원고가 2016년 계열사에 상표권 지분 50%를 양도하고, 2019~2020년 세무조사에서 이전가격조정과 부당행위계산 부인이 이루어져 법인세·부가가치세가 부과됨

- 1 - 서 울 행 정 법 원 제 6부 판 결 사 건2024구합66679 법인세등부과처분취소 원 고A 피 고**** 변 론 종 결2026. 4. 10. 판 결 선 고2026. 7. 24. 주 문 1.원고의 청구를 모두 기각한다. 2.소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 원고에 대하여 2020. 3. 27.에 한 2014 사업연도 법인세 8,782,491,980원(가산 세 포함)의 부과처분 중 7,194,921,894원(가산세 포함)을 초과하는 부분 및 2020. 4. 21. 1) 에 한 2016년 2기분 부가가치세 508,452,540원(가산세 포함)의 부과처분 중 260,486,242원(가산세 포함)을 초과하는 부분을 모두 취소한다. 1) 원고는 청구취지 및 청구원인 변경신청서를 통해 “2020. 3. 27.”로 특정하였으나, 갑 제5호증의 기재 및 변론 전 체의 취지에 따르면 “2020. 4. 21.”의 오기로 보이므로 이를 정정한다. - 2 - 이 유 1.처분의 경위 가. 주식회사 B은 ** 제조 및 판매업을 영위하다가 2018. 9. 3. 분할존속회사인 원고 와 분할신설회사인 주식회사 B으로 분할되었고, 원고는 ｢독점규제 및 공정거래에 관한 법률｣에 의한 기업집단인 ‘C’(이하 ‘C그룹’이라 한다)에 소속된 지주회사이다(이하 분할 전후 구분이 필요하지 않은 경우 ‘원고’라고만 한다). 나. ****(이하 ‘조사청’이라 한다)은 2016. 2. 1.부터 2016. 4. 22.까지 원 고에 대하여 2011 내지 2013 사업연도 법인통합조사(이하 ‘제1차 세무조사’라 한다)를 실시하였다. 다. 원고와 주식회사 D(이하 ‘D’라 한다)는 2016. 12. 12. 원고가 D에 원고 소유 국 내 상표 56개와 해외 상표 22개의 지분 50%(이하 ‘이 사건 상표권’이라 한다)를, Y가 원고에 미국 상표 1개의 지분 50%를 각 양도하고 D가 원고에 3,340,000,000원을 지급 하기로 하는 계약을 체결하였다. 라. 조사청은 2019. 11. 6.부터 2020. 3. 31.까지 원고에 대하여 2014 내지 2018 사 업연도 법인통합조사(이하 ‘제2차 세무조사’라 한다)를 실시한 후 피고에 그 결과를 통 보하였는데, 그 주요 내용에는 원고와 미국 현지 법인인 ****(이하 ‘E’라 한다) 사이 의 재화거래에 대한 정상가격범위를 산정하여 이전가격조정을 하여야 한다는 것과 이 사건 상표권 양도 관련하여 아래 표 기재와 같은 감정평가법인의 감정가액을 시가로 보아 부당행위계산 부인하여 법인세 익금산입 및 부가가치세 증액경정을 하여야 한다 는 것 등이 포함되어 있다. - 3 - 평가기관 기준시점C 상표권 및 상표권 사용료(율) 평가 작성일자건명소유자감정평가액 (백만 원) 감정평가 법인 H 2017.1.1. C 상표권 원고 원고3,466 13,787 14,354 F 등 국내 계열사 7개 10,321 G 등 해외 계열사 6개 567 2020.2.28. DE(Y 미국상표권)494 계14,848 마. 이에 피고는 2020. 3. 27. 2014 사업연도 법인세 8,782,491,980원(가산세 포함)의 부과처분(이하 ‘이 사건 법인세 부과처분’이라 한다)을, 2020. 4. 21. 2016년 제2기 부 가가치세 508,452,540원(가산세 포함)의 부과처분(이하 ‘이 사건 부가가치세 부과처분’ 이라 한다)을 하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 5, 16호증의 각 기재, 변론 전체의 취지 2.관계 법령 별지 기재와 같다. 3.본안전항변에 관한 판단 피고는, 원고가 이 사건 법인세 부과처분 중 전심절차에서 다투지 않은 부분에 관하 여는 불가쟁력이 발생하였으므로 그 취소를 구하는 부분은 부적법하여 각하되어야 한다 고 주장한다. 그러나 원고가 하나의 행정처분인 이 사건 법인세 부과처분 중 일부 금액 에 대하여만 불복하여 전심절차를 거치고 그 후 청구취지를 당초 불복하였던 금액보다 더 큰 금액의 취소를 구하는 것으로 하여 이 사건 소를 제기하였더라도, 이는 동일한 - 4 - 처분의 범위 내에서 이루어진 것이고 전심절차에서의 주장과 이 사건 소에서의 주장이 전혀 별개의 것도 아니므로, 원고가 전심절차에서 다투지 않은 부분까지 그 취소를 구 하는 것이 부적법하다고 볼 수 없다. 피고의 본안전항변은 이유 없다. 4.이 사건 법인세 부과처분의 위법 여부 가. 중복 세무조사 여부 1) 원고 주장의 요지 피고는 제1차 세무조사 당시 2014 사업연도의 원고 소유 C 상표권 사용료, 해외 계열회사와의 이전가격, 베트남 현지법인 파견직원 인건비에 관한 질문ᆞ검토ᆞ자료수 집 등을 하였고, 이는 2014 사업연도 법인세 경정을 위한 목적에서 한 것으로 세무조 사에 해당하므로 제2차 세무조사는 중복 세무조사로서 위법하다. 2) 인정사실 가) 제1차 세무조사와 제2차 세무조사 제1차 세무조사와 제2차 세무조사의 세무조사 사전통지, 조사범위 확대 및 제 외 사유 통지, 조사종결 보고서, 세무조사 결과통지 등의 내용은 아래 표 기재와 같다. 구분제1차 세무조사제2차 세무조사 세무조사 사전통지 조사대상 세목 통합조사 (법인세, 부가가치세, 원천세 등) 통합조사 (신고ᆞ납부의무가 있는 모든 세목) 조사대상기간2011. 1. 1.~2013. 12. 31.2014. 1. 1.~2018. 12. 31. 조사기간2016. 2. 1.~2016. 4. 22.2019. 11. 6.~2020. 3. 31. 조사사유신고 적정성 검증 신고내용에 탈루나 오류 혐의를 인정할만한 명백한 자료가 있는 경우에 해당 조사범위 확대 및 제외 조사대상기간 2010. 1. 1.~12. 31. 2014. 1. 1.~12. 31. 