프로젝트금융투자회사가 부동산을 취득하고 취득세를 신고·납부한 뒤, 감면 규정이 적용되어야 한다며 과다 납부분의 환급을 요구함

【심급】 1심 【세목】 취득세 【주문】 1. 원고의 청구를 기각한다. 2. 소송비용은 원고가 부담한다. 【이유】 1.처분의 경위 가.원고는2007. 12. 31. ‘**** 내 복합단지PF사업’(이하‘이 사건 사업’이라 한다)을 수행하기 위하여 설립된 법인으로,구 법인세법(2008. 12. 26.법률 제9267호로 개정되기 전의 것)제51조의2제1항 제6호의 요건을 갖춘 프로젝트금융투자회사이다. 나.원고는 이 사건 사업을 위해2017.부터2018.까지 아래 표1과 같이**** 일대의 토지를 매수하여 취득하였고(이하‘이 사건 토지’라 한다), 2018. 3. 23.경 이 사건 토지 위에 표2와 같이 건물2채를 건축하여 취득하였다(이하‘이 사건 건물’이라 하고,이 사건 토지와 이 사건 건물을 통틀어‘이 사건 부동산’이라 한다). 다.원고는2018.초 이 사건 부동산에 대하여 총1,033,307,566,366원을 과세표준으로 하여 취득세 등43,490,682,560원을 신고·납부하였고, 2018. 11. 15.과소신고분473,314,040원(가산세 포함)을 수정신고·납부하였다.원고가 납부한 총 취득세 등 내역은 아래와 같다. ------------------------------------------------------------------------------------------------- 이후 피고가 원고에 대한 세무조사를 진행하여2021. 2. 3.이 사건 부동산에 대하여 취득세 등284,422,930원 ------------------------------------------------------------------------------------------------- 라.원고는 취득세 등 신고 당시 구 지방세특례제한법(2014. 12. 31.법률 제12955호로 개정된 것)부칙 제23조에 따른 취득세50%감면을 적용하지 아니하였으므로,과다 신고·납부한 취득세 등을 환급하여달라는 취지로 별지1기재와 같은 과다신고분에 대하여2021. 8. 17.경정청구를 하였으나,피고는2021. 11. 17.경정청구를 거부하였다(이하‘이 사건 거부처분’이라 한다) 마.원고는 이 사건 거부처분에 불복하여2021. 12. 2.조세심판원에 심판청구를 제기하였으나,심판청구접수일로부터90일이 지나서도 심판청구결정통지를 받지 못하여 이 사건 소를 제기하였고,이 사건 변론종결일까지 심판결정이 이루어지지 않고 있다. [인정근거]다툼 없는 사실,갑 제1내지10호증(가지번호 포함)의 각 기재,변론 전체의 취지 2.관계 법령 가.관계 법령의 기재 별지 기재와 같다. 나.쟁점 조항들 목록 쟁점 조항들의 목록은 아래 표4와 같다.아래에서는 편의상‘법률 제0000호 제120조 제4항 제3호’와 같은 방식으로 칭한다. [표 4]순번법률 구분내용1법률 제7216호개정일: 2004. 7. 26.시행일: 2004. 7. 26. 조세특례제한법제120조(취득세의 면제 등) ④ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산에 대하여는 취득세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 3. 프로젝트금융투자회사가 취득하는 부동산2법률 제9921호개정일: 2010. 1. 1.시행일: 2010. 1. 1.조세특례제한법제120조(취득세의 면제 등) ④ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 30(제3호의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 세액을 감면한다. 3. 