지방공사가 개발사업 과정에서 토지를 취득해 나대지로 보유하다가 대한민국과 다른 매수자에게 매각함

【심급】 1심 【세목】 취득세 【주문】 1. 피고의 항소를 기각한다. 2. 항소비용은 피고가 부담한다. 【이유】 1. 처분의 경위 가. 원고는 2007. 6. 7.경 ****(이하 ‘이 사건 회사’라고 한다)로부터 **** 잡종지 100,252.1㎡(이하 ‘이 사건 토지’라고 한다)를 취득하고, 같은 날 피고에게 경상남도세 감면조례 제19조 제1항에 따른 취득세 등의 감면신청을 하였다. 나. 피고는 원고가 취득한 이 사건 토지가 그 고유 업무에 직접 사용하기 위하여 취득한 부동산에 해당하는 것으로 보아 취득세 등을 면제하였는데, 2010. 8. 5. 원고에 대하여 ‘이 사건 토지를 정당한 사유 없이 원고의 고유 업무에 직접 사용하지 아니한 채 나대지 상태로 방치하고 있다가 취득한지 1년 11개월이 지난 시점에서 매각하였다’라는 이유로, 경상남도세 감면조례 제19조 제3항에 따라 이 사건 토지의 취득가액 23,507,593,618원을 과세표준으로 하여 산출된 취득세 672,082,090원, 농어촌특별세 67,208,190원, 등록세 672,082,090원, 지방교육세 125,013,360원 합계 1,536,385,730원(가산세 포함)을 부과하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라고 한다). [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증(가지번호 포함, 이하 같다), 갑 제2, 9호증, 을 제1 내지 5호증의 각 기재, 변론 전체의 취지 2. 당사자의 주장 가. 원고의 주장 원고가 이 사건 회사로부터 이 사건 토지를 취득하고 그 후 이를 대한민국(국토해양부)과 ****에 매각한 것은 원고의 정관 제5조 제1항 제10, 13, 15호에 규정된 고유 업무에 직접 사용하기 위한 것인바, 비록 원고가 이 사건 토지를 그 취득일로부터 1년이 경과한 무렵까지 보유하고 있었다고 하더라도, 이 사건 토지를 일시적으로 보유하는 것 자체가 원고의 고유 업무에 사용하고 있는 일련의 상태라고 보아야 한다. 설령 그렇지 않다고 하더라도 적어도 고유 업무에 직접 사용하지 아니한 데에 정당한 사유가 있으므로, 이 사건 토지에 관한 취득세, 농어촌특별세, 등록세, 지방교육세는 경상남도세 감면조례 제19조에 의하여 면제되어야 한다. 나. 피고의 주장 원고가 2007. 6. 7.경 이 사건 회사로부터 이 사건 토지를 취득한 후 1년 이내에 정당한 사유 없이 고유 업무에 직접 사용하지 아니한 채 나대지 상태로 방치하고 있다가 1년 11개월이 지난 2009. 4. 28.경과 2009. 5. 1.경에 이르러서야 이를 대한민국(국토해양부)과 ****에 매각하였으므로, 경상남도세 감면조례 제19조 제3항에 따라 이 사건 토지에 대하여 취득세, 농어촌특별세, 등록세, 지방교육세를 추징하는 것은 적법하다. 3. 관계법령 ■ 구 지방세법(2007. 7. 20. 법률 제8540호로 개정되기 전의 것) 제7조 (공익등 사유로 인한 과세면제 및 불균일과세) ① 지방자치단체는 공익상 기타의 사유로 인하여 과세를 부적당하다고 인정할 때에는 과세하지 아니할 수 있다. ② 지방자치단체는 공익상 기타의 사유로 인하여 필요한 때에는 불균일과세를 할 수 있다. 제9조 (과세면제등을 위한 조례) 제7조 및 제8조의 규정에 의하여 지방자치단체가 과세면제ㆍ불균일과세 또는 일부과세를 하고자 할 때에는 행정자치부장관의 허가를 얻어 당해지방자치단체의 조례로써 정하여야 한다. ■ 경상남도세 감면조례 제1조(목적) 이 조례는「지방세법」제7조 및 제9조에 따라 경상남도세의 과세 면제 및 불균일 과세에 관한 사항을 규정하여 법령 기능을 보완하고 과세의 공평을 기함으로써 지역 사회의 건전한 발전에 이바지함을 목적으로 한다. 