원고가 부동산을 매도하고 계약금·중도금을 선수금으로 회계처리한 뒤 소유권이전등기를 마쳤다.

【심급】 1심 【세목】 기타 【주문】 1. 피고가 2003. 6. 17. 원고에 대하여 한 1994 사업연도 귀속 법인세특별부가세 4,176,749,560원 및 1995 사업연도 귀속 법인세 금 2,343,829,100원, 농어촌특별세 139,849,630원의 부과처분을 모두 취소한다. 2. 소송비용은 피고의 부담으로 한다. 【이유】 1. 처분의 경위 가. 원고는 1967. 4. 10. 설립되어 2001. 12. 24. ****에서 현재 상호로 상호가 변경된 조선업 등을 영위하는 회사인데, 부산지방법원에서 1985. 1. 14. 회사정리절차개시결정, 1986. 5. 26. 회사정리계획인가결정, 1993. 10. 28. 회사정리절차종결결정을 받았고, 다시 서울중앙지방법원에서 1997. 10. 31. 회사정리절차개시결정, 1998. 8. 20. 회사정리계획인가결정, 2001. 12. 28. 회사정리절차종결결정을 받았다. 나. 원고는 1994. 4. 25. 소외 ****(이하 ‘****’라 한다) 및 ****(이하 ‘****’이라 한다)와 사이에 원고가 **** 및 ****에게 각 1/3지분 및 2/3지분 비율로 원고 소유의 별지 1 기재 각 부동산(이하 ‘이 사건 부동산’이라 한다)을 매매대금 14,868,000,000원에 매도하고, 계약금 1,486,800,000원은 계약 당일, 중도금은 1994. 10. 25.부터 1996. 10. 25.까지 사이에 총 5회에 걸쳐 6개월마다 금 2,230,200,000원씩, 잔금 2,230,200,000원은 1997. 4. 25. 각 지급받기로 하는 내용의 매매계약을 체결하였다. 다. 원고는 **** 및 ****으로부터 계약금 및 제4회 중도금까지는 위 계약 내용대로 지급받았으나, 제5회 중도금 및 잔금은 위 계약상의 기일 전인 1996. 9. 5. 지급받았고(다만, 그 경위는 뒤에서 보는 바와 같다.), 1994 사업연도(1994. 1. 1.부터 같은 해 12. 31.까지) 및 1995 사업연도(1995. 1. 1.부터 같은 해 12. 31.까지)에 수령한 계약금 및 중도금은 선수금으로 회계처리하였으며, 1997. 2. 3. 이 사건 부동산에 관하여 **** 및 ****으로의 소유권이전등기를 마쳤다. 라. 원고는 1994 및 1995 사업연도 귀속 법인세 과세표준 및 세액신고를 각 법정기한 내에 마쳤는데, 종로세무서장은 1996. 12. 16. 이 사건 부동산의 양도가 첫회 할부금 지급일의 다음날부터 최종 할부금 지급기일까지의 기간이 1년 이상인 장기할부조건부 매매에 해당한다는 전제하에 이 사건 부동산의 양도시기를 제1회 중도금 지급일인 1994. 10. 25.로 보아 1994 사업연도 귀속 법인세특별부가세 4,176,749,560원(가산세 포함)을 부과·고지하고, 원고가 1995 사업연도에 **** 및 ****으로부터 지급받은 제2, 3회 중도금 합계 4,460,400,000원을 당해 사업연도의 익금에, 그에 대응하는 경비 금 935,899,054원을 손금에 각 산입하여 1995 사업연도 귀속 법인세 2,343,829,100원(가산세 포함) 및 농어촌특별세 139,849,630원(가산세 포함)을 부과·고지하였다{원고가 1994 사업연도에 **** 및 ****으로부터 지급받은 계약금 및 제1회 중도금 합계 3,717,000,000원에 관하여도 마찬가지의 방법으로 손금 및 익금에 각 산입하였으나, 1994 사업연도의 경우에는 원고의 손금 총액이 익금 총액을 초과하여 법인세 과세표준이 부(負)의 상태였으므로 과세하지 않았다}. 