산업단지 사업시행자가 무상 취득한 국·공유지의 취득세 과세표준을 두고 과세관청과 산정방식 다툼을 벌임

• 원고는 OO지역에 일반산업단지를 조성하는 산업단지계획(고시 제2012-131호)에 따른 사업시행자로서, 1·2단계 부분 준공과 관련해 국·공유지를 무상으로 취득했다.
• 피고는 2018. 9. 12. 원고에게 2단계 부분 준공된 토지 중 무상귀속 토지에 대해 개별공시지가가 아닌 산업단지 전체 토지의 단위당 평균지가(346,100원/㎡)로 과세표준을 산정해 취득세 48,899,500원(가산세 포함), 교육세 3,824,840원(가산세 포함), 농어촌특별세 7,355,460원(가산세 포함)을 부과했다.
• 앞서 1단계 부분 준공과 관련해서도 같은 방식으로 산정한 과세표준을 근거로 한 경정청구 거부처분이 문제되어 소송(2018구합51629)이 진행됐고, 2019. 10. 24. 원고 승소 판결이 내려져 그 무렵 확정됐다.
• 이 사건에서 피고는 과세표준 산정방식이 위법하다는 점을 인정하면서도, 장래에 적법한 과세표준을 다시 산정해 재처분할 예정이라고 밝혔다.
• 원고는 2018. 12. 10. 이 사건 소송을 제기해 이 사건 처분의 취소를 구했다.

원고는 산업단지 조성 사업의 시행자로서 1·2단계 부분 준공과 관련해 국·공유지를 무상으로 취득했는데, 피고(과세관청)가 2단계 부분 준공 토지에 대해 개별공시지가가 아닌 산업단지 전체 토지의 단위당 평균지가(346,100원/㎡)를 기준으로 과세표준을 산정해 취득세 48,899,500원, 교육세 3,824,840원, 농어촌특별세 7,355,460원(각 가산세 포함)을 부과했다. 법원은 이 과세표준 산정방식이 위법하다고 보고 이 사건 처분 전부를 취소했다.

• 사업시행자가 무상양도 공공시설을 취득하는 시기는 산업입지법 제26조 제4항에 따른 사업 준공인가일이고, 그에 따른 취득세 과세표준은 통지를 한 때의 시가표준액이라는 점이 전제가 됐다.
• 피고 스스로 이 사건 처분의 과세표준 산정방식이 위법하다는 사정을 인정했으므로, 이 사건 처분 전부 또는 적어도 정당한 세액을 초과하는 부분은 취소를 면할 수 없다고 봤다.
• 같은 방식으로 산정된 과세처분을 단순 취소하는 것으로 확정된 선행 판결의 취지와 피고의 진술을 고려할 때 위법한 처분을 유지할 이유가 없다고 판단했다.
• 소제기 이후 진행경과, 소송경제, 확정판결의 취지, 납세자의 권익 보호 등을 종합하면, 상당한 기일이 주어지더라도 이 사건 처분 세액 중 일부로서 정당한 세액을 확정해 재처분할 수 있다고 기대하기 어렵다고 봤다.
• 따라서 과세표준 산정이 잘못된 이 사건 처분 전부를 취소하는 것이 상당하다고 결론 내렸다.

산업단지 사업시행자가 무상 취득한 국·공유지의 취득세 과세표준은 개별공시지가를 기준으로 해야 하며, 과세관청이 산업단지 전체 평균지가를 적용해 부과한 처분은 위법하다는 점을 확인한 사건이다. 과세표준 산정방식이 잘못된 경우 이미 확정된 선행 판결의 취지와 납세자 권익 보호를 고려해 처분 전부를 취소할 수 있다는 점도 보여준다.