제19조(지방공사 등에 대한 감면) ①「지방공기업법」에 따라 설립된 지방공사 및 지방공단이 그 고유 업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산과 전동차에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 그 법인등기와 구분지상권 설정등기(지하철공사에 한한다)에 대하여는 등록세를 면제하며, 과세 기준일 현재 그 고유 업무에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 공동시설세를 면제한다. ②「지방자치법」제2조에서 규정한 지방자치단체가 출자 또는 출연한 법인(단체를 포함한다)이 그 고유 업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 법인등기에 대하여는 등록세를 면제한다. 다만, 총자산 중 민간출자분 또는 민간출연분이 있는 경우 그 부분에 대하여는 그러하지 아니한다. ③ 제1항부터 제2항까지의 경우 부동산의 취득일부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 고유 업무에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다. 4. 판단 가. 구 경기도 도세감면 조례(2008. 12. 30. 조례 제3827호로 전부 개정되기 전의 것) 제9조 단서가 추징사유의 하나로 들고 있는 ‘노인복지시설에 직접 사용하지 아니하고 다른 용도로 사용하는 경우’에서 말하는 ‘직접 사용’의 의미는 당해 재산의 용도가 직접 그 본래의 업무에 사용하는 것이면 충분하고, 그 사용의 방법이 스스로 그와 같은 용도에 제공하거나 혹은 제3자에게 임대 또는 위탁하여 그와 같은 용도에 제공하는지 여부는 가리지 않는다( 참조). 구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부 개정되기 전의 것) 제288조 제2항 단서가 정하는 ‘정당한 사유’라고 함은 법령에 의한 금지ㆍ제한 등 그 본문에 규정된 비영리단체가 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유 업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였으나 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부사유도 포함하고, 정당한 사유의 유무를 판단함에 있어서는 비영리단체에 의하여 수행되는 사업의 공익성을 감안하여 취득세를 부과하지 아니하는 입법취지를 충분히 고려하면서 부동산의 취득목적에 비추어 그 고유 업무에 직접 사용하는 데에 걸리는 준비기간의 장단, 고유 업무에 사용할 수 없는 법령상ㆍ사실상의 장애사유 및 장애 정도, 비영리단체가 부동산을 고유 업무에 사용하기 위하여 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단할 것이다( 참조). 나. 인정사실 아래의 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제2 내지 12호증, 을 제4호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 이를 인정할 수 있다. 1) 원고는 부산광역시가 100％ 출자하여 설립한 지방공사인데, 원고의 정관 가운데 주요 내용은 아래와 같다. 제1조 (목적) 이 공사는 지방공기업법(이하 "법"이라 한다)과 부산도시공사설치조례(이하 "조례"라 한다)가 정하는 바에 따라 도시개발 사업을 통하여 시민의 주거생활 안정과 복지향상 및 지역사회 발전에 이바지함을 목적으로 한다. 제5조 (사업) ① 공사는 제1조의 목적을 달성하기 위하여 다음 각 호의 사업을 수행한다. 10.「공유수면매립법」에 따른 공유수면매립사업 13. 국가ㆍ지방자치단체 또는 공공기관이 위탁하거나 국가로부터 사업시행자로 지정된 자가 위탁하는 사업 15. 제1호부터 제14호까지에 해당하는 사업과 관련된 부대사업 2) 대한민국(해양수산부)과 이 사건 회사는 2000. 12. 14.경 부산신항개발 민간투자시설사업에 관한 실시협약을 체결하고, 해양수산부장관은 2000. 12. 22.경 위 사업에 관한 실시계획 고시(해양수산부고시 제2000-83호)를 하였는데, 위 실시협약의 주요 내용은 아래와 같다. 제1조(협약의 목적 및 사업의 범위) ② 본 사업의 범위 및 규모는 다음과 같다. 제3조(사업시행자의 지정) 정부는 민간투자법, 민간투자법 시행령, 시설사업기본계획 및 본 협약에 따라 이 사건 회사를 본 사업에 대한 사업시행자로 지정하고, 부두시설에 대한 관리운영권을 설정ㆍ부여한다. 