마. 당시 정리회사이던 원고의 관리인은 위 매매가 장기할부조건부 매매에 해당하지 않는다고 주장하면서 서울행정법원 99구30424호로 위 각 부과처분의 취소를 구하는 소를 제기하였으나 2001. 2. 22. 패소하였고, 다시 서울고등법원 2001누4476호로 항소하여 2002. 10. 17. 그 납세고지서에 세율이 기재되지 않아 위 각 부과처분이 위법하다는 내용의 승소판결을 얻었고, 위 판결은 2003. 4. 11. 대법원 2002두12045호로 확정되었다. 바. 이에 피고는 2003. 6. 17. 다시 원고에 대하여 납세고지서에 세율을 기재한 후 별지 2 기재 제1의 가항 및 제2항의 각 규정을 적용하여 1994 사업연도 귀속 법인세특별부과세 6,385,832,230원(가산세 포함)과 1995 사업연도 귀속 법인세 3,804,163,560원(가산세 포함) 및 농어촌특별세 249,037,260원(가산세 포함)을 부과·고지하였다가 2004. 1. 직권으로 위 당초 각 부과처분 후 발생한 미납부가산세액을 차감하여 위 법인세특별부가세를 4,176,749,560원(가산세 포함)으로, 위 법인세 및 농어촌특별세를 각 2,343,829,100원(가산세 포함), 139,849,630원(가산세 포함)으로 감액경정·고지(이하 위와 같이 감액된 2003. 6. 17.자 각 부과처분을 ‘이 사건 각 부과처분’이라 한다)하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 1, 2, 갑 제2호증의 1 내지 3, 갑 제3호증의 1, 2, 갑 제4호증, 을 제1호증의 1 내지 7, 을 제2호증의 1 내지 6, 을 제3호증, 을 제4호증의 1 내지 7, 을 제5호증의 1 내지 6, 을 제6호증, 을 제7호증의 1 내지 7, 을 제8호증의 1 내지 6, 을 제9, 13, 14호증의 각 기재, 변론 전체의 취지 2. 처분의 적법 여부 가. 원고 주장 원고는, 이 사건 각 부과처분은 이 사건 부동산의 매매가 장기할부조건부 매매라는 전제에 서 있고, 장기할부조건부 매매는 사용수익의 개시가 있는 것을 전제로 첫회 할부금 지급일의 다음날부터 최종 할부금 지급기일까지의 기간이 1년 이상인 경우이어야 하는바, 이 사건에서 ****가 원고와의 보세장치장 등 공동운영계약에 의하여 이 사건 부동산을 사용수익한 사실이 있을 뿐 **** 및 ****이 잔금 완납 전에 위 매매에 따라 이 사건 부동산을 사용수익한 바 없으므로, 위 매매는 장기할부조건부 매매가 아니고, 따라서 이 사건 각 부과처분은 위법하다고 주장한다. 나. 관계 법령 별지 2 기재와 같다. 한편, 헌법재판소가 2000. 1. 27. 96헌바95, 97헌바1·36·64(병합) 전원재판부결정으로 법인세특별부가세의 근거규정인 구 법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 전문개정되기 전의 것) 제59조의2 제1항{별지 2 기재 구 법인세법(1994. 12. 22. 법률 제4804호로 개정되기 전의 것) 제59조의2 제1항과 같다.}에 대하여 포괄위임입법금지원칙 및 조세법률주의에 반하다는 이유로 그 적용중지를 명하는 내용의 헌법불합치결정을 하였고, 이에 따라 법인세법이 2000. 2. 3. 법률 제6259호로 개정되면서 위 규정이 별지 2 기재 구 법인세법(2000. 12. 29. 법률 제6293호로 개정되기 전의 것) 제99조 제1항과 같이 개정되었으며, 그 부칙에서 위 개정 법률을 시행일(2000. 2. 3.) 