회사가 본점을 대도시로 이전하면서 중과세율에 따른 등록세와 교육세를 신고납부한 후, 설립 당시 냈던 등록세를 공제해 달라고 요구함.

【심급】 1심 【세목】 등록면허세 【주문】 1. 원고의 청구를 기각한다. 2. 소송비용은 원고의 부담으로 한다. 【이유】 1. 처분의 경위 가. 원고는 생명보험업을 영위하는 회사로서 1988. 4. 1. ****에 본점을 두고 설립되었다가, 2000. 3. 25.****를 흡수합병하면서 그 본점을 ****소재****으로 이전하게 되었는데, 위 본점 이전이지방세법(2000. 12. 29. 법률 제6305호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법’이라 한다) 제138조 제1항 제2호에서 정한 중과세 요건에 해당되었으므로, 같은 날 피고에게 그 법인등기에 따른등록세로 법 제137조 제1항 제1호 (1)항에서 정한 세율의 100분의 300에 해당하는 세율을 적용한 464,973,660원과 이에 따른 교육세(등록세의 20%)로 92,994,730원을 신고납부하였다(다툼 없음). 나.법 제72조 제1항에 의하면, 법에 따라 신고납부 또는 수정신고납부를 한 경우에는 그 신고납부를 한 때에 처분이 있었던 것으로 본다고 규정하고 있으므로, 원고가 위와 같이 등록세와 교육세를 신고납부한 때에 이에 해당하는 피고의 과세처분이 있는 것으로 보게 된다. 2. 지방세법 중 관련 조항 제137조(법인등기의 세율) ①법인의 등기를 받을 때에는 다음 각호의 구분에 의하여 등록세를 납부하여야 한다. 1. 상사회사 기타 영리법인의 설립 또는 합병으로 인한 존속법인 (1) 설립과 불입: 불입한 주식금액이나 출자금액 또는 현금 이외의 출자가액의 1,000분의 4 (2) 자본증가 또는 출자증가: 불입한 금액 또는 현금 이외의 출자가액의 1,000분의 4 4. 본점 또는 주사무소의 이전: 매 1건당 75,000원 제138조(대도시 지역 내 법인등기 등의 중과) ①다음 각호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을제131조및제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다.(단서 생략) 2. 대도시외의 법인이 대도시내에로의 본점 또는 주사무소의 전입(전입 후 5년 이내에 자본 또는 출자액을 증가하는 경우를 포함한다)에 따른 등기. 이 경우 전입은 법인의 설립으로 보아 세율을 적용한다. 제150조의 2(신고납부) ②등록세 과세물건을 등기 또는 등록한 후에 당해 과세물건이제132조의2 제3항또는제138조의 규정에 의한 세율의 적용대상이 된 때에는 대통령령이 정하는 날부터 30일 이내에제132조의 2 제3항또는제138조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액(가산세를 제외한다)을 공제한 금액을 세액으로 하여 신고납부하여야 한다. 3. 원고의 주장 법 제150조의 2 제2항에 의하면, 등록세 과세물건을 등기 또는 등록한 후에 당해 과세물건이제138조의 규정에 의한 세율의 적용대상이 된 때에는제138조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액을 공제한 나머지 세액만을 신고납부하도록 규정하고 있으므로, 원고가 이 사건 본점 이전과 관련하여 신고납부할 등록세 및 교육세는법 제138조의 규정에 의한 세액에서 원고가 원래 ****에서 본점을 설립하면서 기납부한 해당 세액을 공제한 나머지 금액이 되어야 할 것이고, 따라서 이 사건 과세처분 중 위 금액을 초과하는 부분은 위법하다. 4. 처분의 적법 여부 등록세는 재산권 기타 권리의 취득, 이전, 변경 또는 소멸에 관한 사항을 공부에 등기 또는 등록하는 경우 그 등기 또는 등록행위 자체를 과세물건으로 하는 조세로서, 법인등기의 경우법 제137조각호에서 정한 등기사항과 등기행위별로 별도의 과세물건을 구성한다 할 것인데,법 제150조의 2 제2항은 하나의 과세물건인 법인등기에 대하여 당초 등기시에는법 제138조에서 정한 중과세 요건에 해당하지 아니하여 통상의 세율에 따라 등록세를 신고납부하였다가 이후 중과세 요건을 충족시키게 되는 경우 위 조항에서 정한 중과세율에 따른 세액을 추가로 신고납부하도록 하되 여기에서 기납부 등록세액을 공제함으로써 처음부터 중과세율이 적용되는 경우와 동일한 결과에 이르도록 한 취지이므로, 각각 별개의 과세물건이 되는 법인등기 사이에서는법 제150조의 2 제2항이 적용될 여지가 없다. 따라서, 원고가 이 사건 본점 이전에 따른 등록세를 신고납부하면서 당초 ****에서 이루어진 설립등기에 따른 등록세를법 제150조의 2 제2항에 의하여 기납부세액으로 공제받기 위해서는 양자가 동일한 과세물건에 해당한다고 볼 수 있어야 할 것인데, 법인의 설립행위에 따른 등기와 본점 이전에 따른 등기는법 제137조에서 제1호와제4호로 구분하고 있는 바와 같이 각각 별개의 과세물건을 구성함이 분명하고, 본점 또는 주사무소의 전입을 법인의 설립으로 본다는법 제138조 제1항 제2호단서도 본점 이전등기에 따른 등록세율을 정함에 있어서 법인설립과 동일한 세율이 적용되도록 한 것일 뿐, 본점 이전이 법인설립과 동일한 과세물건에 해당한다는 취지를 규정한 것으로 볼 것은 아니므로, 결국 원고가 법인 설립 당시 신고납부한 등록세를 이 사건 본점 이전에 따른 등록세에서 공제받을 수는 없다 할 것이다. 5. 결론 그렇다면 피고의 이 사건 등록세 등 과세처분은 적법하므로, 그 취소를 구하는 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 주문과 같이 판결한다.