학교법인이 교육용 부동산에 부과된 취득세·등록세·재산세 등 부과처분 취소 청구

【심급】 1심 【세목】 지역자원시설세 【주문】 1. 피고가 원고에 대하여 한, 가. 2001. 6. 5. 재산세 1,415,710원, 도시계획세 1,887,620원, 공동시설세 2,974,200원, 지방교육세 283,140원의, 나. 2001. 9. 10. 취득세 92,621,960원, 농어촌특별세 8,490,320원, 등록세 37,048,770원, 지방교육세 6,792,260원의, 다. 2001. 10. 13. 재산세 4,121,940원, 도시계획세 2,747,950원, 공동시설세 4,212,730원, 지방교육세 금 824,370원의, 각 부과처분을 취소한다. 2. 소송비용은 피고의 부담으로 한다. 【이유】 1. 인정사실 가. 처분의 경위 (1) 원고는 중등교육 및 고등교육을 주된 목적으로 하여 초·중등교육법 및 고등교육법에 의한 학교를 경영하는 비영리법인으로, 1999. 9.경 원고가 경영하는****(이하 ‘대학’이라 한다) 교내인 **** 지상에 제1복지관 건물 7,504.69㎡를, 1998. 9.경 같은 **** 지상에 제2복지관 건물 2,390㎡를, 1999. 8.경 같은 **** 지상에 이공대학 건물 12,533.92㎡를 각 신축하여 1999. 10.경, 1999. 8. 경 및 1999. 10.경 각 소유권보존등기를 경료한 후 위 건물들을 소유하고 있다. (2) 또한, 원고는 중소기업창업지원법에 의하여 창업보육센터사업자로 지정받아 2000. 12. 12. 같은 **** 지상에 창업보육센터 건물 4,065㎡(이하 ‘창업보육센터’라 한다)를 신축하여 이를 소유하고 있다. (3) 그런데 피고는 원고에게, 창업보육센터에 대하여구 지방세법(2001. 12. 29. 법률 제6549호로 개정되기 전의 것) 제280조 제4항에 의하여 50/100의 감경율을 적용한 주문 제1의 가.항 기재와 같은 재산세(2001년 귀속분) 등의 부과처분을 하였고, 제1복지관 중 2,816.7㎡부분 및 제2복지관 중 1,195㎡부분(이하 ‘복지관부분’이라 한다)과 이공대학 중 717.15㎡부분(이하 ‘이공대학부분’이라 한다)이 수익사업에 사용되고 있다는 이유로구 지방세법(각 1998. 12. 31. 법률 제5615호로 개정되기 전의 것, 1999. 12. 28. 법률 제6060호로 개정되기 전의 것 및 2000. 12. 29. 법률 제6312호로 개정되기 전의 것) 제107조단서,제127조 제1항단서,제184조단서 등에 의하여주문 제1의 나. 및 다.항 기재와 같은 취득세, 등록세, 재산세(1999년 및 2000년 귀속분) 등의 각 부과처분을 하였다. 나. 각 건물의 이용 현황 등 (1) ① 원고는 후생복지시설의 운영주체를 둘러싼 대학과 학생들 간의 마찰을 피하고 전문성 결여로 인한 부실화를 방지하며 구성원들의 후생복지에 대한 다양한 요구에 부응하는 합리적이고 효율적인 후생복지조직을 만들기 위해 1990. 11. 22. ****생활협동조합(이하 ‘생협’이라 한다)을 설립하였는데, 생협은 대학 및 그 산하 각급학교 교직원, 대학의 대학생 및 대학원생, 생협 직원을 그 조합원으로 하며, 학교생활에 필요한 양질의 물품을 저렴한 가격에 공급하는 복지매장의 운영, 무료영화상영, 체육용품 및 우산 무료 대여, 각종 전시활동, 소식지 및 안내책자 발행 등의 교육홍보, 인터넷 홈페이지 등을 통한 구성원들의 의견수렴 등을 그 사업내용으로 하고 있다. ② 대학은 1998. 11. 25. 