2014년 제2기 부가가치세 제외 확대 조사범위 베트남 현지법인 파견직원 인건비 - 5 - 나) 제1차 세무조사 당시 이전가격 관련 조사 (1) 원고는 2009 내지 2013 사업연도 법인세와 관련하여 미국 현지 법인인 E 에 판매하는 강관 등 판매가액의 정상가격을 비교가능제3자가격법 등에 따라 산정하였 으나, 조사청은 제1차 세무조사 당시 그 판매가액이 비교가능회사에 비하여 과소하다 고 보고 거래순이익률법을 적용하여 정상가격을 산출한 ‘이전가격 관련 검토사항’을 작 성한 다음 원고에 이에 대한 소명을 요청하였는데 그 주요 내용은 아래와 같다. (생략) (2) 원고는 2016. 3. 7.경부터 21.경까지 여러 차례 조사청에 ‘이전가격 분석방 법에 대한 의견’을 제출하였고, 그중 주요 내용은 아래와 같다. (생략) (3) 제1차 세무조사 당시 원고의 수출1팀장 I, 회계팀과장 J가 진술한 주요 내 조사범위 확대사유 특정 항목의 명백한 탈루 혐의 등으로 다른 과세기간 조사 필요 조사종결 보고서 조사연도2011. 1. 1.~2013. 12. 31.2014. 1. 1.~2018. 12. 31. 조사유형법인통합조사법인통합조사 세목법인세, 부가가치세, 원천세법인세, 부가가치세 조사적출내용(생략)(생략) 조사자조사청 *****조사청 ***** 세무조사 결과통지 조사대상 세목법인세 등법인세 등 조사대상 연도2011~2013사업연도2014~2018사업연도 통지내용법인세, 부가가치세 등법인세, 부가가치세 등 - 6 - 용은 아래와 같다. 다) 제1차 세무조사 당시 상표권 관련 조사 (1) 원고의 재경담당이사 K은 제1차 세무조사 과정에서 상표권 개발 및 등록, 상표권 사용현황, 상표권 관련 사업, 상표권 사용료 등에 관한 조사를 받았고 그중 상 표권 사용료 관련한 주요 진술은 아래와 같다. (생략) (2) 한편, K이 위 (1)항 조사 당시 언급한 ‘2014. 8.경 작성된 상표권 감정평가 서’(이하 ‘이 사건 감정평가’ 내지 ‘이 사건 감정평가서’라 한다)는 기준시점을 2014. 7. 21.로, 조사기간을 2014. 4. 1.부터 2014. 6. 30.까지로 하여 작성되었고, 그 목적을 ‘원 고 및 D가 보유한 제반 상호, 상표권 등을 포괄하는 브랜드의 적정한 가치 평가를 위 하여 C그룹 내 제반 회사가 기여한 브랜드 가치를 합산하여 C그룹 차원에서 보유하는 실질적인 브랜드의 가치를 평가하는 것’으로 하고 있다. 라) 제1차 세무조사 당시 베트남 현지법인 파견직원 인건비 관련 조사 (1) 조사청은 2016. 3. 9. 원고에 조사 범위 확대(유형전환) 통지를 하였고, 원 고는 2016. 3. 23. 그 통지서를 수령하였다. 그 구체적 내용은 아래 표 기재와 같다. 진술자날짜진술 내용 수출1팀장 (I) 및 회계팀과장 (J) 2016. 3. 30. (갑13-2) 자료 제출 목록 및 미제출 사유, E 설립 경위 및 거래내역, 2009 내 지 2013 사업연도의 이전가격보고서 작성 경위와 내용, 2011 내지 2013 사업연도에 대한 ***과 ***의 제조원가 중 원재료 비율, 비특 수관계 거래처에 대한 ***과 ***의 판매단가 분석자료 등에 대하여 진술 - 7 - 구분당초범위확대(유형전환) 조사대상 세목법인세 조사대상 과세기간2011. 1. 1.~2013. 12. 31. 2010. 1. 1.~2010. 12. 31. 2014. 1. 1.~2014. 12. 31. 조사 기간2016. 2. 1.~2016. 4. 22. 조사 유형일반통합조사일반조사 확대 조사 범위베트남 현지법인 파견직원 인건비 조사 범위 확대(유형전환) 일자 2016. 3. 22. 조사 범위 확대(유형전환) 사유 특정 항목의 명백한 세금탈루 혐의 또는 세법 적용 착오 등 이 다른 과세기간으로 연결되어 그 항목에 대한 다른 과세 기간의 조사가 필요한 경우 (2) 원고의 회계팀과장 J와 조사청의 L 조사관이 2016. 4. 6.부터 2016. 4. 12. 까지 사이에 주고받은 이메일 내용은 아래와 같다. (생략) (생략) (생략) 마) 원고는 2014 사업연도, 2015 사업연도의 법인세 과세표준을 수정신고하였는 바 그 내역은 아래 표 기재와 같다. - 8 - 단위 : 백만 원 항목 세무조사 대상연도수정신고 연도 20112012201320142015 지급이자 업무무관토지 재산세 운반비 과다지급(생략) 유휴자산 감가상각비 해외파견자 급여 합계 바) 제1, 2차 세무조사 및 원고의 법인세 과세표준 수정신고 내역 제1, 2차 세무조사 결과에 따라 부과ᆞ고지된 법인세 내역 및 원고가 제1차 세무조사 이후 법인세 과세표준 수정신고한 내역을 정리하면 아래와 같다. [인정근거] 앞서 든 증거들, 갑 제6, 9 내지 12, 14호증(가지번호 포함, 이하 같다)의 구분사업연도조사 항목 또는 수정신고 항목 부과ᆞ고지세액 수정신고세액 1차 세무조사 조사종결보고서 (2016년 4월) 2011~2013 사업연도 (생략)(생략) 원고의 법인세 과세표준 수정신고서 (2016년 4월) 2014~2015 사업연도 (생략)(생략) 2차 세무조사 조사종결보고서 (2020년 3월) 2014~2018 사업연도 (생략)(생략) - 9 - 기재, 변론 전체의 취지 3) 판단 가) 관련 법리 (1) 구 국세기본법(2022. 12. 31. 법률 제19189호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제81조의4 제2항에 따르면, 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다. (2) 세무조사는 국가의 과세권을 실현하기 위한 행정조사의 일종으로서 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위하여 질문을 하고 장부ᆞ서류 그 밖의 물건을 검사ᆞ조사하거나 그 제출을 명하는 일체의 행위를 말하며, 부과처분을 위한 과세관청 의 질문조사권이 행하여지는 세무조사의 경우 납세자 또는 그 납세자와 거래가 있다고 인정되는 자 등(이하 ‘납세자 등’이라 한다)은 세무공무원의 과세자료 수집을 위한 질문 에 대답하고 검사를 수인하여야 할 법적 의무를 부담한다. 한편 같은 세목 및 과세기간 에 대한 거듭된 세무조사는 납세자의 영업의 자유나 법적 안정성 등을 심각하게 침해할 뿐만 아니라 세무조사권의 남용으로 이어질 우려가 있으므로 조세공평의 원칙에 현저히 반하는 예외적인 경우를 제외하고는 금지될 필요가 있다. 