원고가 신주인수권 취득 관련 양도소득세를 수정신고하자, 과세관청이 과세전적부심사 기회를 주지 않고 가산세를 부과한 처분을 취소해달라고 소송을 냄.

- 1 - 서 울 행 정 법 원 판 결 사 건2024구단80654 양도소득세부과처분 무효확인 등 원 고A 피 고**** 변 론 종 결2025. 7. 9. 판 결 선 고2025. 8. 13. 주 문 1. 피고가 2023. 4. 18. 원고에게 한 2017년 귀속 양도소득세 116,423,730원의 부과처 분을 취소한다. 2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청 구 취 지 주문과 같다. 1) 이 유 1. 처분의 경위 가. 원고에 대한 증여세 부과처분 1) 부과처분 후 감액 경정이여서, 소장의 2023. 4. 26.은 2023. 4. 18.의 오기로 보인다. - 2 - 1) 원고는 코스닥 상장법인인 B의 대표이사로서 2013. 8. 7.경 위 회사 주식 20.90% 을 보유하고 있었다. B는 2013. 8. 9. 권면총액 150억 원의 사모분리형 신주인수권부사 채를 발행하였다. C 외 3인은 같은 날 위 사채를 인수함과 동시에 분리되어 발행된 신 주인수권증권 중 권면총액 105억 원(7억 원의 권종 15매, B의 신주 378,623주를 1주당 27,732원에 인수할 수 있는 권리가 표창된 증권, 이하 ‘이 사건 신주인수권’이라 한다) 을 원고에게 262,500,000원(신주인수권 1주당 시가 약 693원)에 매도하였다. 2) 서울지방국세청장은 2017. 5. 29.부터 2017. 7. 12.까지 B 및 원고 등에 대한 주 식변동조사를 실시하여, 원고가 이 사건 신주인수권을 그 소유주식 수에 비례하여 균 등한 조건으로 배정받을 수 있는 수를 초과하여 시가보다 낮은 가액으로 취득하였다고 보아 상속세 및 증여세법 제40조 제1항 제1호 나목 등을 적용하여 이 사건 신주인수 권의 1주당 시가를 7,445원으로 산정하고, 취득가액과 차액인 1,763,175,904원[= (7,445 원–693원)×265,577주]을 증여이익으로 산정하여 ****에게 조사결과를 통보하 였다. ****은 2017. 9. 5. 원고에게 2013. 8. 9.자 증여분 증여세 878,266,970 원(=본세 545,270,361원 + 가산세 332,996,609원)을 결정·고지하였다(이하 ‘관련 증여세 부과처분’이라 한다). 3) 원고는 불복하여 관련 증여세 부과처분의 취소소송(서울행정법원 2018구합*****) 을 제기하였고, 재판부의 2019. 5. 23.자 조정권고에 따라, ****은 2019. 6. 18. 관련 증여세 부과처분을 취소하고, 2019. 6. 21. 증여세 환급결정을 하였으며, 원고 는 2019. 6. 25. 소를 취하하고, ****의 동의서 제출에 따라 같은 날 소 취하 가 확정되었다. 나. 원고의 양도소득세 신고 및 수정신고 - 3 - 1) 원고는 관련 증여세 부과처분에 대한 불복절차가 진행 중이던 2017. 12. 8. B에 이 사건 신주인수권 437,745주 2) 를 2,238,627,930원에 양도하고, 취득가액을 2,055,675,904원 3) 으로 하여 2018. 2. 28. ****에게 2017년 귀속 양도소득세 33,851,770원을 예정신고하고 그 금액을 납부하였다(이하 ‘이 사건 신고’라 한다). 2) 원고는 2023. 2. 8. 삼성세무서 직원으로부터 이 사건 신고가 과소신고되었으니 수정신고를 하라는 내용의 유선 연락을 받았다. 원고는 2023. 2. 28. 