조정대상지역 내 1세대 3주택을 보유한 채 주택을 양도하고 장기보유특별공제를 적용해 달라며 양도소득세 경정청구를 제기함

- 1 - 서 울 행 정 법 원 판 결 사 건2024구단72950 양도소득세 경정처분 취소청구 원 고A 피 고삼성세무서장 변 론 종 결2025. 4. 30. 판 결 선 고2025. 6. 11. 주 문 1. 원고의 청구를 기각한다. 2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2024. 5. 30. 원고에게 한 2021년 귀속 양도소득세 70,602,272원의 감액경정청 구 거부처분을 취소한다. 이 유 1. 처분의 경위 가. 원고는 **** **** ****(이하 ‘이 사건 주택’ 이라 한다)를 2012. 7. 29. 취득하였다가 2021. 5. 28. 양도하면서, 2021. 8. 2. 그 양도차익에 대하여 중과세율 적 - 2 - 용하고 장기보유특별공제를 배제하여 2021년 귀속 양도소득세 399,573,480원을 신고· 납부하였다. 나. 이 사건 주택 양도 당시 원고 세대의 주택 소유현황은 다음과 같다. 구 분취득일소유자소재지조정대상지역 이 사건 주택2012. 7. 29.원고****여 주택12000. 11. 4.원고****여 주택21974. 2. 25.원고****부 주택32012. 7. 29.원고****부 주택42019. 3. 14.원고****부 다. 원고는 2024. 3. 21. 이 사건 주택의 양도에 대하여 구 소득세법 부칙(2008. 12. 26. 법률 제9270호, 이하 ‘이 사건 부칙’이라 한다) 제14조 제1항에 따라 기본세율 적 용대상이라는 취지로 경정청구를 제기하여, 인용결정에 따라 103,327,440원을 환급받 았다. 원고는 2024. 4. 6. 장기보유특별공제 적용대상이라는 취지로 경정청구를 제기하 였으나, 피고는 그 장기보유특별공제 대상이 아니라는 이유로 경정청구를 거부하였다 (이하 ‘이 사건 처분’이라 한다). 라. 불복하여 원고는 2024. 6. 20. 심판청구를 하였고, 2024. 8. 29. 조세심판원으로 부터 기각 결정을 받았다. [인정근거] 갑 제1 내지 6호증의 각 기재, 변론 전체의 취지 2. 이 사건 처분의 적법 여부 가. 원고 주장의 요지 이 사건 부칙은 2012. 1. 1. 법률 제11146호로 개정되면서 장기보유특별공제에 관한 제14조 제2항이 삭제되었다. 2009. 3. 16.부터 2012. 12. 31.까지 취득한 자산의 양도에 - 3 - 따른 소득에 대하여는 다주택이더라도 일반세율이 적용됨과 동시에 장기보유특별공제 도 적용된다. 나. 관계 법령 별지. 관계 법령 기재와 같다. 다. 판단 1) 이 사건 주택은 ‘조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3 주택 이상에 해당하는 주택’에 해당한다[구 소득세법(2017. 12. 19. 법률 제15225호로 개정되고 2020. 8. 18. 법률 제17477호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제104조 제7항 제3호]. 구 소득세법 제95조 제2항 본문 괄호 부분은, 구 소득세법 제104조 제7항 각 호에 해당하는 자산을 장기보유특별공제 대상에서 제외하고 있다. 이 사건 주택의 양 도에 대해 장기보유특별공제가 적용되지 않는다. 2) 다음과 같은 소득세법 개정 경위 등을 고려하면, 소득세법 제95조 제2항 본문 괄 호 부분의 개정에 따라 이 사건 부칙 제14조 제2항도 삭제된 것일 뿐이어서, 이를 일 정 기간 내 취득 자산에 대해 장기보유특별공제 특례를 정한 것이라고 할 수 없다. ❶ 양도소득세는 양도행위를 과세요건으로 하고 양도차익을 과세대상으로 하므로 양도 자산이 과세요건 및 감면요건에 해당하는지 여부는 양도 시기를 기준으로 판단하여야 하고, 개정법 부칙에서 종전의 규정을 소급적으로 적용한다는 명백한 규정을 두지 아 니한 이상 관련 경과규정인 부칙의 해석에 있어 그 범위를 함부로 확장해석 할 것은 아니다(대법원 2008. 6. 12. 선고 2007두15124 판결 참조). ❷ 소득세법은 2012. 1. 1. 법률 제11146호로 개정되면서, 장기보유특별공제에 관한 제 95조 제2항 본문 괄호 규정을 ‘제104조 제1항 제4호부터 제10호까지의 규정에 따른 세 - 4 - 율을 적용받는 자산 및 제104조 제6항을 적용받는 자산은 제외한다’에서 ‘제104조 제3 항에 따른 미등기양도자산 및 제104조의3에 따른 비사업용 토지는 제외한다’로 개정하 여, 다주택자 장기 보유 주택에 대하여도 장기보유특별공제를 적용하였다. 