그러나 과세자료의 수집 또는 신고내용의 정확성 검증 등을 위한 과세관청의 모든 조사행위가 재조사가 금지되는 세 무조사에 해당한다고 볼 경우에는 과세관청으로서는 단순한 사실관계의 확인만으로 충 분한 사안에서 언제나 정식의 세무조사에 착수할 수밖에 없고 납세자 등으로서도 불필 요하게 정식의 세무조사에 응하여야 하므로, 납세자 등이 대답하거나 수인할 의무가 없 고 납세자의 영업의 자유 등을 침해하거나 세무조사권이 남용될 염려가 없는 조사행위 까지 재조사가 금지되는 ‘세무조사’에 해당한다고 볼 것은 아니다. 세무공무원의 조사행 - 10 - 위가 재조사가 금지되는 ‘세무조사’에 해당하는지 여부는 조사의 목적과 실시경위, 질문 조사의 대상과 방법 및 내용, 조사를 통하여 획득한 자료, 조사행위의 규모와 기간 등을 종합적으로 고려하여 구체적 사안에서 개별적으로 판단할 수밖에 없을 것인데, 세무공 무원의 조사행위가 사업장의 현황 확인, 기장 여부의 단순 확인, 특정한 매출사실의 확 인, 행정민원서류의 발급을 통한 확인, 납세자 등이 자발적으로 제출한 자료의 수령 등 과 같이 단순한 사실관계의 확인이나 통상적으로 이에 수반되는 간단한 질문조사에 그 치는 것이어서 납세자 등으로서도 손쉽게 응답할 수 있을 것으로 기대되거나 납세자의 영업의 자유 등에도 큰 영향이 없는 경우에는 원칙적으로 재조사가 금지되는 ‘세무조사’ 로 보기 어렵지만, 조사행위가 실질적으로 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위한 것으로서 납세자 등의 사무실ᆞ사업장ᆞ공장 또는 주소지 등에서 납세자 등을 직접 접 촉하여 상당한 시일에 걸쳐 질문하거나 일정한 기간 동안의 장부ᆞ서류ᆞ물건 등을 검 사ᆞ조사하는 경우에는 특별한 사정이 없는 한 재조사가 금지되는 ‘세무조사’로 보아야 할 것이다(대법원 2017. 3. 16. 선고 2014두8360 판결 등 참조). 나) 구체적 판단 앞서 본 사실, 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지에 따라 인정되는 다음의 사실 내지 사정들을 위 법리에 비추어 보면, 제1차 세무조사 과정에서 조사청이 2014 사업연도 법인세 부과처분을 목적으로 하여 원고를 상대로 질문하고 장부 등을 검사. 조사하였다고 볼 수 없거나 구 국세기본법에서 금지하는 재조사가 아니어서 제2차 세 무조사가 중복조사에 해당한다고 볼 수 없다. 원고의 이 부분 주장은 이유 없다. (1) 이전가격 관련 ① 원고는 2009 내지 2013 사업연도 법인세 관련하여 E에 판매하는 ** 등 - 11 - 판매가액의 정상가격을 비교가능제3자가격법 등에 따라 산정하였으나, 조사청은 비교가 능제3자가격법이 적정한 기준이 되지 못한다는 취지에서 원고로부터 제출받은 매출자료 를 기초로 원고가 2011 내지 2013 사업연도에 판매한 **의 용도별 평균단가를 계산하 고, 미국 소재 **도매업체의 영업이익률을 기초로 산출한 거래가격을 정상가격으로 보 는 거래순이익률법을 적용하여 정상가격을 산정하는 것이 적정한지 여부를 검토하면서 2011 내지 2013 사업연도뿐만 아니라 그 전후 사업연도인 2010, 2014 사업연도까지의 이전가격 소득조정금액을 산정하고 영업이익률 등을 검토하였던 것으로 보인다. 그리고 갑 제17호증의 기재에 의하면, 그 과정에서 피고는 원고에게 이전가격 분석 목적 이익 률 확인을 이유로 ‘2009, 2014 사업연도 E 감사보고서’를 요청하고, ‘06년~09년, 14년 이전가격보고서’를 요청하여 각 제출받기도 하였다. ② 그런데 한편 구 ｢국제조세조정에 관한 법률｣(2017. 12. 19. 법률 제 15221호로 개정되기 전의 것) 제5조 제1항 본문은 ‘정상가격은 다음 각 호의 방법 중 가장 합리적인 방법으로 계산한 가격으로 한다’고 규정하고, 같은 조 제2항의 위임을 받은 구 ｢국제조세조정에 관한 법률 시행령｣(2021. 2. 17. 대통령령 제31448호로 전부 개정되기 전의 것) 제6조 제9항은 ‘법 제5조 제1항에 따라 정상가격 산출방법을 적용 할 때 경제적 여건이나 사업전략 등의 영향이 여러 해에 걸쳐 발생함으로써 해당 사업 연도의 자료만으로 가격ᆞ이윤 또는 거래순이익을 산출하는 것이 합리적이지 아니할 경우에는 여러 사업연도의 자료를 사용할 수 있다’고 규정하고 있다. ③ 또한 원고의 수출1팀장 I, 회계팀과장 J는 2016. 3. 30. 조사청에서 조사 를 받으면서 제출요구한 관련 자료 중 제출하지 않은 서류의 목록 및 미제출 사유, E 설립 경위 및 거래내역, 원고가 제출한 2009 내지 2013 사업연도의 이전가격보고서 작 - 12 - 성 경위와 내용, 2011 내지 2013 사업연도에 대한 ***과 ***의 제조원가 중 원재료 비 율, 원고가 미국에서 반덤핑 관세 부과받은 사유 및 그 대응절차, 원고가 2011년부터 2013년까지 E와 비특수관계 거래처에 대한 ***과 ***의 판매단가 분석자료 등에 대하 여 질문을 받고 답변하였을 뿐 2014 사업연도 이전가격과 관련하여 질문을 받거나 답 변한 사실은 없다. ④ 그렇다면 조사청이 원고에게 2010, 2014 사업연도의 이전가격 관련 자료 를 일부 제출받았다고 하더라도, 이는 관련법령 등에 따라 2011 내지 2013 사업연도의 정상가격 산출을 위해 여러 사업연도의 자료를 사용한 것으로 볼 수 있고(원고 역시 조사청에 2011 내지 2013 사업연도의 이전가격 관련에 관한 의견서를 제출하면서 2008년부터 2015년까지의 자료 등을 제시하거나 언급하기도 하였다) 이후 이루어진 I, J에 대한 조사에서 2014 사업연도에 대한 질문ᆞ답변은 전혀 없었던 점 등을 종합하여 보면, 위와 같은 일부 근거자료 제출 요청이 2014 사업연도 법인세 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위한 것이었다고 보기는 어렵다. (2) 상표권 관련 ① 원고의 재경담당이사 K은 제1차 세무조사 과정에서 상표권 개발 및 등 록, 상표권 사용현황, 상표권 관련 사업, 상표권 사용료 등에 관한 조사를 받았고, 그 과정에서 이 사건 감정평가서가 언급되었으나 2014 사업연도 상표권 사용료를 특정한 문답이나 추가적인 자료제출 요구 등이 없던 사정에다가 조사대상기간, 문답의 내용과 경과 등을 함께 고려하여 보면, 조사청이 제1차 세무조사 당시 2014 사업연도의 상표 권 사용료 등에 관하여 실질적인 조사행위를 하였다고 보기는 어렵다. ② K은 제2차 세무조사 과정에서 ‘제1차 세무조사 대상기간은 2013년까지 - 13 - 였는데 2014년 작성된 이 사건 감정평가서를 제출한 이유는 무엇인지‘에 대한 질문에 대하여 ’그 때 당시에는 상표권의 가치가 얼마인지가 서로 규명하기 불분명하였기 때 문에 조사팀에서 상표권을 평가한 자료가 있다면 제출해 달라고 요청했었던 것으로 기 억난다‘는 취지로 답변하기도 하였다. ③ 구 법인세법 시행령(2016. 