원고가 2013년도 이전 외국납부세액에 대해 이월세액공제를 적용하여 2014사업연도 법인지방소득세 환급을 요청했으나 피고가 이를 거부함.

• 원고는 2013년도 이전의 외국납부세액을 바탕으로 이월세액공제를 적용하여, 2014사업연도 법인지방소득세 환급을 요구하는 경정청구를 신청함.
• 이에 대해 피고는 2020년 6월 22일 원고의 환급 경정청구를 거부하는 처분을 내림.
• 원고는 피고의 이러한 거부처분이 부당하다고 주장하며 취소해 달라는 행정소송을 제기함.
• 제1심 법원은 원고의 손을 들어주며 청구를 받아들이는 판결을 선고함.
• 피고는 이에 불복하여 항소하였으나, 항소심 법원 역시 피고의 주장을 받아들이지 않고 항소를 기각함.

원고는 2014사업연도 법인지방소득세 17,663,610원의 환급을 거부당하자 이에 대한 취소 청구 소송을 제기하였다. 이번 소송의 핵심 쟁점은 지방세법이 부가세 방식에서 독립세 방식으로 개정된 이후에도 구 법인세법에 따른 외국납부세액 이월공제 규정이 여전히 적용되는지 여부였다. 법원은 원고의 청구를 받아들여 피고의 거부처분을 취소하고 원고의 손을 들어준 제1심 판결을 그대로 유지하기로 결정했다.

• 법원은 2014년 1월 1일 지방세법이 개정되어 법인지방소득세 부과방식이 독립세 방식으로 변경되었다고 하더라도, 개정 법률의 부칙에서 정한 '종전의 규정'에 외국납부세액 등의 이월공제에 관한 규정들이 포함된다고 봄.
• 개정 전의 법령에 따라 외국납부세액 등의 이월공제를 받을 수 있을 것이라는 원고의 신뢰는 보호되어야 할 정도로 충분히 타당하다고 인정됨.
• 따라서 2013년도 이전의 외국납부세액에 대하여 이월세액공제를 적용하려 한 원고의 행위는 정당함.
• 이를 거부한 피고의 처분은 법리적으로 위법하므로 취소되어야 마땅하다고 판단함.
• 결과적으로 피고의 항소는 이유가 없으므로 이를 받아들이지 않고 기각함.

세제 개편으로 법인지방소득세의 부과 방식이 바뀌었더라도, 이전 법령에 따른 이월공제 혜택에 대한 납세자의 신뢰는 계속 보호되어야 한다는 판결이다. 법원은 세법 개정 전의 외국납부세액 이월공제를 배제하고 세금을 거부한 행정기관의 조치가 위법함을 명확히 확인해 주었다.