소득세법 제 95조 제2항 본문 괄호 규정의 개정에 따라 이 사건 부칙 제14조 제2항도 삭제되었다. ❸ 소득세법은 2017. 12. 19. 법률 제15225호로 개정되면서, 제95조 제2항 본문 괄호 규정을 ‘제104조 제3항에 따른 미등기양도자산은 제외한다’에서 ‘제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다’로 개정하여, 다시 다 주택자 장기 보유 주택에 대하여 장기보유특별공제를 적용하지 않게 하였다. 그 개정 소득세법의 시행과 관련된 부칙 제1조, 제2조 제2항은 ‘양도소득에 관한 개정규정은 이 법 시행일인 2018. 1. 1. 이후 양도하는 자산으로부터 발생하는 소득분부터 적용하고, 제95조 제2항 각 표 외의 부분 본문의 개정규정은 2018. 4. 1.부터 시행한다’고 시행 시기를 별도로 규정하였다. ❹ 이 사건 부칙 제14조 제2항이 삭제된 것은 소득세법 제95조 제2항 본문 괄호 규정 의 개정에 따른 것이다. 이 사건 부칙 제14조 제2항을 삭제한 것이 이 사건 부칙 제14 조 제1항에서 정한 일정 기간 내 취득한 자산에 대한 장기보유특별공제 특례를 정한 것이라고 할 수 없다. ❺ 이 사건 주택을 양도함에 있어 중과세율에 관한 규정이 적용되지 않는다고 하여 이 사건 주택이 장기보유특별공제가 적용되는 ‘1세대 1주택으로 보는 주택’에 해당하게 되 는 것은 아니다(대법원 2012. 4. 26. 선고 2011두32874 판결의 취지 참조). 구 소득세 법 제95조 제2항 본문 괄호의 ‘제104조 제7항 각 호에 따른 자산’을 ‘제104조 제7항이 적용되어 그에 따른 중과세율을 적용받는 자산’으로 해석할 수 없다. - 5 - 3) 다주택자 장기 보유 주택에 대하여 장기보유특별공제를 배제한 이 사건 처분은 적법하다. 3. 결 론 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다. - 6 - 별지. 관계 법령 ▣ 구 소득세법(2020. 8. 18. 법률 제17477호로 개정되기 전의 것) 제95조(양도소득금액) ① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97 조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유 특별공제 액을 공제한 금액으로 한다. ② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3 년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 「도시 및 주거환경정비법」 제74조에 따른 관리처분계획 인가 및 「빈집 및 소규모주택 정 비에 관한 특례법」 제29조에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으 로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다 만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우 에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. - 이하 생략- 제104조(양도소득세의 세율) ① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하 여 계산한 금액(이하 "양도소득 산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상에 해당할 때에는 해당 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 것을 그 세액으로 한다. 1. 제94조 제1항 제1호·제2호 및 제4호에 따른 자산: 제55조 제1항에 따른 세율 ⑦ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다) 을 양도하는 경우 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 10(제3호 및 제4호의 경우 100분 의 20)을 더한 세율을 적용한다. 