개발사업 시행자가 토지를 양도한 뒤 양도소득세를 신고·납부하고, 이에 대한 개발부담금 부과처분을 받았다.

• 원고는 개발사업을 시행한 사업시행자로서 개발이익환수에 관한 법률에 따라 개발부담금 부과 대상이 되었다.
• 원고가 개발사업 대상 토지를 양도하면서 양도소득세를 신고·납부했고, 피고는 이 세액을 개발비용에 반영해 2010년 9월 10일 원고에게 개발부담금 566,437,640원을 부과했다.
• 원고는 토지 양도 당시 적용된 개별공시지가가 나중에 크게 올라 양도소득세액이 늘어날 상황이었지만, 부과시효가 지나 과세관청이 추가 부과를 할 수 없게 되었다고 주장했다.
• 원고는 이렇게 실제로 부과할 수 없게 된 양도소득세액까지 개발비용에 산입해 개발부담금을 다시 계산해야 한다고 주장하며 처분 취소를 구했다.
• 1심 법원은 원고의 청구를 받아들이지 않았고, 원고가 항소해 서울고등법원에서 다시 판단을 받게 되었다.

원고가 개발사업을 시행한 뒤 토지를 양도하면서 양도소득세를 신고·납부했고, 피고가 이를 기초로 개발부담금 566,437,640원을 부과했다. 원고는 양도소득세 부과시효가 지나 실제 부과할 수 없는 세액까지 개발비용에 산입해야 한다고 다투었으나, 법원은 실제 납부한 세액만 개발비용으로 인정해야 한다며 부과처분 중 566,291,620원을 초과하는 부분만 취소했다.

• 개발이익환수에 관한 법률과 시행령은 부과개시시점 이후 양도소득세가 실제로 부과된 경우 그 세액 중 일부를 개발비용으로 계상할 수 있다고 규정하고 있을 뿐, 부과시효가 지나 부과할 수 없게 된 세액까지 계상하라는 취지는 아니라고 보았다.
• 시행령은 부담금을 결정한 뒤 누락이나 오류가 있으면 다시 조사해 정정하도록 하고 있는데, 이는 이미 부과된 양도소득세액을 기준으로 개발비용을 산정하면 충분하다는 의미이지, 실제 부과되지도 않은 세액을 가상으로 계산해 넣으라는 뜻은 아니라고 해석했다.
• 양도소득세액 일부를 개발이익에 계상하도록 한 것은 양도소득과 개발이익이 실질적으로 같아 이중 과세를 피하려는 취지일 뿐이므로, 실제 부과된 세액만 반영하는 것이 조세 이중부담이나 과잉금지 원칙에 어긋나지 않는다고 판단했다.
• 다만 원고 측이 실제로 납부한 양도소득세액과 피고가 처분에서 인정한 납부세액 사이에 38,015,387원의 차이가 있었으므로, 이 차액을 개발비용에 반영하지 않은 부분은 위법하다고 보았다.
• 그 결과 개발부담금을 다시 계산하면 566,291,620원이 되므로, 이 금액을 초과하는 부과 부분만 취소하고 나머지 원고의 항소는 받아들이지 않았다.

개발부담금을 산정할 때 개발비용에 넣을 수 있는 양도소득세는 실제로 부과·납부된 세액을 기준으로 해야 하며, 부과시효가 지나 부과할 수 없게 된 세액까지 가상으로 계산해 넣을 수는 없다는 점을 보여준 판결이다. 다만 실제 납부한 세액을 제대로 반영하지 않아 부담금이 과다하게 부과된 부분은 취소되어야 한다.