8. 31. 대통령령 제27472호로 개정되기 전의 것) 제89조 제2항은 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것) 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 ｢부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률｣에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액에 의한다고 규정 하는바, 이 사건 감정평가서가 기준시점을 2014. 7. 21.로, 조사기간을 2014. 4. 1.부터 2014. 6. 30.까지로 하여 작성되었다고 하더라도 이는 감정평가법인이 아닌 감정평가사 가 작성한 것이므로 그 감정평가액을 상표권의 시가로 볼 수 없어 조사청이 원고로부 터 이 사건 감정평가서를 제출받았다는 사정만으로 2014 사업연도의 법인세 조사를 하였다고 보기도 어렵다. (3) 베트남 현지법인 파견직원 인건비 관련 조사청이 제1차 세무조사 과정에서 원고에 조사대상 세목을 ‘법인세’로, 조 사대상 과세기간을 ‘2010, 2014 사업연도’로, 확대조사 범위를 ‘베트남 현지법인 파견직 원 인건비’로, 조사 범위 확대 사유를 ‘특정 항목의 명백한 세금탈루 혐의 또는 세법 적용 착오 등이 다른 과세기간으로 연결되어 그 항목에 대한 다른 과세기간의 조사가 필요한 경우’로 하여 조사 범위 확대(유형전환) 통지를 한 사실, 이후 원고가 2014 사 업연도 법인세 과세표준을 수정신고하였는데 그 중에 ‘베트남 현지법인 파견직원 인건 비’ 관련 부분이 포함되어 있는 사실이 인정되기는 한다. - 14 - 그러나 2011 내지 2013 사업연도의 조사항목에 ‘해외현지법인이 부담할 인 건비 손금불산입’이 포함되어 있었으므로 해당 사유가 계속되는 한 그 다음 사업연도 에도 동일한 잘못이나 세금탈루 혐의가 있다고 인정될 수 있었으므로 원고로서는 자발 적으로 수정신고를 할 유인이 있던 것으로 보인다. 실제로도 원고의 직원과 조사청의 조사관 사이에 주고받은 이메일의 내용에 비추어 보면, 원고가 조사청에 관련 자료를 메일로 송부하면서 세액 계산을 도와줄 것을 요청하여 조사청이 이에 응한 것으로 보 일 뿐 조사청이 먼저 2014 사업연도와 관련하여 자료를 요구하거나 질문하는 등 실질 적인 조사행위를 하였다고 보기는 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 다만 조사청이 스스로 세무조사 확대통지를 하였으므로 제1차 세무조사 당 시 ‘베트남 현지법인 파견직원 인건비’에 대한 부분 세무조사를 하였다고 볼 수 있겠으 나 2) , 한편 당초의 세무조사가 다른 세목이나 다른 과세기간에 대한 세무조사 도중에 해당 세목이나 과세기간에도 동일한 잘못이나 세금탈루 혐의가 있다고 인정되어 관련 항목에 대하여 세무조사 범위가 확대됨에 따라 부분적으로만 이루어진 경우와 같이 당 초 세무조사 당시 모든 항목에 걸쳐 세무조사를 하는 것이 무리였다는 등의 특별한 사 정이 있는 경우에는 당초 세무조사를 한 항목을 제외한 나머지 항목에 대하여 향후 다 시 세무조사를 하는 것은 구 국세기본법 제81조의4 제2항에서 금지하는 재조사에 해 당하지 아니한다고 볼 것인바(대법원 2015. 2. 26. 선고 2014두12062 판결 참조), 해외 현지법인이 부담할 인건비가 손금불산입 대상이 되고 그러한 잘못은 해외법인이 부담 할 인건비를 계속 부담하는 이상 다른 사업연도에도 영향을 미치므로 이를 시정하는 기회에 다른 사업연도의 잘못도 함께 시정할 필요가 있는 점, 각 사업연도마다 같은 2) 피고 측은 베트남 현지법인 파견직원 인건비와 관련하여 해당 항목의 세금 탈루 사항이 다른 과세기관으로 연결 되어 수정신고를 안내하였고, 이후 내부적 절차에 따라 형식적인 조사범위 확대 통지서를 전달한 것이라고 한다. - 15 - 종류의 잘못이 반복되는 경우 조사대상이 한정되고 그 내용도 단순하여 조사에 따른 납세자의 부담이 크지 아니하며 이러한 사유가 있다고 하여 다른 사업연도 전반에 관 한 조사로 확대하기를 기대하기도 어려웠다고 보이는 점 등에 비추어 보면, 조사청이 제1차 세무조사 당시 ‘베트남 현지법인 파견직원 인건비’에 국한하여 2014 사업연도에 관한 조사를 하고 그 나머지 항목에 대하여 제2차 세무조사를 한 것은, 구 국세기본법 재81조의4 제2항에서 금지하는 재조사에 해당하지 않는다고 볼 수 있다. 한편 원고는, 조사청이 확대통지서를 교부하기 전부터 2014 사업연도 법인 세 세무조사를 하였으므로 국세기본법 제81조의9를 위반한 위법이 있다고도 주장한다. 조사청이 조사 범위 확대 일자를 2016. 3. 22.로 한 통지서가 2016. 3. 23. 피고에게 교부된 사실은 있다고 보이나, 피고가 위 통지서를 수령하기 전 ‘2014 사업연도의 베 트남 현지법인 파견직원 인건비’에 관하여 세무조사를 하였다고 볼 만한 자료가 없는 이상, 원고 주장과 같은 사정만으로 제1차 세무조사, 나아가 제2차 세무조사나 이 사건 법인세 부과처분에 취소 사유가 있다고 보기는 어려우므로 원고의 이 부분 주장도 이 유 없다. 나. 2차 세무조사 종결 전 세무조사 결과 통지의 위법 여부 1) 원고 주장의 요지 조사청은 국세기본법 제81조의12를 위반하여 제2차 세무조사 종결 전 2014 사 업연도 세무조사 결과통지를 한 중대한 절차 위반을 저질렀으므로 이 사건 법인세 부 과처분은 위법하다. 2) 판단 국세기본법 제81조의12 제1항 본문은 ‘세무공무원은 세무조사를 마쳤을 때에는 - 16 - 그 조사를 마친 날부터 20일 이내에 세무조사 내용 등이 포함된 조사결과를 납세자에 게 설명하고, 이를 서면으로 통지하여야 한다’고 규정하고 있고, 갑 제4호증의 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 조사청이 2020. 