이 사건 신주인수 권의 취득가액을 262,500,000원[=2,055,675,904원-1,793,175,904원(관련 증여세 부과처 분의 취소)]으로 하여 ****에게 2017년 귀속 양도소득세 358,635,180원을 수 정신고하고, 그 금액을 납부하였다. 원고는 같은 날 과세표준이 변경된 것은 원고의 잘 못이 아니라 과세관청의 위법한 증여세부과처분에서 비롯된 것이니 과소신고 및 납부 불성실 가산세를 0원으로 해달라는 취지로 국세기본법 제48조 제3항에 따라 가산세감 면신청서를 제출하였다. 3) 피고는 2023. 4. 13. 원고에게 ‘과소신고가산세와 일부 납부불성실가산세(2018. 3. 1.~2019. 5. 23.)만 감면하고, 나머지 납부불성실가산세[2019. 5. 24.(조정권고 송달 일)~2023. 4. 13.]는 감면대상에서 제외한다’는 내용으로 국세기본법 시행령 제28조 제 4항에 따라 가산세 감면 여부에 대한 승인을 통지하였다. 피고는 같은 날 원고에게 납 부지연가산세 122,854,066원을 부과할 예정이라는 취지로 과세예고통지를 하였다. 다. 이 사건 처분 1) 피고는 2023. 4. 18. 원고에게 2017년 귀속 양도소득세와 관련하여 납부불성실가 2) 신주인수권 행사가격이 2013. 8. 7. 주당 27,732원에서 양도시점에 23,986원으로 조정되어 378,623주에서 437,745주로 변경되 고, 10주 미만의 경우 단수주가 발생하여 주식 수가 확정되었다. 3) 원고가 이 사건 신주인수권 취득 당시 C 외 3인에게 지급한 262,500,000원과 서울지방국세청장이 증여재산가액으로 결정한 1,793,175,904원을 합산한 금액이다. - 4 - 산세 123,248,570원(기간 2019. 5. 24. ~ 2023. 4. 13.)을 결정‧고지하였다. 원고가 가산 세 부과종료일이 2023. 2. 28.라고 오류를 지적하자 피고는 2023. 4. 26. 119,382,470원 (기간 2019. 5. 24. ~ 2023. 2. 28.)으로 감액 경정하였다. 2) 원고는 위 처분에 불복하여 이의신청을 거쳐 심판청구를 하였고, 조세심판원은 2024. 9. 24. 가산세 부과기간 기산점을 조정권고안 송달일(2019. 5. 24.)에서 소 취하 확정일 다음날(2019. 6. 26.)로 하여 가산세를 계산하고 나머지 청구를 기각한다고 결 정하였다. 이에 따라 피고는 2024. 10. 2. 2,958,740원을 감액하기로 결정하고, 원고에 게 국세환급금통지를 하였다(이하 2023. 4. 18.자 부과처분 중 최종 감액되고 남은 116,423,730원만 ‘이 사건 처분’이라 한다). [인정근거] 갑 제1 내지 7호증, 을 제1 내지 4호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함) 의 각 기재, 변론 전체의 취지 2. 이 사건 처분의 적법 여부 가. 당사자들의 주장 요지 1) 원고 ❶ 과세전적부심사 청구의 예외에 관해 규정한 국세기본법 제81조의15 제3항 제3호 ‘세무조사 결과 통지 및 과세예고통지를 하는 날부터’는 ‘세무조사결과에 따른 과세예 고통지’만을 의미한다. 이 사건 처분에 대해 위 규정을 적용할 수 없다. ❷ 피고는 원고에게, 2023. 4. 13. 과세예고 통지를 하고 5일 후인 2023. 4. 18. 이 사 건 부과처분을 하여, 과세예고통지일 후 30일간의 과세전적부심사 청구기간이 지나지 않은 상태에서 이 사건 과세처분을 함으로써 원고에게 과세전적부심사의 기회를 부여 하지 않은 절차적 하자가 있다. - 5 - 2) 피고 2023. 4. 13.