중 70%는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다. 【이유】 1. 제1심판결의 인용 이 법원이 이 사건에 관하여 기재할 이유는 아래 제2항과 같이 일부 고쳐 쓰거나 추가하는 외에는 제1심판결의 이유 기재와 같으므로 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 약어와 별지를 포함하여 이를 그대로 인용한다. 2. 고쳐 쓰거나 추가하는 부분 ○ 제1심판결 제7면 제13행의 “한시적으로” 부분을 “2018. 12. 31.까지(이후 2020. 12. 31.까지로 연장되었다) 한시적으로”로 고쳐 쓴다. ○ 제1심판결 제13면 제2행부터 제14행까지 부분을 제13면 맨 아래의 각주 6)을 포함하여 아래와 같이 고쳐 쓴다. 『위와 같이 원고가 정리하여 제출한 증거들에 의하면, 이 사건 토지 중 그 필지 전부가 대체 공공시설에 포함되는 별지 3 목록 기재 토지'1)는 ‘국가등에 귀속을 조건으로 취득하는 부동산’으로서 위치, 면적이 특정되어 있어 그 구체적 내용이 확인된다. 이는 원고가 정리한 것이기는 하지만 이 사건 각 고시의 기재 및 관련 지형도 등을 근거로 CAD 프로그램을 이용하여 정리한 것이어서 구체성, 신빙성이 있다고 볼 수 있으며, 비록 원고가 제1심 변론종결시까지 원고와 국가등에 중복되어 귀속되는 위치와 면적을 정확하게 특정하여 입증하지는 못하였다고 하더라도, 위와 같이 이 사건 토지 중 적어도 일부분이 원고와 국가등에 중복 귀속되는 것이 사실상 확정되어 있었다고 보이는 이상 해당 부분은 실질적으로 원고가 국가등에 귀속 등을 조건으로 취득한 것으로서 이를 국가등에 귀속시키기 위한 잠정적이고 일시적인 조치에 불과하였다고 보이므로, 해당 부분에 대한 취득세를 원고에게 부담시키는 것은 구 지방세법 제9조 제2항 본문의 입법 취지에 반하는 것으로서 불합리하다. ---------------------------------------------------------------------------------- 주1) (이 각주의 내용은 제1심 판결문 제13면 하단의 각주 6)에 해당한다) 별지 3 목록 기재 토지 중 순번 95, 101 토지의 면적과 관련하여, 원고는 갑 제17호증을 제출할 당시에는 CAD를 통해 산출한 면적이 94㎡, 20㎡라고 주장하였으나, 이후 2024. 5. 24. 자 참고서면을 통해 준공검사 신청서에 기재된 바에 따라 위 면적을 109㎡, 22㎡로 정정하였다. -------------------------------------------------------------------------------- 공공주택 특별법 제29조 제1항, 국토계획법 제65조 제1항에 따라 무상귀속의 대상이 되는 공공시설 부지는 도시개발구역 지정 이후 사업이 진행되면서 여러 가지 이유로 변동이 있을 수 있고, 실시계획인가가 이루어진 이후에도 최종적으로 기반시설이 설치되기 전까지는 그 변경인가 등을 통해 변동이 있을 수 있으므로, 그러한 변동 가능성만으로 일괄적으로 구 지방세법 제9조 제2항 본문의 취득세 비과세 대상에 해당하지 않는다고 보게 되면, 그 부동산의 취득의 실질이 ‘국가등에 귀속시키기 위한 잠정적이고 일시적인 조치’에 불과함에도 이를 반영하지 못하여 부당할 뿐만 아니라, 이 사건과 같은 공공주택 개발사업에서는 취득세 비과세 대상에 해당하는 경우가 거의 존재하지 않게 되어 불합리하다. 따라서 원고가 제1심 변론종결시까지 제출한 증거에 의하더라도 이 사건 토지 중 적어도 별지 3 목록 기재 토지는 ‘국가등에 귀속을 조건으로 취득하는 부동산’으로서 위치, 면적이 특정되어 있고, 앞서 본 비과세 요건도 충분히 증명되었다고 봄이 상당하다. 한편 피고는 제1심에서 원고가 제출한 위 증거들을 믿기 어렵다는 취지로 이를 다투었으나, 이 법원에 이르러 이 사건 토지 중 ‘국가등에 귀속을 조건으로 취득하는 부동산’에 해당하는 토지(일부 귀속 부분 포함)의 지번과 귀속면적 등을 특정하는 한편 그 부분에 대한 취득세 등 정당세액 자료를 이 사건 판결의 별지 4와 같은 내용으로 제출하였고(앞서 본 별지 3 목록 기재 비과세 대상 토지 내역도 여기에 포함되어 있다), 이에 대하여는 당사자 사이에 다툼이 없다.』 ○ 제1심판결 제15면 제2행의 “제시한다.” 부분 다음에 “그러나 위 대법원 판결은 개정법 부칙에서 취득세 면제에 관한 규정이 장래의 한정된 기간까지 적용된다고 규정하였음에도 불구하고 그 기간이 도래하기 이전에 시행령 규정을 개정함으로써 과세면제의 혜택을 배제한 사안에 관한 것이므로, 아래에서 보는 바와 같이 이 사건 종전 조례 제8조 제1항에서 정한 지방공기업 등에 대한 취득세 등의 면제가 원고가 이 사건 토지를 취득하는 시점을 포함하여 일정 시점까지 계속 지속된다는 내용이 없는 이 사건에 그대로 적용된다고 보기 어렵다.”