3. 26. 2014 사업연도 법인세에 관하여 조 사종결 전 부분결과 통지를 한 사실이 인정되기는 한다. 그러나 국세기본법 제81조의8 제1항은 ‘세무공무원은 조사대상 세목ᆞ업종ᆞ규모, 조사 난이도 등을 고려하여 세무조 사 기간이 최소한이 되도록 하여야 한다’고 규정하고, 같은 조 제8항은 ‘세무공무원은 세무조사 기간을 단축하기 위하여 노력하여야 하며, 장부기록 및 회계처리의 투명성 등 납세성실도를 검토하여 더 이상 조사할 사항이 없다고 판단될 때에는 조사기간 종 료 전이라도 조사를 조기에 종결할 수 있다’고 규정하고 있는 점, 피고는 2014 사업연 도 부분은 법인세 부과제척기간 말일(2020. 3. 31.)이 임박하여 조사를 계속할 시간적 여유가 없어 조사기간 종료 전에 그 부분 조사를 조기 종결하고 부분종결통지를 한 것 으로 보이는 점, 부분종결통지가 이루어진 이후에 2014 사업연도 법인세 조사가 이루 어졌다고 볼 자료가 없는 점 등을 종합하면, 조사청이 조사종결 전 부분결과 통지를 하였다고 하여 국세기본법 제81조의12를 위반한 중대한 절차적 위법이 있다고 볼 수 없다. 원고의 이 부분 주장도 이유 없다. 다. 과세예고통지 누락 및 과세전적부심 기회 박탈 등의 절차적 위법 여부 1) 원고 주장의 요지 피고는 2014 사업연도 법인세와 관련하여 부과제척기간 만료일 3개월 전에 과 세자료를 파악하고 있어 그에 관한 과세예고통지를 할 수 있었음에도 이를 해태하다가 곧바로 부과처분을 함으로써 원고의 과세전적부심사 청구의 기회를 박탈하였다. 따라 서 이 사건 법인세 부과처분에는 원고의 절차상 권리를 침해한 중대한 절차상 하자가 - 17 - 있어 위법하므로 취소되어야 한다. 2) 판단 가) 관련 법리 (1) 구 국세기본법 제81조의15 제1항은 “세무서장 또는 지방국세청장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 미리 납세자에게 그 내용을 서면으로 통지(이 하 ‘과세예고통지’라 한다)하여야 한다.”라고 규정하면서, ‘납세고지하려는 세액이 100 만 원 이상인 경우’(제3호) 등을 과세예고통지 대상으로 들고 있다. 같은 조 제2항 본 문 제2호는 “과세예고통지를 받은 자는 통지를 받은 날부터 30일 이내에 통지를 한 세 무서장이나 지방국세청장에게 통지 내용의 적법성에 관한 심사(이하 ‘과세전적부심사’ 라 한다)를 청구할 수 있다.”라고 규정하고 있다. 한편 같은 조 제3항은 각 호에서 과 세전적부심사를 거치지 않아도 되는 예외사유를 규정하고 있는데, 제3호(이하 ‘제3호 규정’이라 한다)에서 ‘과세예고통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우’를 들고 있다. 그러나 과세관청이 정당한 사유 없이 스스로 과세행정을 장기간 해태하여 부과제척기간 만료일이 임박한 시점에야 뒤늦게 과세예고통지를 함으로써 납세자로부 터 과세전적부심사의 기회를 박탈하기에 이른 경우에는, 과세관청이 납세자에게 과세 전적부심사의 기회를 부여하지 아니한 채 과세처분을 할 수 있는 예외사유에 해당한다 고 할 수 없다. 과세예고통지가 부과제척기간 만료일부터 3개월이 남지 않은 시점에 이루어지기만 하면 아무런 제한 없이 과세전적부심사를 생략할 수 있다고 볼 경우, 과 세관청이 임의로 부과제척기간 만료일이 임박한 시점에 과세예고통지를 함으로써 과세 전적부심사를 회피할 수 있을 뿐 아니라, 과세전적부심사에 관한 납세자의 절차적 권 - 18 - 리가 과세관청의 선택에 의하여 좌우되는 부당한 결과를 초래하기 때문이다. 따라서 과세관청이 국세기본법 제81조의15 제3항 제3호의 사유를 들어 납세자에게 과세전적 부심사의 기회를 부여하지 아니한 채 과세처분으로 나아간 것이 절차상 정당성을 갖추 었다고 보기 위해서는, 과세관청의 귀책사유 없이 부득이한 사정으로 부과제척기간의 만료일이 임박하게 되었고 이로 인하여 부과제척기간의 만료 전까지 과세전적부심사를 거칠 시간적 여유가 없게 되었다는 등의 정당한 사유가 추가로 인정되어야 하고, 이에 관하여는 과세관청이 증명하여야 한다(대법원 2025. 6. 5. 선고 2025두33014 판결 참 조). (2) 한편 구 국세기본법 제81조의15 제1항은 각 호 사유 중 하나에 해당하는 경우 과세관청의 과세예고통지 의무를 규정하면서 이를 생략할 수 있는 예외 조항을 두 고 있지 않다. 제2항 본문 및 제2호는 ‘과세예고통지를 받은 날부터 30일 이내’에 과세 전적부심사를 청구할 수 있다고 규정하는 한편, 제3항 제3호에서 ‘과세예고통지를 하는 날’부터 국세부과 제척기간 만료일까지 기간이 3개월 이하인 경우에는 과세전적부심사 를 거치지 않아도 된다는 취지로 규정함으로써 제3호 규정의 예외사유로 인정되기 위한 요건으로 과세예고통지 실시를 전제하고 있다. 이는 관세법 제118조 제1항 단서 제1호 에서 이러한 경우 과세예고통지를 생략할 수 있도록 명문으로 정한 것과 대조된다. 위 와 같은 관련 규정의 문언과 체계, 세법의 문언에 기초한 엄격해석의 원칙, 과세예고통 지 생략에 관한 법률적 근거의 부존재, 과세전적부심사청구 외에도 납세자가 과세예고 통지로 누릴 수 있는 절차적 이익 등에 비추어 볼 때, 과세예고통지에 관한 절차적 권 리가 주로 과세전적부심사에 결부된 것임을 감안하더라도 과세전적부심사에 관한 제3호 규정의 예외사유를 들어 과세예고통지 역시 생략할 수 있다고 쉽사리 해석하여서는 안 - 19 - 된다. 따라서 과세관청은 구 국세기본법 제81조의15 제1항이 정한 과세예고통지 대상에 해당하는 경우에는 국세부과 제척기간 만료일까지 기간이 3개월 이하인 때에도 과세예 고통지를 하여야 하며, 절차적 정당성이 상실되지 않았다고 볼 만한 특별한 사정이 없 는 한 과세예고통지 없이 이루어진 과세처분은 위법하다고 보아야 한다. 