후 최초로 특별부가세의 과세표준을 신고하거나 특별부가세를 결정 또는 경정하는 분부터 적용하도록 하고 있고, 위 부칙이 2000. 12. 29. 다시 개정되면서 위 개정 법률 전 규정에 따라 부과된 법인세특별부가세의 쟁송사건에 관하여 위 개정 법률을 적용하도록 하고 있는바, 앞에서 본 바와 같이 이 사건 법인세특별부가세 부과처분이 위 개정 법률 전 규정을 적용하여 행하여졌으므로 이 사건에서 위 처분의 적법 여부를 판단함에 있어서는 위 개정 법률을 적용하기로 한다. 다만, 이 사건 법인세 및 농어촌특별세 부과처분은 위 헌법불합치결정의 영향을 받지 아니하므로, 그 적법 여부를 판단함에 있어서 별지 2 제1의 나항 기재 각 규정을 적용하기로 한다. 다. 쟁점 먼저, 위 법률 개정은 이 사건에서 구체적으로 장기할부조건부 매매의 요건에 영향을 미치게 되는바, 법인세특별부가세와 관련하여 위 개정 법률 및 그 준용 규정은 자산의 양도로 인하여 당해 자산의 대금을 2회 이상 월부·연부 기타의 부불방법에 따라 분할하여 수입하고, 양도하는 자산의 소유권이전등기(등록 및 명의개서를 포함한다) 접수일·인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날의 다음날부터 최종 할부금의 지급기일까지의 기간이 1년 이상인 경우 장기할부조건부 매매로 보면서 이 경우 그 소유권이전등기(등록 및 명의개서를 포함한다) 접수일·인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날을 양도시기로 보는바, 이 사건에서는 최종 할부금의 지급일이 1996. 9. 5.이고 소유권이전등기 접수일이 1997. 2. 3.경이므로, 결국 1995. 9. 5. 이전에 위 매매에 따른 이 사건 부동산의 인도 또는 사용수익이 있었던 경우에만 위 매매가 장기할부조건부 매매에 해당하게 된다. 다음으로, 법인세 및 농어촌특별세와 관련하여 관계 법령은 자산의 양도로서 수입금액을 3회 이상 월부·연부 기타의 지불방법에 따라 분할하여 수입하고, 당해 자산의 인도기일(부동산의 경우에는 첫회 할부금 지급일)의 다음날부터 최종의 할부금의 지급기일까지의 기간이 1년 이상인 경우 장기할부조건부 매매로 보면서 이 경우 그 자산 양도로 생기는 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 장기할부조건에 따라 당해 사업연도 및 그 후의 사업연도에 있어서 각 사업연도에 회수하였거나 회수할 판매 또는 양도금액과 이에 대응하는 비용을 당해 사업연도의 익금과 손금에 각각 산입하도록 규정하고 있는바, 별지 2 제1의 가항 기재와 같이 법인세법은 원칙적으로 자산의 양도시기를 잔금청산시로 보면서도 장기할부조건부 매매의 경우 첫회 할부금 지급기일을 양도시기로 규정하고 있는 점, 장기할부조건부 매매의 경우 첫회 할부금 지급기일에 인도 또는 사용수익이 없는데도 불구하고 일률적으로 자산이 양도된 것으로 본다면 경제적 의미에서의 자산의 양도가 발생하지 않았음에도 불구하고 법률상 양도된 것으로 보게 되어 실질과세원칙에 부합하지 않는 점 등 여러 사정을 종합하여 볼 때, 인도 또는 사용수익이 있거나 적어도 인도 또는 사용수익이 가능한 상태에 있어 자산의 양도에 상응하는 경제적 실질이 수반되는 전제하에 첫회 할부금 지급기일을 양도시기로 봄이 타당하다고 할 것이고, 위와 같은 법리는 위 손금 및 익금 산입의 경우에도 마찬가지로 적용된다고 할 것인바, 이 사건에서는 최종 할부금의 지급일이 1996. 9. 5.이므로 역시 1995. 9. 5. 