제5조(사업시행의 방법) ① 사업시행자는 1단계 사업을 시행하되 제1조 제2항에 따라 구분하여 1-1단계 시설의 건설ㆍ운영 및 배후부지 조성사업을 우선 시행한다. ② 1-2단계 시설의 착공 시기는 1-1단계 시설의 준공예정일 이전 3년 이내에 물동량 변동추이, 금융환경, 대내ㆍ외 경제 환경의 급격한 변화 등을 종합적으로 고려하여 정부와 사업시행자가 협의ㆍ결정하여 시행하기로 한다. 제7조(소유권의 귀속) ① 본 사업시설 중 부두시설은 준공과 동시에 국가에 귀속되고, 운영설비 및 기타 항만법시행령 제17조에 열거된 국가 귀속대상 외의 항만시설은 사업시행자의 소유로 한다. ② 배후부지는 사업시행자의 소유로 한다. 단, 도로, 녹지 공간 등 관련 법규상 국가 또는 지방자치단체에 귀속되어야 하는 부분은 제외한다. 3) 원고는 이 사건 회사와 사이에 2001. 6. 27.경 및 2006. 3. 31.경 부산신항개발 민간투자시설사업 중 북컨테이너터미널 배후부지 사업(이하 ‘이 사건 사업’이라고 한다) 시행협약 및 변경협약을 체결하였는데, 위 협약의 주요 내용은 아래와 같다. 제3조(업무의 위ㆍ수탁) ① 이 사건 회사는 배후부지의 개발을 실시협약 제38조 제2항에 의하여 원고에게 위탁한다. ② 원고는 자기의 노력과 비용으로 배후부지를 조성하고, 이 사건 회사는 원고가 조성한 배후부지를 원고에게 제8조 토지공급대가 상당액으로 매각한다. ③ 원고는 이 사건 회사로부터 매입한 배후부지를 실수요자에게 분양하여 투자비 등을 회수한다. ④ 배후부지 사업의 시행과 관련하여 이 사건 회사는 사업시행자로서 권리와 의무를 가지고, 원고는 배후부지 사업의 시행을 위한 재원조달, 개발 등 실질적인 업무를 수행한다. 제5조(재원의 조달) 원고는 배후부지 개발과 관련된 개발 사업비, 토지선급금 등 일체의 투자재원을 자신의 책임과 비용으로 조달한다. 제23조(배후부지 소유권이전 및 토지등기) ① 배후부지 사업으로 조성된 매립지는 관계법령에 따라 사업준공(부분준공 포함)과 동시에 이 사건 회사의 명의로 소유권보존등기를 하고, 배후부지사업 지구 내 육지부는 매입시점에 이 사건 회사의 명의로 소유권이전등기를 한다. 단, 원고는 본 시행협약과 관련된 권리보전을 위해 가등기, 근저당설정 등의 필요한 조치를 취할 수 있다. ② 이 사건 회사가 원고에게 공급하는 분양용지는 배후부지의 소유권보존등기와 동시에 원고 명의로 이전등기를 한다. 단, 도로, 녹지, 공공시설 등 관련 법령에 따라 관리청에 기부채납할 시설은 제외한다. ③ 제1, 2항의 규정에 불구하고 배후부지 사업준공(부분준공 포함) 후 관련법에 따라 분양용지에 대한 원고 명의로 원시취득이 가능한 경우 협약당사자는 협의하여 원고 명의로 소유권보존등기를 한다. 제24조(배후부지의 유지ㆍ관리) 원고는 조성된 배후부지(부분준공의 경우 준공부분)에 대하여 그 소유권이 실소유자에게 이전되고 공공시설물이 이관될 때까지 배후부지의 기능이 유지되도록 선량한 관리자로서의 주의의무를 다하여야 하고, 자신의 책임과 비용으로 이를 유지ㆍ관리한다. 4) 한편, 원고는 대한민국(해양수산부) 및 ****와 사이에 2005. 7. 21.경 원고가 이 사건 사업부지(93만 평) 중 이 사건 토지가 포함된 물류용지 1,204,203㎡(364,271평)를 아래 표 기재와 같이 각 단계별로 준공하여 2010년까지 대한민국(해양수산부)과 ****에 이를 연차적으로 공급하기로 합의하였고, 2005. 8. 29.경 매매대금을 완납한 각 단계별 준공토지에 관하여 지적 및 등기부 정리를 마친 다음 대한민국(해양수산부) 및 ****에게 그 소유권을 이전하는 내용의 매매계약(이하 ‘이 사건 매매계약’이라고 한다)을 체결하였다. 5) 이 사건 회사는 2007. 1. 19.경 부산지방해양수산청 부산항건설사무소장으로부터 이 사건 토지가 포함된 부산신항개발 민간투자시설사업의 배후부지(PI-2A구역) 549,775.7㎡에 관하여 준공확인필증(제2007-1호)을 교부받은 다음 2007. 1. 29.경 이 사건 회사 명의로 신규등록(매립준공)을 마쳤다. 6) 이 사건 회사는 2007. 5. 30.경 원고와 사이에, 2006. 3. 31.