자 과세예고통지는 과세예고통지일을 기준으로 부과제척기간 만료일인 2023. 5. 31.까지 3개월 이하인 경우이므로 국세기본법 제81조의15 제3항 제3호에 따 라 과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있다. 원고의 권한을 존중 하여 원고의 수정신고를 기다리고, 원고가 가산세 감면신청을 하여 이를 검토할 시간 이 필요하였다. 과세전적부심사 청구의 예외를 인정할 만한 특별한 사정이 있다. 3. 판 단 가. 관계 법령 ▣ 국세기본법 제81조의15 【과세전적부심사】 ① 세무서장 또는 지방국세청장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 미리 납세 자에게 그 내용을 서면으로 통지(이하 이 조에서 "과세예고통지"라 한다)하여야 한다. 1. 세무서 또는 지방국세청에 대한 지방국세청장 또는 국세청장의 업무감사 결과(현지에서 시정조치하는 경우를 포함한다)에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세하는 경우 2. 세무조사에서 확인된 것으로 조사대상자 외의 자에 대한 과세자료 및 현지 확인조사에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세하는 경우 3. 납부고지하려는 세액이 100만원 이상인 경우. 다만, 다음 각 목의 경우는 제외한다. -각목 생략- ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 통지를 받은 자는 통지를 받은 날부터 30일 이내에 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 통지 내용의 적법성에 관한 심사[이하 이 조 에서 "과세전적부심사"(課稅前適否審査)라 한다]를 청구할 수 있다. 다만, 법령과 관련하 여 국세청장의 유권해석을 변경하여야 하거나 새로운 해석이 필요한 경우 등 대통령령 으로 정하는 사항에 대해서는 국세청장에게 청구할 수 있다. 1. 제81조의12에 따른 세무조사 결과에 대한 서면통지 2. 제1항 각 호에 따른 과세예고통지 ③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제2항을 적용하지 아니한다. 1. 「국세징수법」제9조에 규정된 납부기한 전 징수의 사유가 있거나 세법에서 규정하는 수 시부과의 사유가 있는 경우 - 6 - 나. 국세기본법 제81조의15 제3항 제3호의 적용 여부 다음과 같은 세무조사결과통지 제도의 연혁, 과세전적부심사청구 대상, 과세예고통지 대상이 확대되면서 과세전적부심사청구 대상이 확대되고, 과세전적부심사청구 예외에 과세예고통지도 추가된 점, 세무조사결과통지와 과세예고통지 규정 체계를 고려하면, 과세전적부심사청구 예외인 과세예고통지는 과세전적부심상청구 대상인 과세예고통지 와 같다. 원고 주장과 같이 세무조사결과에 따른 과세예고통지만을 의미한다고 할 수 없다. ❶ 국세기본법은 과세전적부심사 청구제도 신설 시부터 현재까지 ‘세무조사결과에 대 한 서면통지(1호), 과세예고통지(2호)’를 받은 자가 과세전적부심사를 청구할 수 있다고 규정하여, 세무조사결과통지와 과세예고통지를 병렬적으로 규정하고 있다. ❷ 세무조사 결과 통지 제도는, 1996. 12. 30. 법률 제5189호로 국세기본법이 개정되 면서 국세기본법에 규정되었다. 과세전적부심사 청구제도는 1999. 8. 31. 법률 제5993 2. 「조세범 처벌법」 위반으로 고발 또는 통고처분하는 경우. 다만, 고발 또는 통고처분과 관 련 없는 세목 또는 세액에 대해서는 그러하지 아니하다. 3. 