이전에 위 매매에 따른 이 사건 부동산의 인도 또는 사용수익이 있었거나 적어도 그 인도 또는 사용수익이 가능한 상태에 있었던 경우에만 위 매매가 장기할부조건부 매매에 해당하게 된다. 한편, 뒤에서 보는 바와 같이, ****는 원고와의 보세장치장 등에 대한 공동운영계약을 체결하여 이 사건 부동산을 점유하면서 위 매매 후에도 일정 기간 동안 위 계약에 따라 이 사건 부동산을 사용수익하였는바, 결국 이 사건에서는 위 공동운영계약에 의한 사용수익이 1995. 9. 5. 이전에 위 매매에 따른 사용수익으로 전환되었는지 여부에 따라 장기할부조건부 매매 여부가 가려지게 되고, 이에 따라 이 사건 각 부과처분의 적법 여부가 가려지게 된다. 라. 인정사실 (1) 원고는 이 사건 부동산을 제2공장으로 사용해 오다가 진해에 대규모 공장(조선소)을 건립하게 됨에 따라 이 사건 부동산의 활용방안을 강구하던 중 법원의 허가를 얻어 1988. 4. 12. ****와 사이에 임대보증금 1,700,000,000원, 임대기간 1988. 4. 12.부터 1991. 4. 11.까지로 정하여 임대하기로 하는 내용의 임대차계약을 체결하고, 같은 해 5. 17. 이 사건 부동산에 관하여 **** 명의로 전세금 1,700,000,000원, 존속기간 1991. 4. 11.까지의 전세권설정등기를 마쳤다. (2) 그런데 원고는 위 임대 결과 이 사건 부동산이 비업무용 부동산으로 평가되면서 조세 부담이 커진 데다가 원고의 주채권자인 주식회사 부산은행(이하 ‘부산은행’이라 한다)으로부터 재무구조 개선과 경영정상화를 위해 속히 이 사건 부동산을 매각할 것을 촉구받게 되자 매수인을 물색하는 과정에서 1990. 1. 12. 부산은행에 대하여 매수인에게 원고의 ****에 대한 임대보증금반환채무를 인수시키는 조건으로 이 사건 부동산을 매도하고자 하니 이를 승인하여 달라고 요청하였으나, 부산은행은 같은 해 2. 17. 은행감독원의 지도·방침에 따라 ****에 대한 임대보증금반환채무 문제는 원고 및 **** 사이에 해결하도록 하고 이 사건 부동산의 매매대금에서 이를 공제할 수 없다고 회신하였고, 그 뒤로도 이 점을 거듭 명확히 하였다. (3) 부산은행은 1993. 9.경 원고의 위임에 따라 한국자산관리공사에 이 사건 부동산의 매각을 의뢰하였고, 한국자산관리공사의 공매절차에서 ****와 ****이 낙찰을 받아 위와 같이 매매계약을 체결하였는데, 앞에서 본 바와 같은 이유로 원고와 **** 및 ****은 1994. 4. 25. 위 매매계약을 체결할 때 임대보증금 1,700,000,000원을 매매대금에서 공제한다는 내용을 삽입하지 못하고 매매대금 전액을 **** 및 ****이 원고에게 지급하는 것으로 약정하였다. (4) 원고와 **** 및 ****은 위 매매계약 당시 이 사건 부동산의 점유사용 및 소유권 이전을 잔금 완납 후로 하되 **** 및 ****이 잔금 완납 전에 이 사건 부동산을 점유사용하고자 하는 경우 원고의 승인을 받고 원고가 별도로 제시하는 조건을 이행하기로 합의하였는데(매매계약서 제8조 제2항, 특약사항 제3조. 매매계약 내용 중 이 사건에 관련된 부분은 별지 3 기재와 같다.), 위 점유사용 시기는 원고가 부산은행에 이 사건 부동산의 매각을 위임할 당시 원고가 별도로 제시한 조건이다(갑 제15호증의 기재). 한편, 원고와 **** 및 ****이 1994. 8. 11. 