를 추가한다. ○ 제1심판결 제15면 제6행부터 제16행까지 부분을 아래와 같이 고쳐 쓴다. 『(3) 원고가 이 사건 토지를 취득한 2020. 4.경 당시 시행되고 있던 구 서울특별시 시세 감면 조례(2018. 12. 31. 서울특별시조례 제6944호로 개정된 것)는 부칙 제3조를 통해 ‘이 조례 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 시세에 대하여는 종전의 규정에 따른다.’는 경과규정을 두고 있었기는 하다. 그런데 2012. 3. 15. 서울특별시조례 제5277호로 개정되기 전 구 서울특별시 시세 감면 조례(이하 ‘이 사건 종전 조례’라 한다) 제8조 제1항은 지방공사가 취득하는 부동산에 대하여 취득세를 면제한다고 규정하고 있었고, 이 사건 종전 조례 부칙 제3조는 이 사건 종전 조례 제8조 제1항의 경우 2012. 12. 31.까지 그 효력을 가진다고 규정하고 있었을 뿐이며, 위 2012. 12. 31.까지 일부개정이 이루어진 구 서울특별시 시세 감면 조례들에서도 이 사건 종전 조례 제8조 제1항'2)의 효력에 관한 별도의 경과규정을 두고 있지 않았다. 따라서 원고가 위와 같이 한시적 조항에 따라 이 사건 토지의 취득세가 면제된다고 신뢰한 것은 단순한 기대에 불과하다(이 사건 종전 조례가 그 제8조 제1항과 관련하여 장래에도 그 원인행위에 기초한 과세요건의 충족이 있는 경우 특별히 이를 비과세 내지 감면한다는 취지를 포함하여 규정한 것이었다고 보기도 어렵다).』 ------------------------------------------------------------------------------------ 주2) 구 서울특별시 시세 감면 조례(2012. 3. 15. 서울특별시조례 제5277호로 개정되기 전의 것) 제8조(지방공사 등에 대한 감면) ① 「지방공기업법」에 따라 설립된 지방공사 또는 지방공단이 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산과 궤도차량에 대하여는 취득세를 면제하고, 과세기준일 현재 그 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 「지방세법」 제112조 제1항 제2호에 따른 재산세와 같은 법 제146조 제2항에 따른 지역자원시설세를 면제하고, 주민세 재산분과 지방소득세 종업원분을 면제한다. 다만, 총자산 중 민간출자분 또는 민간출연분이 있는 경우 그 부분에 대하여는 그러하지 아니하다. ------------------------------------------------------------------------------- ○ 제1심판결 제15면 제19행부터 제16행 제5행까지 부분을 아래와 같이 고쳐 쓴다. 『앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 다음의 사정을 종합하면, 원고가 주장하는 이 사건 최초승인 고시일이 아니라 ‘준공검사를 마친 후 관리청에 공공시설의 종류와 토지의 세목을 통지한 날’인 2020. 4.경을 기준으로 이 사건 토지에 관한 취득세 과세표준을 산정하여야 한다고 봄이 옳다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 받아들이지 아니한다. 가) 앞서 본 바와 같이 구 공공주택 특별법 제29조 제1항, 국토계획법 제65조 제5항에 따라 사업시행자가 준공검사를 마치고 해당 시설의 관리청에 공공시설의 종류와 토지의 세목(細目)을 통지한 날에 해당 시설을 관리할 관리청과 사업시행자에게 각각 그 공공시설이 귀속된 것으로 간주된다. 나) 구 지방세법 제7조 제2항 본문에 의하면, 국토계획법 제65조에 따라 무상양도 공공시설을 취득한 경우에 그 부동산을 사실상 취득하였다고 하기 위해서는 소유권 취득의 실질적 요건을 갖추었다고 평가되어야 한다. 국토계획법 제65조 제4항은 ‘특별시장ㆍ광역시장ㆍ특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장 또는 군수가 제3항에 따라 관리청의 의견을 듣고 개발행위허가를 한 경우 개발행위허가를 받은 자는 그 허가에 포함된 공공시설의 점용 및 사용에 관하여 관계 법률에 따른 승인ㆍ허가 등을 받은 것으로 보아 개발행위를 할 수 있다. 이 경우 해당 공공시설의 점용 또는 사용에 따른 점용료 또는 사용료는 면제된 것으로 본다.’