공장을 다른 지역으로 옮기고 지방세 감면을 신청했지만 거부당하자 세금을 내고 그 취소를 구함

【심급】 2심 【세목】 등록면허세 【주문】 1. 제1심 판결을 다음과 같이 변경한다. 가. 피고가 2001. 11. 28. 원고에 대하여 한 등록세 7,937,100원의 부과처분 중 4,938,523원을 초과하는 부분, 지방교육세 1,587,420원의 부과처분 중 987,704원을 초과하는 부분, 취득세 20,944,690원의 부과처분 중 12,346,309원을 초과하는 부분, 농어촌특별세 2,043,300원의 부과처분 중 1,234,630원을 초과하는 부분을 각 취소 한다. 나. 원고의 나머지 청구를 기각한다. 2. 소송 총비용은 이를 5분하여 그 2는 원고의, 나머지는 피고의 각 부담으로 한다. 【이유】 1. 이 사건 처분의 경위 가. 원고는 1989. 11. 16.경 음식점 경영, 식품제조 및 가공업, 어육연제품 제조업 등을 주된 사업목적으로 하여 설립된 법인으로 별지 1 기재 부동산에 본점과 제조공장(이하 ‘인천공장’이라 한다)을 두고, 1989. 11. 20.경 식품, 꼬치, 모형의 제조, 도매업자의 사업자등록을 마친 후, 그 무렵부터 식품류를 제조하여 오던 중, 1998. 3. 3. **** 외 2필지에 식품류제조공장(단층으로 면적은 1,597.98㎡이다, 이하 ‘서산공장’이라 한다)을 별도로 설치하고, 같은 해 4. 9.경 위 ****에 지점을 설치한 다음, 같은 해 5. 1.경 식품류제조업자의 사업자등록을 마친 후, 그 무렵부터 위 인천공장과 함께 식품류를 제조하여 왔다. 나. 원고는한국산업은행으로부터 지방이전기업지원자금 28억 원을 융자받아 인천공장의 시설 전부(다만, 원고는 인천공장의 4층 중 233.24㎡를 공장으로 사용하지 않고****에게 임대하여 주고 있었다)를 서산공장쪽으로 이전하기로 하고, 서산공장에 2, 3층을 증축(증축부분의 연면적은 2,472.75㎡이다. 이하 위 증축부분을 이 사건 건물이라 한다)하여 2001. 7. 4. 피고로부터 사용승인을 받았으며, 같은 해 7. 12.경부터 인천공장시설을 이 사건 건물로 옮기고, 같은 해 7. 20. 피고에게 인천공장에서 생산하던 ‘양념닭발’ 제품 등의 제조보고를 마친 후 그 무렵부터 위 제품을 생산하였다. 다. 원고는 2001. 7. 31. 피고에 대하여 인천공장의 시설을 이 사건 건물로 이전하였고 인천공장은 곧 폐쇄할 것임을 이유로구 지방세법(2002. 12. 30. 법률 제6838호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제275조(공장의 지방이전에 따른 감면)를 들어 이 사건 건물에 대한 등록세 등 지방세의 감면을 신청하였으나, 피고는 이 사건 건물의 취득이 구 지방세법 소정의 감면대상에 해당하는지 여부가 불분명하다는 이유를 들어 우선 등록세 등을 신고, 납부하고 나중에 환급신청을 하라고 하면서 위 감면신청을 반려하였고, 이에 원고는 2001. 8. 3. 피고에게 이 사건 건물의 취득 및 등록 당시의 가액을 736,381,636원로 평가한 다음 이를 과세표준액으로 하여 과세표준액의 8/1,000인 등록세 5,891,050원, 위 등록세액의 20/100인 지방교육세 1,178,210원, 과세표준액의 20/1,000인 취득세 14,727,630원 및 위 취득세액의 10/100인 농어촌특별세 1,472,760원을 자진신고, 납부하였다. 라. 그 후 원고는 같은 해 8. 18. 피고에게 인천공장에서 생산하던 매운구이장, 그린우동장, 김치전골소스 등 8개 제품들에 대한 품목제조보고를 하고, 그 무렵부터 이 사건 건물에서 위 제품들을 생산하기 시작한 것을 비롯하여 인천공장의 시설이 이전되는 대로 꾸준히 생산품목을 확대하였으며(그 후 같은 해 11.경에는 인천공장에서 생산하던 대부분의 제품을 생산하기 시작하였다), 같은 해 10. 29. ****에게 인천공장의 공장등록증을 반납하였으며, 같은 해 10. 30. 인천시장 등에게 영업장이전을 사유로 한 축산물가공업 및 제조·가공업의 폐업신고를 마쳤다. 한편, 원고는 인천공장시설을 서산공장으로 이전한 후인 2001. 11. 6.경 인천공장의 1층 중 140.40㎡에 하치장을 설치하여 식품과 꼬치의 저장창고로 사용하고 있다. 마. 원고는 위와 같이 인천공장의 폐업신고를 마친 날 피고에 대하여 위 다.항과 같이 신고, 납부한 등록세 등에 대하여구 지방세법 제275조에 따른 감면 및 과오납금의 환급을 신청하였으나, 피고는 2001. 11. 5. 이 사건 건물의 취득과 등록은구 지방세법시행규칙(2002. 12. 31. 행정자치부령 제188호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 115조 제2항 제1, 3호의 요건에 해당되지 않는다는 이유를 들어 위 감면신청을 반려하였다. 바. 이에 원고는 2001. 11. 28. 