다만 과세관청의 귀책사유 없이 부득이한 사정으로 국세부과 제척기간 만료 일까지 기간이 매우 임박하게 되었고, 이로 인하여 과세관청이 과세예고통지 없이 과 세처분을 하게 된 데에 정당한 사유가 있는 등의 특별한 사정이 있는 경우에는 과세예 고통지를 하지 않았다는 사정만으로 과세처분이 위법하게 된다고 평가하기는 어렵다. 이러한 특별한 사정의 존재는 과세관청이 증명하여야 한다(대법원 2025. 2. 13. 선고 2023두41659 판결 참조). 나) 구체적 판단 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호에 따라 이 사건 법인세에 대한 부과제 척기간 만료일은 2020. 3. 31.인 사실, 피고가 2020. 3. 27. 이 사건 법인세 부과처분을 하면서 부과제척기간 만료일이 임박하다는 이유로 과세전적부심사 기회를 부여하지 않 았고 과세예고통지도 하지 않은 사실은 당사자 사이에 별다른 다툼이 없거나 앞서 든 증거들에 의하여 이를 인정할 수 있다. 그런데 앞서 든 증거들과 갑 제29, 31호증, 을 제16, 18호증의 각 기재 및 변 론 전체의 취지에 따라 인정되는 다음의 사실 내지 사정들을 종합하면, 피고가 부과제 척기간 만료일이 임박하도록 과세행정을 장기간 해태하였다거나 과세자료를 의도적으 로 방치하였다고 보이지는 않고, 그 귀책사유 없이 부득이한 사정으로 이 사건 법인세 의 부과제척기간 만료일이 매우 임박하게 되어 원고에게 과세예고통지를 하여 과세전 - 20 - 적부심사 등 사전적 구제절차의 기회를 가지게 할 시간적 여유가 충분하지 않았다고 보이므로, 피고가 과세예고통지를 하지 않거나 과세전적부심사의 기회를 부여하지 않 은 채 이 사건 법인세 부과처분에 나아간 것이 원고의 절차적 권리를 침해한 것으로서 그 하자가 중대하다고 보기는 어렵다. 원고의 이 부분 주장도 이유 없다. ① 공정거래위원회는 2017. **. **. 원고가 다른 사업자들과 함께 M가 발주하 는 ** 구매입찰에 참가하면서 사전에 낙찰예정사, 들러리 참여사, 투찰가격, 물량배분 등을 합의하는 방법으로 부동한 공동행위를 하였다고 보고 원고에 대하여 **,***,***,***원의 과징금 납부명령을 하였다. ② 금천세무서는 2018. 5.경 위 의결서를 수집하였는데, 공정거래위원회의 위 의결서 중 2014년 ** 구매입찰 관련 부분에 ‘낙찰사가 세금계산서 돌리기 방식을 통해 나머지 들러리 참여자들에게 일정 이윤을 보상해 주었다’는 내용이 있었다(총 61면의 의결서 중 45면). 조사청은 2019. 2. 26. 이를 즉시처리 대상 과세자료로 분류하여 피 고에게 통보하였다. ③ 피고는 2019. 4. 16. 원고에 ‘소명대상 순환거래 혐의 내역’을 첨부하여 2014년 부가가치세 관련 해명자료를, ‘담합법인에 지급한 입찰포기 대가의 회계처리 및 세무조정 내용’에 관한 2014 사업연도 법인세 해명자료를 각 2019. 5. 24.까지 제출 하여 달라고 요청하였고, 그 자료 등을 검토한 결과 2014년 2기분 부가가치세에 대한 세무조사가 필요하다고 보아 2019. 7. 5. 원고에 ‘무자료거래, 위장ᆞ가공거래 등 거래 내용이 사실과 다른 혐의가 있는 경우에 해당한다’는 사유로 조사기간을 ‘2019. 7. 10. 부터 2019. 8. 22.까지’로 하여 2014년 2기분 부가가치세 세무조사 통지를 하였다. 피 고는 2014년 2기분 부가가치세 세무조사를 마치고 2019. 10. 15. 원고에게 2014년 2기 - 21 - 분 부가가치세를 경정.고지하였다. ④ 조사청은 2019. 11. 5. 원고에 ‘신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우에 해당한다’는 사유로 조사기간을 ‘2019. 11. 6.부터 2020. 3. 31.까지’로 하여 2014 내지 2018 사업연도 법인 통합조사(2014년 2기분 부가 가치세 일반 부분 조사 부분은 제외) 통지를 하였고, 2020. 3. 26. ‘2014 사업연도 법인 세 관련 조사종결 전 부분결과 통지’를 하였는데 그 조사 항목별 세부내역의 ‘결정ᆞ경 정 사유’로는 ‘E 재화 관련 거래 이전가격 소득조정, 상표권 사용료 미수취(국내, 국 외), 기술사용료 미수취(베트남), 가공세금계산서 수수 관련 원가 과다 계상, 법률비용 등 현지법인이 부담할 비용, 주식배당 익금 누락’ 등이 있다. ⑤ 위와 같이 피고는 공정거래위원회의 의결서 중 2014년 ** 구매입찰 관련 부분에 ‘낙찰사가 세금계산서 돌리기 방식을 통해 나머지 들러리 참여자들에게 일정 이윤을 보상해 주었다’는 기재 부분을 확인하여 관련 자료를 수집ᆞ검토한 후 2014년 2기분 부가가치세에 대한 세무조사를 먼저 실시하고, 그 과정에서 가공세금계산서 수 수 관련 원가 과다 계상 부분이 확인되자 법인 통합조사로서 제2차 세무조사를 실시하 게 된 것으로 보이는 점, 법인 통합조사는 가공세금계산서 수수 관련 이외에 여러 항 목의 조사가 필요할 수 있고 실제 제2차 세무조사 과정에서 다양한 항목들에 대한 조 사가 이루어졌으며 그 항목 등에 비추어 볼 때 조사를 하는 데에는 추가적인 자료 조 사와 상당한 시간이 필요하였을 것으로 보이는 점, 조사청이나 피고가 2014년 2기분 부가가치세에 대한 세무조사를 하면서 법인 통합조사를 실시하지 않았다는 사정만으로 과세행정을 장기간 해태하였다거나 과세자료를 의도적으로 방치하였다고 보기는 어려 운 점 등에다가 앞서 본 제2차 세무조사에 이르게 된 경위 및 그 내용 등에 비추어 보 - 22 - 면, 피고가 과세예고통지나 과세전적부심 기회 부여 없이 과세처분을 하게 된 데에 정 당한 사유가 있다고 볼 수 있다. 5.이 사건 부가가치세 부과처분의 위법 여부 가. 원고 주장의 요지 원고는 이 사건 상표권의 50% 지분을 가지고 있으므로 D에 상표권 사용료를 지급 할 의무가 없다. 그럼에도 감정평가법인 H은 이 사건 상표권의 소유자가 원고로부터 받을 수 있는 상표사용료의 현재가치까지 포함하여 이 사건 상표권의 시가를 잘못 계 산하였고, 이 사건 부가가치세 부과처분은 위와 같이 잘못된 시가에 터잡아 이루어진 것이므로 위법하다. 나. 