공정거래위원회의 시정명령에 따라 매매계약서 중 비용 등에 관한 일부 조항(제8조 제3항 및 제11조 제1항)을 변경하고 일부 조항(제11조 제2항)을 삭제하였으나, 위 점유사용 시기와 관련한 관련 규정(제8조 제2항, 특약사항 제3조)을 삭제하거나 변경한 사실이 없다(피고는 위 점유사용 시기가 한국자산관리공사가 통상 사용하던 매매계약양식을 사용함에 따라 저절로 삽입되었다는 취지의 주장을 하나, 이를 인정할 증거가 없고, 또한 피고는 제8조 제2항이 위 시정명령에 의하여 삭제되었다는 취지의 주장을 하나, 갑 제72호증의 1 내지 3, 을 제10호증의 2, 을 제12호증의 47, 48의 각 기재에 의하면, 제8조 제3항 및 제11조 제1항이 변경되고 제11조 제2항이 삭제된 사실만을 인정할 수 있을 뿐이다). (5) 원고와 ****는 위 임대보증금의 반환문제를 해결하기 위하여 1993. 3. 1. 이 사건 부동산에 관한 임대차계약을 해지하고, 그 대신 1년의 기간을 정하되 기간 만료 후 쌍방 이의가 없으면 계약이 자동연장되는 것으로 하여 원고는 이 사건 부동산을 ****에게 제공하고 ****는 이 사건 부동산에서 보세장치장 및 영선야적장(이하 ‘보세장치장 등’이라 한다) 영업을 담당하여 그 영업수익을 반분하기로 하는 내용의 공동운영계약을 체결하는 한편(공동운영계약 내용 중 이 사건에 관련되는 부분은 별지 4 기재와 같다.), 위 임대보증금 1,700,000,000원은 원고가 ****로부터 이율 연 15%, 변제기 1994. 3. 1.로 정하여 차용한 것으로 하기로 약정하였고, 원고 명의로 보세구역설영특허를 받아 원고는 이 사건 부동산 중 보세장치장 등에 필요한 시설을 ****에 제공하고, ****는 보세장치장 등을 운영하면서 그 수입 및 지출을 직접 관리하였다. (6) 원고는 1993. 8. 31.부터 1994. 6. 7.까지 사이에 5회에 걸쳐 위 임대보증금의 원금 1,700,000,000원을 변제하였는데, 그 중 1,397,119,141원은 현금으로 변제하고, 나머지 302,880,859원은 보세장치장 등 영업수익금으로 상계하는 형식으로 변제하였으며{원고가 1994. 6. 7. ****에게 700,000,000원을 현금으로 변제하였다고 주장하면서 제출한 송금영수증(갑 제33호증의 2)에는 ****가 소외 반도투자금융 주식회사에 700,000,000원을 송금한 것으로 되어 있으나, 원고의 유동부채장부 및 분개전표상 원고가 같은 날 ****에 대하여 700,000,000원을 상환한 것으로 기재되어 있는 점(갑 제25호증의 2, 갑 제33호증의 1의 각 기재), ****가 1997. 12. 1. 원고에 대한 정리채권을 신고할 당시 임대보증금 원금 중 보세장치장 수입금으로 상계한 금액으로 위 302,880,859원만을 신고한 점(갑 제21호증의 기재 중 1699면 ‘보증금대체현황’) 등 여러 사정을 종합하여 볼 때, 원고 주장과 같이 원고가 ****와의 합의하에 **** 이름으로 반도투자금융 주식회사에 700,000,000원을 송금하는 형식으로 ****에 대한 임대보증금을 변제한 사실을 인정할 수 있다.}, 1993. 3. 31.부터 1994. 6. 30.까지 사이에 16회에 걸쳐 위 임대보증금에 대한 이자 199,683,980원을 변제하였는데, 그 중 33,045,218원은 현금으로 변제하고, 나머지 166,638,762원은 보세장치장 등 영업수익금으로 상계하는 형식으로 변제하였다. (7) 한편, 원고의 주주 소외 윤수원 등 44인(이하 ‘윤수원 등’이라 한다)은 1996. 9. 5. 