프로젝트금융투자회사가 2012년 12월 31일까지 취득하는 부동산조세특례제한법 부칙 제76조(등록세 및 취득세의 면제 등에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 설립ㆍ등기한 프로젝트금융회사가 취득하는 부동산에 대한 등록세와 취득세의 감면에 대해서는 제119조제6항제3호 및 제120조제4항제3호의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.3법률 11614호개정일: 2013. 1. 1.시행일: 2013. 1. 1.조세특례제한법④ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산(「지방세법」 제13조제5항 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산은 제외한다)을 2014년 12월 31일까지 취득하는 경우에는 취득세의 100분의 30(제3호의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 세액을 감면한다. 이 경우 「지방세법」 제13조제2항 본문 및 제3항의 세율을 적용하지 아니한다.3. 프로젝트금융투자회사가 취득하는 부동산4법률 제12853호개정일: 2014. 12. 23.시행일: 2015. 1. 1.제120조 삭제조세특례제한법 부칙제72조(프로젝트금융투자회사에 대한 취득세의 면제 등에 관한 경과조치) 2014년 12월 31일 이전에 설립ㆍ등기한 프로젝트금융투자회사가 2015년 12월 31일까지 취득하는 부동산에 대하여는 제120조제4항제3호의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.조세특례제한법 부칙 제76조 를 아래와 같이 개정이 법 시행전에 설립·등기한 프로젝트금융회사가 2016.12.31.까지 취득하는 부동산에 대한 등록세와 취득세의 감면에 대해서는 제119조제6항제3호 및 제120조제4항제3호의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.5법률 제12955호개정일: 2014. 12. 31.시행일: 2015. 1. 1.지방세특례제한법 부칙 제23조법률 제9921호 조세특례제한법 일부개정법률 부칙 제76조에 따라 법인세법 제51조의2제1항제9호에 해당하는 회사가 2010.1.1. 이전에 설립등기한 경우, 해당 회사가 취득하는 부동산에 대한 취득세의 감면에 대해서는 종전의 규정에 따른다. 3.원고의 주장 이 사건 거부처분은 아래와 같은 이유로 위법하다. 가.법률 제12955호 부칙 제23조의‘법률 제9921호 조세특례제한법 일부개정법률 부칙 제76조’및‘종전의 규정’은 위 법률 시행 시점 이전의 규정,즉 법률 제9921호 부칙 제76조를 가리키므로, 2009. 12. 31.이전 설립·등기한 프로젝트금융투자회사가 취득하는 부동산에는,위 각 규정에 따라 법률 제7216호 제120조 제4항 제3호가 계속 적용되어,이 사건 부동산에 대한 취득세는50%감면되어야 한다. 나.법률 제12955호 부칙 제23조의‘법률 제9921호 조세특례제한법 일부개정법률 부칙 제76조’가2014. 12. 23.개정된 법률 제12853호‘조세특례제한법 부칙 제76조’개정 규정을 가리키는 것이라 하더라도,법률 제12955호 부칙 제23조는 위2014. 12. 23.자 개정규정 중‘2016년12월31일까지 취득하는 부동산’부분을 인용하고 있지 않으므로,이 사건 부동산에 대한 취득세는 여전히 감면되어야 한다. 4.판단 가.적용 조항에 대한 판단 갑 제11내지14호증,을 제1내지3호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 아래와 같은 사정을 종합하면,법률 제12955호 부칙 제23조의‘법률 제9921호 조세특례제한법 일부개정법률 부칙 제76조’및‘종전의 규정’은2014. 12. 23.개정된 법률 제12853호의‘조세특례제한법 부칙 제76조’의 개정규정을 가리킨다고 봄이 상당하다.