세무조사 결과 통지 및 과세예고통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우 4. 그 밖에 대통령령으로 정하는 경우 ④ 과세전적부심사 청구를 받은 세무서장, 지방국세청장 또는 국세청장은 각각 국세심사위 원회의 심사를 거쳐 결정을 하고 그 결과를 청구를 받은 날부터 30일 이내에 청구인에 게 통지하여야 한다. ⑧ 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 통지를 받은 자는 과세전적부심사를 청구하지 아 니하고 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 통지받은 내용의 전부 또는 일부에 대하여 과세표준 및 세액을 조기에 결정하거나 경정결정해 줄 것을 신청할 수 있다. 이 경우 해당 세무서장이나 지방국세청장은 신청받은 내용대로 즉시 결정이나 경정결정을 하여야 한다. - 7 - 호로 국세기본법이 개정되면서 처음 신설되었다. 세무조사결과통지 제도는 과세전적부 심사 및 과세예고통지 제도 신설 이전에 이미 존재하였다. ❸ 과세전적부심사 청구제도 도입 당시 과세전적부심사 청구대상은 세무조사결과통지 및 업무감사결과에 따른 과세예고통지였다. 납세자 권리 보호를 위한 과세전적부심사 청구 기회를 넓히기 위해, 구 국세기본법 시행령 제63조의8 제2항 과세예고통지 사유 가 확대되었고, 4) 2018. 12. 31. 구 국세기본법(법률 제16097호)이 개정되면서 법률(제 81조의15 제1항)에서 과세전적부심사청구 대상을 규정하면서 과세예고통지를 하는 세 액도 ‘100만 원 이상인 경우’로 낮추었다. ❹ 과세전적부심사 청구 예외 규정은, 1999. 8. 31. 과세전적부심사 제도 신설시 국세 기본법 제81조의10 ‘3. 세무조사통지를 하는 날로부터 국세부과 제척기간의 만료일까 지의 기간이 3월 이하인 경우’로 규정하였다. 2006. 4. 28. 국세기본법 시행령에서 과 세예고통지 사유가 추가되어 과세전적부심사 청구대상이 확대되자, 2006. 12. 30. 국 세기본법 제81조의12 ‘3. 세무조사 결과 통지 및 과세예고통지를 하는 날로부터 국세 부과제척기간의 만료일까지의 기간이 3월 이하인 경우’로 개정되면서 과세전전부심사 청구 예외에 ‘과세예고통지’도 추가되었다. ❺ 세무공무원은 세무조사를 마치면 조사대상자인 납세자에게 ‘세무조사결과통지’를 하 여야 한다(국세기본법 제81조의12). 세무조사에서 확인된 내용이 조사대상자에 대한 것 이 아니거나, 현지 확인조사에서 확인된 내용이라면 ‘과세예고통지(국세기본법 제81조 4) 과세전적부심사 청구대상에 대해, 국세기본법은 ① 세무조사가 진행된 사안인 경우 세무조사결과통지에 대해, ② 세무조사가 진행되지 않은 사안인 경우 과세예고통지에 대해 규정하였고, 국세기본법의 위임에 따라 구 국세기본법 시행령(1999.12.28. 대통령령 제16622호로 개정된 것) 제63조의8 제2항은 ‘지방국세청장 또는 국세청장의 업무감사결과에 따라 세무서장 또는 지 방국세청장이 행하는 과세예고통지’를 규정하였다. 구 국세기본법 시행령 제63조의8 제2항은 2002. 12. 30. 개정시 제2호를 신설하여 실지조사에서 확인된 당해 납세자 외의 자에 대한 과세자료 및 현지확인조사에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 행하는 과세예고통지를 추가하였다. 구 국세기본법시행령 제63조의8 제2항은 2006. 4. 28. 