소외 이도상, 세양선박 주식회사, 세양주건 주식회사, 코멕스건설 주식회사(이하 ‘이도상 등’이라 한다)와 사이에 윤수원 등이 이도상 등에게 원고 회사 주식을 모두 양도하되 원고가 윤수원 등 및 윤수원의 관계 회사(**** 및 **** 등)와 관련한 원고의 미수채권 및 위 관계 회사 주식을 윤수원 등에게 이전하고 이에 상응하는 금액을 이도상 등이 원고로부터 차용하는 형태로 하여 위 미수채권 등이 모두 변제된 것으로 하며 이로써 윤수원 등이 이도상 등으로부터 원고 주식 양도대금을 지급받은 것으로 하기로 합의하였고, 이에 따라 회계처리를 하였는데, 원고의 위 미수채권에는 원고의 **** 및 ****에 대한 제5회 중도금 및 잔금 합계 4,460,400,000원 상당과 위 공동운영계약에 따라 원고가 ****로부터 지급받을 영업수익금(이에는 원고가 다시 ****에게 정산해 주어야 할 부분이 포함되어 있다.)의 1995. 12. 31. 현재 잔액인 798,231,257원이 포함되어 있다. (8) 원고가 위와 같이 1996. 9. 5. **** 및 ****으로부터 제5회 중도금 및 잔금을 전액 변제받은 것으로 회계처리하였으나, 부산은행이 이에 대하여 이의를 제기하면서 이 사건 부동산에 설정하였던 근저당권을 말소하여 주지 않아 **** 및 ****으로의 소유권이전등기는 앞에서 본 바와 같이 1997. 2. 3.에 이르러서야 행하여졌다. (9) 원고와 ****는 1996. 12. 31.까지 위 공동운영계약에 따라 보세장치장 등의 영업을 하였는데, 위 소유권이전등기에 따라 원고와 **** 사이의 공동운영계약이 더 이상 유지될 수 없게 되자 원고는 기존 화물 출고시까지 임시로 매수인인 **** 및 ****으로부터 이 사건 부동산을 임차하였고, 보세장치장 등 영업의 폐업일인 1997. 6. 30.경 **** 및 ****에게 이 사건 부동산을 완전히 이전하였다. (10) 위 공동운영계약의 계약서에는 매월 5일 전월의 수지를 정산하도록 하는 등 정산시기, 정산방법, 비율 등에 관하여 상세하게 규정되어 있으나, 실제로는 원고와 ****가 계약의 내용과 같이 매월 정산하지는 않았는데, 공동운영계약 체결일인 1993. 3. 1.부터 보세장치장 등 영업 종료일인 1996. 12. 31.까지 발생한 보세장치장 등 영업수익금은 합계 1,580,840,756원이고, 그 중 ****에게 지급되어야 할 부분은 50%인 790,420,378원이며, 1996. 12. 31. 현재 ****가 보관중인 영업수익금은 523,349,172원이다. (11) ****는 원고에 대하여 회사정리절차개시결정이 있은 후인 1997. 12. 1. 서울중앙지방법원에 정리채권신고를 하면서 위 공동운영 기간 동안 원고로부터 지급받지 못한 보세장치장 등 영업수익 정산 미수금이 616,610,676원에 이른다고 신고하였는데, 원고의 관리인은 당시 위 신고액에 근거가 불분명한 영업비가 포함되어 있다는 이유로 위 채권을 부인하였고, 이에 ****가 다시 자신이 지급받을 영업수익금에서 자신이 보관중인 영업수익금을 공제한 267,071,206원(= 790,420,378원 - 523,349,172원)을 정산 미수금으로 수정신고하자, 관리인은 이의를 철회하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제5호증의 1, 2, 갑 제6호증의 1 내지 3, 갑 제7, 8호증, 갑 제9호증의 1, 2, 갑 제10, 11호증, 갑 제12호증의 1 내지 10, 갑 제13호증의 1, 2, 갑 제15호증, 갑 제17호증의 1 내지 5, 갑 제18호증의 1 내지 5, 갑 제19호증의 1, 2, 갑 제20 내지 23호증, 갑 제25호증의 1, 2, 갑 제26호증의 1, 2, 갑 제27호증의 1, 2, 갑 제28호증, 갑 제29호증의 1 내지 3, 갑 제30 내지 32호증의 