이 부분 원고의 주장은 받아들이지 않는다. 1)관계 법령의 개정 연혁 가)구 법인세법이2004. 1. 29.법률 제7117호로 개정되면서 소득공제 대상에 프로젝트금융투자회사를 포함하는 제51조의2제1항 제6호가 신설되었고,법률 제7216호[구 조세특례제한법(2004. 7. 26.법률 제7216호로 개정된 것)]제120조 제4항 제3호에 프로젝트금융투자회사가 취득하는 부동산에 대하여 취득세를50%를 감면하는 내용의 규정이 신설되었다.이는 회사의 자산을 사회간접자본시설투자 등 대규모사업에 운용하기 위하여 설립되는 투자회사의 창업 및 활성화 등을 유도하기 위한 목적이었던 것으로 보인다. 나)법률 제9921호[구 조세특례제한법(2010. 1. 1.법률 제9921호로 개정된 것)]제120조는 프로젝트금융투자회사가2012년12월31일까지 취득하는 부동산에 대하여 취득세를50%감면하였고,법률 제11614호[구 조세특례제한법(2013. 1. 1.법률 제11614호로 개정된 것)]제120조에서는 그 기한을2014. 12. 31.까지 연장하였다. 다)법률 제12853호[구 조세특례제한법(2014. 12. 23.법률 제12853호로 개정된 것)]제120조에서는 프로젝트금융투자회사의 부동산 취득세 감면규정이 삭제되었고,부칙 제72조에“2014. 12. 31.이전에 설립·등기한 프로젝트금융회사가2015. 12. 31.까지 취득하는 부동산에 대해서는 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.”고 규정하였고,위 법 부칙제76조를“이 법 시행 전에 설립·등기한 프로젝트금융회사가2016. 12. 31.까지 취득하는 부동산에 대한 취득세의 면제에 대해서는 제120조 제4항 제3호의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다”고 개정하였다. 라)법률 제12955호[구 지방세특례제한법(2014. 12. 31.법률 제12955호로 개정된 것)은 부칙 제23조에서“법률 제9921호 조세특례제한법 일부개정법률 부칙 제76조에 따라「법인세법」제51조의2제1항 제9호에 해당하는 회사가2010년1월1일 이전에 설립ㆍ등기한 경우,해당 회사가 취득하는 부동산에 대한 취득세의 감면에 대해서는 종전의 규정에 따른다”는 규정을 신설하였다. 2)법률 제12853호 및 법률 제12955호 부칙 제23조의 개정취지 가)입법과정에서 이루어진 논의에 비추어 볼 때(을 제1호증 참조),법률 제12853호가2010년1월1일 전에 설립·등기한 프로젝트금융투자회사의 경우2016년12월31일까지 취득한 부동산에 대해서만 취득세를 감면하도록 규정한 것은2010년1월1일 전에 설립ㆍ등기하였다는 이유로 부동산 취득기한의 제한 없이 부동산 취득세를 계속 감면할 경우2010년1월1일 이후에 설립ㆍ등기한 프로젝트금융투자회사와의 형평성 문제가 발생할 수 있는 점,정책 목적이 달성되었음에도 특정 주체에게 계속 감면혜택을 주는 것이 적절하지 않은 점 등을 고려한 것으로 보인다. 나)법률 제12955호는 종전 조세특례제한법에서 규정하던 지방세 감면에 대한 사항을 지방세특례제한법에서 규정하도록 일원화하면서,프로젝트금융투자회사 등에 대한 부동산 취득세의 경우 프로젝트금융투자회사의 활성화 등 위 감면 규정을 도입할 당시의 정책적 목적이 어느 정도 달성되었다는 점을 고려하여 그 감면 혜택을 종료하되,기존에 설립된 회사들의 신뢰 보호를 위하여 법률 제12955호 부칙 제23조에서 종전의 규정에 따라2010년1월1일 전에 설립ㆍ등기한 프로젝트금융투자회사에 대하여는 일정 기간 동안 예외 규정을 적용하도록 한 것으로 보인다. 3) ‘법률 제9921호 조세특례제한법 일부개정법률 부칙 제76조’의 의미 가)위와 같은 개정 연혁 및 입법 취지에 비추어 볼 때,법률 제12955호에 지방세 감면 규정을 이관하면서 프로젝트금융투자회사의 부동산 취득세 감면제도에 대해 법률 제12853호에서 드러난 입법 의사와 반대되는 입법을 하려는 의도가 있었다고 보이지는 않는다.