생협과 대학시설 등의 사용, 후생복지사업의 경영지원 및 그 관리를 위한 약정을 체결하였는데, 이에 따라 생협은 복지관부분을 인계받아 일부는 복합매장, 이발관, 미용실, 식당 등으로 직접 운영하고, 일부는 제과점, 사진관, 복사실 등으로 제3자에게 보증금 1,000,000원, 임대료 연 1,200,000원 정도에 임대하거나 1% 내지 10%의 수수료를 받는 조건으로 위탁경영하게 하였고, 대학은 학생처부처장 등을 생협의 당연직 이사로 파견하여 생협의 재무상황 및 업무상황을 보고받고 자문하는 등으로 시설물과 비품의 관리 및 그에 따른 책임규명을 하여 왔으며, 생협으로부터 별도의 사용료는 받지 아니하고 기부금을 수령하여 왔다. ③ 생협은 1999년 직영매장 및 임대·위탁매장의 수입을 포함하여 991,497,855원의 수입이 있었으나 직원에 대한 임금·각종 공과금·교육홍보비 등의 일반관리비 721,977,844원의 지출과 대학에 대한 기부금 215,000,000원을 포함한 기타 비용 235,009,227원의 지출로 그 순이익이 28,436,887원에 불과하고, 2000년 역시 1,072,686,236원의 수입이 있었으나 위와 같은 일반관리비 702,628,284원의 지출과 대학에 대한 기부금 323,400,000원을 포함한 기타 비용 340,274,691원의 지출로 그 순이익이 24,541,411원에 불과하다. (2) 대학은 이공대학 구내식당 및 매점으로 쓰이고 있는 이공대학부분을 직영할 경우에 전문성 부족으로 인한 만성적 적자 상태가 발생할 것을 염려하여 이를 한화국토개발주식회사에게 임대기간 2000. 4. 1.부터 2002. 7. 31.까지, 임대료 총 114,100,000원으로 정하여 임대하면서, 주방기기 및 기물 등의 추가구입비, 소독비, 수도 및 전기요금, 식당인테리어보수비용, 기타 유지관리비용 등은 대학이 부담하고, 식단 및 가격의 결정은 상호협의하며, 매점의 물품판매가격은 생협의 판매가격과 동일하게 유지하기로 하였는데, 위 임대수입은 위 유지관리비용 및 후생비보다 적어 적자상태로 운영되고 있다. (3) 대학은 자신이 보유하는 인적·물적 자원을 지역사회에 환원하여 공공서비스를 수행하고 실질적인 산학협력의 이념을 실현하며 지역경제를 활성화시키려는 취지에서 창업보육센터의 설립을 추진하게 되었고, 졸업예정자를 포함한 예비창업자와 신규창업자를 입주케 하여 기계, 정보통신 등의 창업에 관련된 각종 연구시설 등을 사용하게 하고 있으며, 교수 및 연구인력이 직접 입주업체에 대하여 기술 및 경영지도 등을 함과 동시에 교수의 실험실 및 학생들의 현장실습시설로도 활용하고 있고, 입주업체들로부터 입주회비(평당 10만원) 및 매월 특별관리비(평당 1만원)를 받고 있는데, 위 입주회비는 임차보증금의 성격을 가지는 것으로 퇴거할 때 환급되는 것이고, 특별관리비는 시설물의 유지관리를 위한 실비의 일부에 불과하여, 그 밖의 창업보육센터의 운영비용은 대부분 중소기업청 및 광주광역시의 지원금으로부터 충당되고 있다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 2의 1, 2 ,3, 갑 3, 4의 각 1, 2, 갑 7의 1, 2, 갑 9, 10, 갑 11의 1, 2, 갑 14, 을 2, 3의 각 1, 2, 3, 을 4, 을 5의 1, 2, 3, 을 6의 1, 을 9, 증인김철홍, 변론 전체의 취지 2. 관련법령 별지와 같다. 3. 이 사건 각 처분의 적법 여부 가. 당사자들의 주장 원고는, 복지관부분 및 이공대학부분은 학생들의 후생복지를 위한 교육지원시설로 사용되고 있고, 창업보육센터는 산학협력 차원에서 교육 및 연구시설로 사용되고 있어 각각 교육사업에 직접 사용되고 있는 부동산이지 수익사업에 사용되는 것으로는 볼 수 없으므로 이 사건 각 부과처분은 위법하다고 주장하고, 피고는, 복지관부분과 이공대학부분은 부동산임대사업에 사용되고 있고, 창업보육센터 역시 유료로 사용되거나 부동산임대사업에 사용되고 있으므로 각각 교육사업에 직접 사용되는 부동산이라고 할 수 없어 이 사건 각 부과처분은 적법하다고 주장한다. 