판단 ‘시가’라 함은 원칙적으로 정상적인 거래에 의하여 형성된 객관적인 교환가치를 말 하는 것이지만, 그와 같은 시가를 확인하기 어려울 때에는 객관적이고 합리적인 방법 으로 평가한 가액도 시가로 볼 수 있다. ｢감정평가 및 감정평가사에 관한 법률｣ 제3조 제3항에 따라 감정평가법인이 감정 평가를 할 때 준수해야 할 원칙과 기준을 규정하고 있는「감정평가 및 감정평가에 관 한 규칙」제23조 제3항은 ‘상표권을 감정평가할 때에 수익환원법을 적용해야 한다’고 규정하고 있고, 위 규칙 제28조의 위임에 따라 국토교통부장관이 고시한「감정평가 실 무기준」역시 지식재산권의 감정평가방법에 관하여 ’지식재산권을 감정평가할 때에는 수익환원법을 적용하여야 한다‘고 규정하여 수익환원법에 따른 감정평가를 원칙으로 하면서, 수익환원법을 적용할 때에는 ’해당 지식재산권으로 인한 현금흐름을 현재가치 로 할인하거나 환원하여 산정하는 방법‘ 등으로 감정평가할 수 있고, 해당 지식재산권 - 23 - 으로 인한 현금흐름은 ’해당 지식재산권으로 인해 증가된 현금흐름을 기준으로 산정하 는 방법‘에 따라 산정할 수 있다고 규정하고 있다. 앞서 든 증거들 및 을 제3, 6호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 감정 평가법인 H은 이 사건 상표권의 시가를 평가함에 있어 수익환원법 중 해당 지식재산 권으로 인한 현금흐름을 현재가치로 환원하거나 할인하여 산정하는 방법을 적용하고, 현금흐름 산정 시에는 해당 지식재산권으로 인해 절감 사용한 사용료를 기준으로 산정 하는 방법인 ‘로열티 면제법’을 사용한 것으로서 그와 같은 감정평가방법은 앞서 본 규 정들에 부합하는 것으로 보인다. 다만 원고의 주장 요지는 원고가 이 사건 상표권의 공동 소유자로서 D에 상표 사 용료를 지급할 필요가 없음에도 원고에 대한 로열티(사용료)까지 포함하여 감정한 것 이 위법하다는 취지이나, 로열티 면제법(공제법)은 상표권 소유자가 해당 상표권을 보 유하지 못하고 제3자로부터 라이선스(licence)하는 경우를 가정하여 평가대상 상표권의 경제적 수명기간에 라이선스 비용으로 지급해야 하는 로열티의 현재 가치를 상표권의 가치로 추정하는 방법으로, 이 사건 상표권을 보유하고 있지 않다면 원고 역시 그 사 용료를 지급해야 하는 것이므로 원고에 대한 로열티까지 포함하여 이 사건 상표권이 창출 가능한 사용료 전체의 가치를 평가하는 것이 불합리하다고 보이지 않고, 원고가 이 사건 상표권의 공유자로서 별도의 수수료 지급 없이 이를 사용할 수 있다는 것은 이 사건 상표권의 양도 이후 원고와 D 사이의 문제일 뿐이라고 할 수 있으므로, 원고 의 이 부분 주장 역시 이유 없다. 6.결론 그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판 - 24 - 결한다. - 25 - [별지] 관계 법령 ▣ 구 국세기본법(2022. 12. 31. 법률 제19189호로 개정되기 전의 것) 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. 21. “세무조사”란 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위하여 질문을 하거나 해 당 장부ᆞ서류 또는 그 밖의 물건(이하 “장부등”이라 한다)을 검사ᆞ조사하거나 그 제출 을 명하는 활동을 말한다. 제81조의4(세무조사권 남용 금지) ① 세무공무원은 적정하고 공평한 과세를 실현하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 세무조 사(「조세범 처벌절차법」에 따른 조세범칙조사를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)를 하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용해서는 아니 된다. ② 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세 기간에 대하여 재조사를 할 수 없다. 1. 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우 2. 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우 3. 2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우 4. 제65조 제1항 제3호 단서(제66조 제6항과 제81조에서 준용하는 경우를 포함한다) 또는 제81조의15 제5항 제2호 단서에 따른 재조사 결정에 따라 조사를 하는 경우(결정서 주 문에 기재된 범위의 조사에 한정한다) 5. 납세자가 세무공무원에게 직무와 관련하여 금품을 제공하거나 금품제공을 알선한 경우 6. 제81조의11 제3항에 따른 부분조사를 실시한 후 해당 조사에 포함되지 아니한 부분에 대하여 조사하는 경우 7. 그 밖에 제1호부터 제6호까지와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우 ③ 세무공무원은 세무조사를 하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 장부등의 제출을 요구하 여야 하며, 조사대상 세목 및 과세기간의 과세표준과 세액의 계산과 관련 없는 장부등의 제 출을 요구해서는 아니 된다. ④ 누구든지 세무공무원으로 하여금 법령을 위반하게 하거나 지위 또는 권한을 남용하게 하는 등 공정한 세무조사를 저해하는 행위를 하여서는 아니 된다. - 26 - 제81조의9(세무조사 범위 확대의 제한) ① 세무공무원은 구체적인 세금탈루 혐의가 여러 과세기간 또는 다른 세목까지 관련되는 것으 로 확인되는 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 조사진행 중 세무조사의 범 위를 확대할 수 없다. ② 세무공무원은 제1항에 따라 세무조사의 범위를 확대하는 경우에는 그 사유와 범위를 납세 자에게 문서로 통지하여야 한다. 제81조의11(통합조사의 원칙) ① 세무조사는 납세자의 사업과 관련하여 세법에 따라 신고ᆞ납부의무가 있는 세목을 통합하 여 실시하는 것을 원칙으로 한다. 제81조의12(세무조사의 결과 통지) ① 세무공무원은 세무조사를 마쳤을 때에는 그 조사를 마친 날부터 20일(제11조 제1항 각 호 의 어느 하나에 해당하는 경우에는 40일) 이내에 다음 각 호의 사항이 포함된 조사결과를 납세자에게 설명하고, 이를 서면으로 통지하여야 한다. 