고 규정하고 있는데, 위 규정은 사업시행자가 사업계획에 따라 무상양도 공공시설을 사용하여 공사를 수행하는 데에 장애가 없도록 승인·허가를 의제하는 규정일 뿐이고, 위 규정이 사업시행자에게 무상양도 공공시설에 대한 사실상 소유권을 인정하는 취지로 해석하기는 어렵다. 다) 국토계획법 제65조 제5항은 무상양도 공공시설은 준공검사를 마치고 관리청에 무상양도 공공시설의 종류와 토지의 세목을 통지한 날에 사업시행자에게 양도된 것으로 본다고 규정하고 있다. 사업시행자가 준공검사를 마치고 관리청에 무상양도 공공시설의 종류와 토지의 세목을 통지함으로써 공공시설의 소유권을 취득하는 것은 민법 제187조에서 정하는 법률의 규정에 의한 부동산 물권 취득에 해당하는데, 위와 같이 관리청에 공공시설의 종류와 토지의 세목을 통지하는 것은 사실상의 취득행위 자체에도 해당한다고 보이므로, 위 시점을 취득세 과세표준 산정의 기준시점으로 보는 것이 ‘재화의 이전이라는 사실 자체를 포착하여 거기에 담세력을 인정하고 부과하는 유통세의 일종’이라는 취득세의 본질에 부합하는 점, 지방세법령에 공공주택 특별법 제29조 제1항 등에 따라 사업시행자에게 귀속되는 공공시설의 취득시기에 관한 규정을 두고 있지 아니한 점 등을 고려해 보면, 공공주택사업자의 무상양도 공공시설 취득에 관한 취득세 부과에 있어 그 취득 시기는 공공주택 특별법 제29조, 국토계획법 제65조에 따라 ‘관리청에 공공시설의 종류와 토지의 세목을 통지한 때’로 봄이 타당하다.』 ○ 제1심판결 제16면 제7행부터 제18행까지 부분을 아래와 같이 고쳐 쓴다. 『가) 감액경정청구를 받은 과세관청으로서는 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 객관적으로 정당한 과세표준 및 세액을 초과하는지 여부에 대하여 조사ㆍ확인할 의무가 있으므로, 통상의 과세처분 취소소송에서와 마찬가지로 감액경정청구에 대한 거부처분 취소소송 역시 그 거부처분의 실체적ㆍ절차적 위법 사유를 취소원인으로 하는 것으로서 그 심판의 대상은 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액의 객관적인 존부라 할 것이다(대법원 2004. 8. 16. 선고 2002두9261 판결 등 참조). 한편, 경정거부처분 취소소송에서 그 거부처분의 적법 여부는 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 정당한 과세표준 및 세액을 초과하느냐의 여부에 따라 판단되는 것으로서 당사자는 사실심 변론종결시까지 객관적인 조세채무액을 뒷받침하는 주장과 자료를 제출할 수 있고 이러한 자료에 의하여 정당한 세액이 산출되는 때에는 감액을 구하는 세액 중 당초 신고한 세액에서 정당한 세액을 차감한 부분만 취소하여야 할 것이고 전체를 취소할 것이 아니다(대법원 2008. 12. 24. 선고 2006두13497 판결 등 참조). 나) 앞서 본 바와 같이 원고의 취득세 등 경정청구를 거부한 이 사건 처분에는 ‘국가등에 귀속을 조건으로 취득하는 부동산’으로서 취득세 비과세 요건을 갖춘 토지 부분까지 과세표준에 포함시킨 위법이 있고, 이 부분을 제외하여 이 사건 각 토지의 취득과 관련한 정당세액을 계산할 경우 별지 4 기재와 같이 취득세 합계 1,368,506,824원, 농어촌특별세 합계 117,300,585원, 지방교육세 합계 78,200,390원이 된다는 점에 대하여는 당사자 사이에 다툼이 없다. 다) 그렇다면 이 사건 처분 가운데 위 정당세액을 초과하는 부분은 위법하므로 취소되어야 한다.』 ○ 제1심판결 제34면 다음 면에 이 사건 판결의 별지 4를 추가한다. 3. 결론 그렇다면 원고의 이 사건 청구는 위 인정 범위 내에서 이유 있으므로 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하여야 한다. 제1심판결은 이와 일부 결론을 달리하여 부당하므로, 피고의 항소를 일부 받아들여 제1심판결을 주문과 같이 변경한다. '3) -------------------------------------------------------------------- 주3) 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제99조, 제100조, 제101조, 제105조에 따라 이 사건 처분의 경위, 원고의 실질적 승소 범위, 이 사건 처분 중 위법사유의 정도와 범위, 이 사건 소송의 전체적인 진행경과 등 제반 사정을 종합하여 소송비용의 부담을 정하기로 한다. -------------------------------------------------------------------