이 경우 해당 주택 보유기간이 1년 미만인 경우에는 제55 조 제1항에 따른 세율에 100분의 10(제3호 및 제4호의 경우 100분의 20)을 더한 세율을 적 용하여 계산한 양도소득 산출세액과 제1항 제3호의 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출 세액 중 큰 세액을 양도소득 산출세액으로 한다. 3. 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택 소득세법 부칙(2008. 12. 26. 법률 제9270호)(2010. 12. 27. 법률 제10408호로 개정된 것) 제14조(양도소득세의 세율 등에 관한 특례) - 7 - ① 2009년 3월 16일부터 2012년 12월 31일까지 취득한 자산을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 제104조 제1항 제4호부터 제9호까지의 규정에도 불구하고 같은 항 제1호에 따른 세율(그 보유기간이 2년 미만이면 같은 항 제2호 또는 제3호에 따른 세율)을 적용한다. ② 제1항의 세율을 적용받는 자산을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 해당 자산의 보 유기간이 3년 이상인 경우에도 제95조에 따른 장기보유특별공제를 적용하지 아니한다. 이 사건 부칙 조항의 연혁 ▲ 구 소득세법 부칙(2008. 12. 26. 법률 제9270호) 제14조(양도소득세의 세율 등에 관한 특례) ① 이 법 시행 후 2010년 12월 31일까지 취득한 주택을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하 여는 제104조 제1항 제2호의3부터 제2호의6까지의 규정에도 불구하고 다음 각 호에 따 른 세율을 적용한다. 1. 제104조 제1항 제2호의3 및 제2호의4에 해당하는 주택: 양도소득과세표준의 100분의 45 (그 보유기간이 1년 미만인 주택은 제104조 제1항 제2호의2에 따른 세율) 2. 제104조 제1항 제2호의5 및 제2호의6에 해당하는 주택: 제104조 제1항 제1호의 개정규정 에 따른 세율(그 보유기간이 2년 미만인 주택은 제104조 제1항 제2호 또는 제2호의2에 따른 세율) ② 제1항의 세율을 적용받는 주택을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 해당 주택의 보유기간이 3년 이상인 경우에도 제95조에 따른 장기보유특별공제를 적용하지 아니한다. ▲ 구 소득세법 부칙(2008. 12. 26. 법률 제9270호)(2009. 5. 21. 법률 제9672호로 개정되고, 2010. 12. 27. 법률 제10408호로 개정되기 전의 것) 제14조(양도소득세의 세율 등에 관한 특례) ① 2009년 3월 16일부터 2010년 12월 31일까지 취득한 자산을 양도함으로써 발생하는 소득 에 대하여는 제104조 제1항 제2호의3부터 제2호의8까지의 규정에도 불구하고 같은 항 제1호에 따른 세율(그 보유기간이 2년 미만이면 같은 항 제2호 또는 제2호의2에 따른 세 율)을 적용한다. ② 제1항의 세율을 적용받는 자산을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 해당 자산의 보유기간이 3년 이상인 경우에도 제95조에 따른 장기보유특별공제를 적용하지 아니한다. ▲ 구 소득세법 부칙(2008. 12. 26. 법률 제9270호)(2012. 1. 1. 법률 제11146호로 개정된 것) 제14조(양도소득세의 세율 등에 관한 특례) ① 2009년 3월 16일부터 2012년 12월 31일까지 취득한 자산을 양도함으로써 발생하는 소득 에 대하여는 제104조 제1항 제4호부터 제9호까지의 규정에도 불구하고 같은 항 제1호에 - 8 - ▣ 구 소득세법 시행령(2020. 10. 7. 대통령령 제31083호로 개정되기 전의 것) 제167조의3(1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위) ① 법 제104조 제7항 제3호에서 “대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택”이 란 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 않 는다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 않 는 주택을 말한다. - 이하 생략 -. 끝. 따른 세율(그 보유기간이 2년 미만이면 같은 항 제2호 또는 제3호에 따른 세율)을 적용한 다. ② 삭제