나. 판단 (1) 복지관부분에 대한 판단 위 인정사실에 의하면, 대학이 생협으로 하여금 복지관부분을 직영 또는 임대 등의 형식으로 운영하게 하고 생협으로부터 기부금을 받은 점은 인정되나, 한편 복지관부분에는 구내식당 및 복사실 등의 대학 구성원들을 위한 필수적인 후생복지시설들이 들어서 있는 점, 대학은 효율적으로 복지관부분을 관리하기 위해 학생 및 직원 등을 그 구성조합원으로 하여 생협을 설립하였고, 학생처부처장 등을 생협의 당연직 이사로 파견하여 그 재무상황 및 업무상황 등을 보고 받고 자문하는 등으로 시설물과 비품의 관리 및 그에 따른 책임규명을 하여온 점, 대학은 기부금 이외에 별도의 사용료 등을 받지 아니한 점, 그 밖에 복지관부분의 규모, 그동안의 생협의 총수입과 순수입 및 기부금의 액수 등에 비추어보면, 위 기부금은 대학이 임대료 수입 자체를 목적으로 복지관부분을 임대하여 받은 금원이라고 보기에는 부족하고, 오히려 교육지원시설인 학생들의 후생복지시설을 대학이 직접 경영하지 아니하고 대학 구성원들을 그 조합원으로 하는 별도의 경영조직인 생협으로 하여금 경영하게 하는 대신 받은 필요 최소한의 감가상각 및 시설유지비용에 불과하다고 봄이 상당하므로, 복지관부분은 원고의 교육사업에 직접 사용되는 부동산일 뿐이고 수익사업에 사용되는 부동산이라고 볼 수는 없다. (2) 이공대학부분에 대한 판단 위 인정사실에 의하면, 대학이 이공대학부분을 한화국토개발주식회사에 2년 4개월 동안 임대하고 그 임대료 명목으로 114,100,000원을 지급받은 점은 인정되나, 한편 이공대학부분은 구내식당과 매점으로 그 구성원들의 필수적인 후생복지시설인 점, 대학이 전문성 부족으로 인한 경영장애를 우려하여 한화국토개발주식회사에 이를 임대하여 운영하게 하였으나, 위 식당의 운영에 있어 식단이나 가격 등은 상호협의하기로 하였으며, 위 임대료 수입은 대학이 부담하는 각종 유지관리비용보다 적어 적자상태로 이를 운영해 오고 있는 점 등에 비추어 보면, 위 임대료도 교육지원시설인 식당 등의 후생복지시설을 전문성이 있는 업체로 하여금 경영하게 하는 대신 받은 필요 최소한의 시설유지 및 관리비용에 불과하다고 봄이 상당하므로, 이공대학부분 역시 원고의 교육사업에 직접 사용되는 부동산으로 볼 것이지 수익사업에 사용되는 부동산으로 볼 것은 아니다. (3) 창업보육센터부분에 대한 판단 위 인정사실에 의하면, 대학이 창업보육센터의 입주업체들로부터 입주회비와 특별관리비를 받은 점은 인정되나, 한편 대학은 산학협력 및 지역경제활성화 차원에서 창업보육센터를 설립하게 되었고, 그 교수 등의 연구인력이 창업보육센터의 입주업체에 대해 기술 및 경영지도를 하는 등으로 사회교육을 함과 동시에 이를 실험실이나 현장실습시설로도 활용하고 있는 점, 입주회비는 보증금적인 성격을 갖는 것이고 특별관리비는 시설물관리를 위한 실비의 일부에 불과하여 그 밖의 창업보육센터의 운영비용은 각종 지원금에서 충당되는 점 등에 비추어 보면, 위 특별관리비 등 역시 필요 최소한의 시설유지 및 관리비용에 불과하다고 봄이 상당하므로, 창업보육센터를 원고의 교육사업에 직접 사용되는 부동산으로 볼 것이지, 유료로 사용되거나 수익사업에 사용되는 부동산으로는 볼 수는 없다. (4) 소결 따라서, 이 사건 부동산들이 부동산임대사업에 사용되고 있거나 유료로 사용되고 있음을 전제로 하는 피고의 이 사건 각 처분은 위법하다. 4. 결론 그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 받아들이기로 하여 주문과 같이 판결한다.