각 1 내지 4, 갑 제33호증의 1, 2, 갑 제34, 35호증의 각 1 내지 4, 갑 제36 내지 49호증의 각 1 내지 3, 갑 제50호증의 1 내지 10, 갑 제51, 52호증의 각 1 내지 12, 갑 제53호증의 1 내지 243, 갑 제54호증의 1 내지 10, 갑 제56, 57호증, 갑 제58호증의 1 내지 12, 갑 제59호증의 1, 2, 갑 제62 내지 64호증, 갑 제65호증의 1 내지 19, 갑 제66호증의 1, 2, 갑 제67호증의 1 내지 3, 갑 제68호증의 1 내지 4, 갑 제69호증, 갑 제70호증의 1 내지 7, 갑 제71호증의 1 내지 4, 갑 제72호증의 1 내지 3, 갑 제73, 74호증, 갑 제75호증의 1, 2, 을 제10호증의 1, 2, 을 제12호증의 2 내지 4, 33, 34, 45 내지 48의 각 기재, 변론 전체의 취지 마. 판단 위 인정사실에서 본 바와 같이, 원고와 ****가 위 공동운영계약 당시 1년의 기간 만료 후 쌍방 이의가 없으면 계약이 자동연장되는 것으로 합의한 점, 1년의 기간이 만료된 후 원고나 ****가 이의하였음을 인정할 증거가 없는 점, 위 공동운영계약에 따른 보세장치장 등의 영업이 1996. 12. 31.까지 계속된 점, 원고와 **** 및 ****이 위 매매계약 당시 **** 및 ****이 잔금 완납 후 이 사건 부동산을 점유사용하되 잔금 완납 전 이 사건 부동산을 점유사용하고자 하는 경우 원고의 승인을 받도록 합의하였고 위 합의는 그 후에도 변경되지 않은 점, 위 점유사용 시기는 원고가 이 사건 부동산의 매매와 관련하여 별도로 제시한 조건인 점, **** 및 ****이 잔금 완납 전 이 사건 부동산을 점유사용하겠다고 하였거나 이에 대하여 원고의 승인이 있었음을 인정할 증거가 없는 점, 원고가 1994. 6.까지 임대보증금 1,700,000,000원에 대한 원금 및 이자 중 469,519,621원(= 302,880,859원 + 166,638,762원)만을 보세장치장 등 영업수익금으로 상계하였을 뿐 나머지 금액은 현금으로 ****에 변제한 점, 윤수원 등의 주식양도 과정에서 원고가 1995. 12. 31.까지 발생한 ****에 대한 영업수익금 미수금을 다시 ****에게 정산해 주어야 할 부분까지 포함하여 이미 이도상 등으로부터 지급받은 것으로 회계처리를 함으로써 오히려 원고가 ****에 대한 채무를 부담하게 된 점, ****가 정리채권으로 수정신고한 금액이 ****가 원고로부터 정산받아야 할 금액에서 ****가 보관중인 영업수익금을 공제한 금액인 점 등 여러 사정을 종합하여 볼 때, ****가 적어도 1996. 12. 31. 무렵까지는 위 공동운영계약에 따라 이 사건 부동산을 점유사용하였고, 그 후 비로소 **** 및 ****이 위 매매에 따른 점유사용을 개시한 것으로 봄이 상당하다(피고는 ****이 잔금 완납 전 ****를 통하여 위 매매에 기하여 ****의 화물을 적재하였다고 주장하나, 을 제12호증의 56의 기재만으로는 ****이 위 매매에 기하여 화물을 적재한 사실을 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다). 그렇다면, 위 공동운영계약에 의한 사용수익이 위 매매에 따른 사용수익으로 전환된 것은 1995. 9. 5. 후라고 할 것이므로, 위 매매는 장기할부조건부 매매라고 볼 수 없고, 따라서 이와 다른 전제에 선 이 사건 각 부과처분은 위법하다. 3. 결 론 그러므로 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.