개정시 제3호를 신설하여 세무조사 및 감사에 의하지 아니하고 발견되어 납세고지하려는 세액이 500만 원 이상인 경우에도 과세예고통지를 하도록 하였다. - 8 - 의15 제1항 제2호)’가 이루어진다. 조사대상자인 납세자에게 세무조사결과통지를 하면, 과세예고통지를 할 수 없다. 원고 주장과 같이 ‘세무조사결과에 따른 과세예고통지’는 ‘세무조사에서 확인된 내용이 조사대상자에 대한 것이 아닌 경우에 하는 과세예고통지’ 로 한정된다. 부과제척기간이 임박한 시점에서 정당한 세금을 징수하지 못하게 될 위 험을 막기 위해 과세전적부심사청구 예외를 규정한 취지에 비춰 보면, 원고가 주장하 는 경우에만 다른 과세전적부심사청구 대상과 달리 예외를 인정할 필요가 있지 않다. 다. 절차상 하자의 존재 여부 1) 과세예고통지는 과세관청이 조사한 사실 등의 정보를 미리 납세자에게 알려줌으 로써 납세자가 충분한 시간을 가지고 준비하여 과세전적부심사와 같은 의견청취절차에 서 의견을 진술할 기회를 가짐으로써 자신의 권익을 보호할 수 있도록 하기 위한 처분 의 사전통지로서의 실질을 가진다. 또한 과세처분 이후에 행하여지는 심사‧심판청구나 행정소송은 시간과 비용이 많이 소요되어 효율적인 구제수단으로 미흡한 측면이 있다 는 점과 대비하여 볼 때, 과세전적부심사 제도는 과세관청이 위법‧부당한 처분을 행할 가능성을 줄이고 납세자도 과세처분 이전에 자신의 주장을 반영할 수 있도록 하는 예 방적 구제제도의 성질을 가질 뿐만 아니라, 위법한 처분은 물론 부당한 처분도 심사대 상으로 삼고 있어 행정소송과 같은 사후적 구제절차에 비하여 그 권리구제의 폭이 넓 다. 이와 같이 사전구제절차로서 과세예고통지와 과세전적부심사 제도가 가지는 기능과 이를 통해 권리구제가 가능한 범위, 이러한 제도가 도입된 경위와 취지, 납세자의 절차 적 권리 침해를 효율적으로 방지하기 위한 통제방법과 더불어, 헌법 제12조 제1항에서 규정하고 있는 적법절차의 원칙은 세무공무원이 과세권을 행사하는 경우에도 마찬가지 - 9 - 로 준수하여야 하는 점 등을 종합적으로 고려하여 보면, 국세기본법 및 국세기본법 시 행령이 과세예고통지의 대상으로 삼고 있지 않다거나 과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있는 예외사유로 정하고 있는 등의 특별한 사정이 없음에도 불구하고, 과세관청이 과세처분에 앞서 필수적으로 행하여야 할 과세예고통지를 하지 않거나 과세예고통지 후 과세전적부심사 청구나 그에 대한 결정이 있기도 전에 과세처 분을 함으로써 납세자에게 과세전적부심사의 기회를 부여하지 아니한 채 과세처분을 하였다면, 이는 납세자의 절차적 권리를 침해한 것으로서 과세처분의 효력을 부정하는 방법으로 통제할 수밖에 없는 중대한 절차적 하자가 존재하는 경우에 해당하므로, 그 과세처분은 위법하다(대법원 2016. 4. 15. 선고 2015두52326 판결, 대법원 2016. 12. 27. 선고 2016두49228 판결 등 참조). 국세기본법 제81조의15 제3항 각 호는 긴급한 과세처분의 필요가 있거나 형사절차 상 과세관청이 반드시 과세처분을 할 수밖에 없는 등의 일정한 사유가 있는 경우에는 과세전적부심사를 거치지 않아도 된다고 규정하면서, 이러한 예외사유 가운데 하나로 ‘과세예고통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우’(제3호)를 들고 있다. 그러나 과세관청이 정당한 사유 없이 스스로 과세행정을 장 기간 해태하여 부과제척기간 만료일이 임박한 시점에야 뒤늦게 과세예고통지를 함으로 써 납세자로부터 과세전적부심사의 기회를 박탈하기에 이른 경우에는, 과세관청이 납 세자에게 과세전적부심사의 기회를 부여하지 아니한 채 과세처분을 할 수 있는 예외사 유에 해당한다고 할 수 없다. 