자 이 사건 사업 변경협약에 따라 원고가 부담한 공사비용 등 23,507,593,618원의 지급에 갈음하여 이 사건 토지의 소유권을 원고에게 이전하는 내용의 대물변제계약을 체결하였고, 2007. 6. 7.경 이 사건 토지에 관한 소유권보존등기를 마쳤다가 같은 날 원고에게 소유권이전등기를 마쳐주었다. 7) 원고는 이 사건 매매계약을 원인으로 하여 이 사건 토지 중 각 1/2 지분에 관하여, 2009. 4. 28.경 대한민국(국토해양부)에게, 2009. 5. 1.경 ****에게 각 소유권이전등기를 마쳤다. 다. 판단 살피건대, 위 인정사실과 앞서 든 각 증거에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정에 비추어 보면, 이 사건 사업 협약에 따른 공유수면매립, 항만 및 배후부지 조성공사, 이 사건 토지의 취득 및 매각은 원고의 고유 업무인 이 사건 사업목적 달성을 위한 일련의 행위들로서 이 사건 사업의 수행 자체에 해당된다고 할 것이다. 따라서 비록 원고가 이 사건 처분을 위한 과세기준일인 이 사건 토지 취득일로부터 1년이 경과한 2008. 6. 8.경에 여전히 이 사건 토지를 소유하고 있었다고 하더라도, 원고가 이 사건 토지를 취득한 후 나대지 상태로 방치한 것이 아니라 취득 이전인 2005. 8. 29.경 이미 이 사건 매매계약을 체결한 후 대금을 지급받을 때까지 이를 보유하고 있는 상태, 즉 이 사건 토지의 매각을 위하여 직접 사용하고 있는 상태라고 봄이 상당하다. 설령 그렇지 않다고 하더라도 원고는 고유 업무에 이 사건 토지를 직접 사용하지 아니한 데에 정당한 사유가 있다고 할 것이므로, 이와 다른 전제에서 피고가 한 이 사건 처분은 위법하다고 할 것이다. 1) 원고의 정관상 설립 목적에는 ‘공유수면매립사업’ 또는 ‘국가지방자치단체 또는 공공기관이 위탁하거나 국가로부터 사업시행자로 지정된 자가 위탁하는 사업’ 및 ‘이와 관련된 부대사업’이 포함되어 있다. 이러한 사업은 원고의 고유 업무이고, 원고는 이러한 고유 업무를 수행하기 위하여 이 사건 회사와 사이에 이 사건 사업에 대한 시행 및 변경협약을 각 체결하였다. 2) 원고는 이 사건 사업에 대한 시행 및 변경협약에 의하여, 일단 원고의 비용으로 이 사건 사업을 수행하되 완공 후 이 사건 회사로부터 조성된 배후부지 중 그 공사대금에 상당하는 토지를 이전받아 다시 이를 실수요자에게 분양하는 방식으로 투자비 등을 회수하고, 원고는 조성된 배후부지에 대하여 그 소유권이 실소유자에게 이전될 때까지 자신의 책임과 비용으로 배후부지의 기능이 유지되도록 선량한 관리자로서의 주의의무를 다할 의무가 있었으므로, 원고가 이 사건 토지를 취득하고 이를 일시적으로 소유하였다가 이를 다시 실소유자에게 매각하는 것은 이 사건 사업 당초부터 예정된 것이었다. 3) 원고가 이 사건 토지에 관한 소유권을 취득하기 이전인 2005. 8. 29.경 체결한 이 사건 매매계약에 의하면, 원고는 이 사건 토지를 매도하되 매매대금은 2005. 9. 16.경부터 2010. 12. 31.경까지 8회 분할상환으로 지급받은 후 그 소유권이전등기를 마칠 의무가 있었다. 이 사건 회사는 2007. 1. 19.경 이 사건 토지가 준공되자 2007. 5. 30.경 이 사건 토지에 관하여 그 명의로 소유권보존등기를 마침과 동시에 원고 앞으로 소유권이전등기를 마쳐 주었고, 그 후 원고는 2008. 6. 4.경 이 사건 토지에 관한 토지거래허가를 받은 후 이 사건 토지의 매매대금을 지급받자 2009. 4. 28.경과 2009. 5. 1.경 대한민국(국토해양부)과 ****에게 이 사건 토지에 관한 소유권이전등기를 마쳐 주었다. 4) 만약 원고가 이 사건 회사에게 이 사건 사업에 필요한 공사대금을 직접 지급해 줄 것을 요구하였다면 이 사건 회사의 자금사정 등에 비추어 이 사건 사업의 진행자체가 어려웠을 것으로 보인다. 5. 결론 그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 이를 인용할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 같이 하여 정당하므로 피고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.