피고에게 이 사건 건물의 공사비가 당초보다 증가하였음을 이유로 위 건물의 취득가액을 992,139,265원으로 하여 등록세를 7,937,100원, 지방교육세를 1,587,420원, 취득세를 20,944,690원, 농어촌특별세를 2,043,300원으로 각 증액한다는 수정신고를 하고, 기 납부액과의 차액인 등록세 2,046,060원, 지방교육세 409,210원, 취득세 6,217,060원, 농어촌특별세 570,540원을 추가로 신고, 납부하였다(이하 위와 같이 증액된 세액의 신고, 납부를 이 사건 부과처분이라 한다). [증거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 19호증, 갑 제20호증의 1, 2, 3, 갑 제21, 22호증, 갑 제23호증의 1 내지 7, 갑 제28호증, 갑 제 29, 30호증의 각 1 내지 11, 갑 제31, 32호증의 각 1 내지 13, 갑 제33 내지 36호증, 갑 제37호증의 1, 2, 3, 갑 제40호증, 을 제4호증의 1 내지 41의 각 기재 및 영상, 변론 전체의 취지 2. 이 사건 부과처분의 적법 여부 가. 당사자의 주장 원고가 이 사건 건물의 취득과 등록은구 지방세법 제275조소정의 감면대상에 해당한다고 주장함에 대하여, 피고는, 이 사건 건물은 원고가 이미 서산공장에서 운영하던 사업을 위하여 증축한 것에 불과할 뿐 서산공장의 사업을 개시한 1998. 5.경 이전에 취득한 부동산에 해당되지 아니하고, 서산공장의 사업개시일로부터 6개월 이내에 인천공장을 폐쇄하지 아니하여 구 지방세법시행규칙 115조 제2항 제1, 3호의 각 요건을 충족하지 아니하므로, 이 사건 부과처분은 적법하다고 다툰다. 나. 관계법령 별지 2 기재와 같다. 다. 판단 당원이 이 부분에 설시할 이유는 제1심 판결의 해당부분 중, ① 각 “인천 제1공장”을 각 “인천공장”으로, “서산 제2공장”을 “서산공장”으로, 각 “인천 제1공장시설”을 “각 인천공장시설”로, “서산 제2공장시설”을 “서산공장시설”로 각 “이 사건 건물부분”을 각 “이 사건 건물”로 고치고, ② 제5면 13행의 “지방세법 시행규칙”을 “구 지방세법시행규칙”으로, 같은 면 17, 18행과, 제7면 9행, 17행의 각 “동 시행규칙 제1, 3호”를 각 “구 지방세법시행규칙 제115조 제2항 제1, 3호”로, 같은 면 1행의 “동시행규칙 제115조 제2항 제3호”를 “구 지방세법시행규칙 제115조 제2항 제2호”로 각 고치며, ③ 제7면 밑에서 3행의 “그 취득세 및 등록세는 면제되어야 할 것이고”부터 마지막 행까지를 다음과 같이 고치는 외에는 제1심 판결의 그것과 같으므로,행정소송법 제8조 제2항,민사소송법 제420조본문에 의하여 이를 그대로 원용한다. “그 취득세 및 등록세는 감면되어야 할 것이다. 나아가 위와 같이 감면되어야 할 취득세 및 등록세 등의 액수에 관하여 보건대,구 지방세법시행규칙 제115조 제3항은, 감면대상이 되는 공장용 부동산의 가액의 합계액이 이전전 공장의 부동산 가액을 초과하는 경우 그 초과액에 대하여는 취득세와 등록세를 과세한다고 규정하고 있는바, 갑 제40호증의 기재에 의하면, 이 사건 건물의 취득가액은 998,913,775원이고, 인천공장 중 실제로 공장시설로 사용되던 1,850.76㎡(2,084㎡ - 233.24㎡)에 대한 가액은 381,598,323원{429,688,834원(2001. 12. 31. 현재 장부가액은 421,786,117원이나 원고의 서산공장 취득일인 2001. 7. 4.을 기준으로 감가상각을 한 가액임) x 1,850.76/2,084}이므로, 그 초과액 617,315,452원에 대하여는 취득세와 등록세가 과세되어야 하고 그 정당한 세액을 위 시행규칙에 따라 산출하면 별지 3 기재와 같다(피고는, 원고가 인천공장의 시설을 이 사건 건물로 이전한 이후에도 인천공장의 1층 중 184.55㎡를 인천공장에서 생산한 식품의 저장 등 물류창고로 사용하고 있으므로 위 부분에 대하여는 공장을 폐쇄한 것으로 볼 수 없다고 주장하나, 원고가 인천공장의 생산시설을 모두 서산공장으로 이전한 이후에 인천공장의 일부 시설을 하치장으로 사용한 것은 공장이전 이후에 생긴 빈 공간의 활용에 불과할 뿐 이로써 그 사용면적에 해당하는 만큼 여전히 공장을 운영하는 것으로 볼 수 없으므로, 피고의 위 주장은 이유 없다). 따라서 이 사건 부과처분 중 위 정당한 세액을 초과하는 부분은 위법하다.“ 3. 결론 그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 위 각 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 이를 각 기각하여야 할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 일부 달리하여 부당하므로, 제1심 판결을 위 인정과 같이 변경하기로 하여 주문과 같이 판결한다.