과세예고통지가 부과제척기간 만료일부터 3개월이 남지 않은 시점에 이루어지기만 하면 아무런 제한 없이 과세전적부심사를 생략할 수 있다고 볼 경우, 과세관청이 임의로 부과제척기간 만료일이 임박한 시점에 과세예고통지를 함 - 10 - 으로써 과세전적부심사를 회피할 수 있을 뿐 아니라, 과세전적부심사에 관한 납세자의 절차적 권리가 과세관청의 선택에 의하여 좌우되는 부당한 결과를 초래하기 때문이다. 따라서 과세관청이 국세기본법 제81조의15 제3항 제3호의 사유를 들어 납세자에게 과세전적부심사의 기회를 부여하지 아니한 채 과세처분으로 나아간 것이 절차상 정당 성을 갖추었다고 보기 위해서는, 과세관청의 귀책사유 없이 부득이한 사정으로 부과제 척기간의 만료일이 임박하게 되었고 이로 인하여 부과제척기간의 만료 전까지 과세전 적부심사를 거칠 시간적 여유가 없게 되었다는 등의 정당한 사유가 추가로 인정되어야 하고, 이에 관하여는 과세관청이 증명하여야 한다(대법원 2025. 6. 5. 선고 2025두 33014 판결) 2) 처분의 경위에서 알 수 있는 다음 사정을 고려하면, 피고가 국세 부과제척기간 만료일까지 남은 기간이 3개월 이하라는 점을 들어 과세예고통지를 하고 5일 만에 이 사건 처분을 한 것은, 원고의 과세전적부심사의 기회를 박탈한 절차상 하자가 있다. 이 사건 처분은 위법하다. ❶ 원고는 2018. 2. 28. ****에게 관련 증여세 부과처분에 따라 취득가액을 산 정하여 이 사건 신고를 마쳤다. ****은 관련 증여세 부과처분에 대한 행정소 송 과정에서 조정권고에 따라 2019. 6. 18. 관련 증여세 부과처분을 취소하였다. 마포 세무서장은 이 사건 신주인수권 양도에 따른 양도소득세에 대해 경정 결정을 하고 증 여세 환급금으로 양도소득세를 충당하는 결정을 할 수 있었다. ****은 양도소 득세와 관련하여 아무런 처분을 하지 않은 채 2019. 6. 21. 증여세 환급결정을 하였다. 피고는 2023. 2. 8. 원고에게 수정신고를 하라는 취지로 유선 연락을 하였다. 마포세무 서장이나 피고가 관련 증여세 부과처분이 취소되었음에도 2023. 2. 8.까지 이 사건 신 - 11 - 고와 관련하여 양도소득세 부과처분을 하지 않은 이유를 알 수 없다. 원고가 관련 증 여세 부과처분의 당사자로서 이 사건 신고를 하였으므로 수정신고를 할 수 있었다는 사정만으로는 과세관청이 과세행정을 장기간 해태하여 부과제척기간 만료일이 임박한 상황을 형성한 데 대한 정당화 사유가 될 수 없다. ❷ 원고는 2023. 2. 8. 피고로부터 수정신고 연락을 받고 2023. 2. 28. 수정신고를 하 면서 가산세 감면신청을 하였다. 원고가 피고로부터 연락을 받고 수정신고를 현저히 지연하여 하였다거나 부과처분의 제척기간을 도과하려는 의도로 보이지도 않는다. 가 산세 감면신청 내용도 관련 증여세 부과처분 취소에 따라 취득가액이 달라져 신고가 지연된 데 원고에게 책임질 수 없는 사유가 있었다는 것이어서 충분히 수긍할 수 있는 사유이다. 실제로 피고도 원고 주장을 상당 부분 수용하여 신고불성실 가산세는 전부, 납부불성실 가산세는 일부 면제하였다. 피고가 수정신고 연락을 늦게 함으로써 절차가 지연되었다. 원고의 가산세 감면 신청을 검토하느라 과세관청의 귀책사유 없이 부득이 한 사정으로 부과제척기간의 만료일이 임박하게 되었다고 할 수 없다. 4. 결 론 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.