다만, 납세관리인을 정하지 아니하고 국내에 주소 또는 거소를 두지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아 니하다. 1. 세무조사 내용 2. 결정 또는 경정할 과세표준, 세액 및 산출근거 3. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항 제81조의15(과세전적부심사) ① 세무서장 또는 지방국세청장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 미리 납세자 에게 그 내용을 서면으로 통지(이하 이 조에서 "과세예고통지"라 한다)하여야 한다. 1. 세무서 또는 지방국세청에 대한 지방국세청장 또는 국세청장의 업무감사 결과(현지에서 시정조치하는 경우를 포함한다)에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세하는 경우 2. 세무조사에서 확인된 것으로 조사대상자 외의 자에 대한 과세자료 및 현지 확인조사에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세하는 경우 3. 납부고지하려는 세액이 100만 원 이상인 경우. 다만, 「감사원법」 제33조에 따른 시정요 구에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세처분하는 경우로서 시정요구 전에 과세처 분 대상자가 감사원의 지적사항에 대한 소명안내를 받은 경우는 제외한다. ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 통지를 받은 자는 통지를 받은 날부터 30일 이내에 통 지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 통지 내용의 적법성에 관한 심사[이하 이 조에서 " - 27 - 과세전적부심사"(課稅前適否審査)라 한다]를 청구할 수 있다. 다만, 법령과 관련하여 국세청 장의 유권해석을 변경하여야 하거나 새로운 해석이 필요한 경우 등 대통령령으로 정하는 사항에 대해서는 국세청장에게 청구할 수 있다. 1. 제81조의12에 따른 세무조사 결과에 대한 서면통지 2. 제1항 각 호에 따른 과세예고통지 ③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제2항을 적용하지 아니한다. 3. 세무조사 결과 통지 및 과세예고통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우 ▣ 구 국제조세조정에 관한 법률(2017. 12. 19. 법률 제15221호로 개정되기 전의 것) 제5조(정상가격의 산출방법) ① 정상가격은 다음 각 호의 방법 중 가장 합리적인 방법으로 계산한 가격으로 한다. 다만, 제 6호의 방법은 제1호부터 제5호까지의 방법으로 정상가격을 산출할 수 없는 경우에만 적용 한다. ② 제1항에 따른 정상가격 산출방법에 관한 구체적인 사항은 대통령령으로 정한다. ▣ 구 국제조세조정에 관한 법률 시행령(2021. 2. 17. 대통령령 제31448호로 전부개정되기 전 의 것) 제6조(정상가격 산출방법의 보완 등) ⑨ 법 제5조 제1항에 따라 정상가격 산출방법을 적용할 때 경제적 여건이나 사업전략 등의 영 향이 여러 해에 걸쳐 발생함으로써 해당 사업연도의 자료만으로 가격ᆞ이윤 또는 거래순이 익을 산출하는 것이 합리적이지 아니할 경우에는 여러 사업연도의 자료를 사용할 수 있다. ▣ 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것) 제52조(부당행위계산의 부인) ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 "특수관계인"이라 한다)과의 거래로 인하여 그 법인 의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행 위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연 도의 소득금액을 계산할 수 있다. - 28 - ② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상 적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ᆞ이자율ᆞ임대료 및 교환 비율 과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 "시가"라 한다)을 기준으로 한다. ▣ 구 법인세법 시행령(2016. 8. 31. 대통령령 제27472호로 개정되기 전의 것) 제89조(시가의 범위 등) ② 법 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계 산한 금액에 따른다. 1. 「부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식등 을 제외한다. ▣ 구 부가가치세법(2021. 12. 8. 법률 제18577호로 개정되기 전의 것) 제29조(과세표준) ④ 제3항에도 불구하고 특수관계인에게 공급하는 재화 또는 용역에 대한 조세의 부담을 부당 하게 감소시킬 것으로 인정되는 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 공 급한 재화 또는 용역의 시가를 공급가액으로 본다. 1. 재화의 공급에 대하여 부당하게 낮은 대가를 받거나 아무런 대가를 받지 아니한 경우 ▣ 감정평가 실무기준 4.3.1 지식재산권의 감정평가 원칙 ① 지식재산권을 감정평가할 때에는 수익환원법을 적용하여야 한다. 4.3.2 수익환원법의 적용 ① 지식재산권을 수익환원법으로 감정평가할 때에는 다음 각 호에 따른 방법으로 감정평가할 수 있다. 다만, 대상 지식재산권이 창출할 것으로 기대되는 적정 수익에 근거하여 합리적으 로 감정평가할 수 있는 다른 방법이 있는 경우에는 그에 따라 감정평가할 수 있다. 1. 해당 지식재산권으로 인한 현금흐름을 현재가치로 할인하거나 환원하여 산정하는 방법 2. 기업전체에 대한 영업가치에 해당 지식재산권의 기술기여도를 곱하여 산정하는 방법. 끝.