이는 행정안전부가 각 시·도에 당해년도 지방세특례제한법 등 주요내용을 알리면서 작성한 자료에서도 확인된다(을 제2호증 참조).원고의 주장과 같이 해석할 경우2010. 1. 1.전에 설립·등기한 프로젝트금융투자회사가 부동산을 취득할 경우 영구히 취득세 감면대상이 되는 것이어서,위 개정 연혁 및 취지에 부합하지 않는다. 나)위와 같은 개정 연혁 및 각 법률의 제·개정문,각 행정부처의 홍보자료 등에서 알 수 있는 입법 의도를 원고 또한 잘 알고 있었던 것으로 보이므로,위와 같은 해석이 법적 안정성을 해친다고 보기도 어렵다.이 사건 사업의 경우 원고의 설립일로부터10년이 지난 후에야 이 사건 부동산 취득이 이루어진 것이어서,프로젝트금융회사에 대하여 부동산 취득세를 감면하기 위한 제도적 취지에 부합하는 사례인지도 다소 의문이다. 다)구 농어촌특별세법 시행령(2015. 2. 27.대통령령 제26125호로 개정된 것)부칙 제4조 제1항은‘프로젝트금융회사에 대한 취득세 감면분에 대한 농어촌특별세 비과세에 관한 경과조치’라는 제목으로“법률 제9921호 조세특례제한법 일부개정법률 부칙 제76조에 따라2010년1월1일 전에 설립·등기한 프로젝트금융투자회사가2016년12월31일까지 취득하는 부동산에 대한 취득세 감면분에 대한 농어촌특별세 비과세에 대해서는 제4조 제6항 제1호의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다”고 규정한다.위 시행령의 문언에 비추어 볼 때 법률 제12955호 또한 위와 같은 취지로 개정되었음을 추단할 수 있다. 라)한편 법률 제12955호와 제12853호는 각2015. 1. 1.시행되어 모두 효력을 갖게 되는데,원고 주장에 의할 경우 법률 제12955호는 원고에 대한 취득세 등 면제를,법률 제12853호는 원고에 대한 취득세 등 부과를 규정하는 것이 되어 동일한 수범자에 대해 모순되는 내용을 규정하게 되고,결국 법률 제12853호에서 법률 제9921호의 부칙 제76조를 개정한 부분은 무익하게 되는 것이어서,법령의 체계적 해석의 측면에서도 원고의 해석이 적절하다고 보기 어렵다. 마)따라서 법률 제12955호의‘법률 제9921호 조세특례제한법 일부개정법률 부칙 제76조’및‘종전의 규정’은 모두 법률 제12853호의 해당 부분을 가리키는 것이라고 보는 것이 타당하다. 나.법률 제12955호 부칙 제23조의 해석 앞서 든 증거 및 변론 전체의 취지에 비추어 볼 때 법률 제12955호 부칙 제23조는 법률 제12853호의 부칙 개정규정 중‘2016년12월31일까지 취득하는 부동산’부분 역시 인용하고 있다고 봄이 타당하다.이 부분 원고의 주장 역시 받아들이지 않는다. 1)법률 제12955호 부칙 제23조는“법률 제9921호 조세특례제한법 일부개정법률 부칙 제76조에 따라 법인세법 제51조의2제1항 제9호에 해당하는 회사가2010.1.1.이전에 설립등기한 경우,해당 회사가 취득하는 부동산에 대한 취득세의 감면에 대해서는 종전의 규정에 따른다.”고 규정한다. 2) 5번 법률의‘법률 제9921호 조세특례제한법 일부개정법률 부칙 제76조’및‘종전의 규정’은 모두 법률 제12853호의 해당 부분을 가리키는 것이라고 보는 것이 타당함은 앞서 본 바와 같다.위 조항을 해석함에 있어 원고 주장과 같이 문언상‘2016. 12. 31.까지 취득한 부동산’부분만을 제외하고 적용하는 것이 오히려 부자연스러우며,입법 취지에 비추어 보아도 마찬가지이다.법률 제12955호 부칙 제23조는 법률 제12853호의 부칙 개정 규정을 인용하였으므로 동일 조항 내의 어구 반복을 피하기 위하여 종전 감면규정의 적용 시한을 명기하지 않은 것으로 보인다.원고와 같이 해석할 경우 법률 제12955호 부칙 제23조에서 굳이‘법률 제9921호 조세특례제한법 일부개정법률 부칙 제76조’부분을 인용한 이유가 설명되지 않는다. 5.결론 원고의 주장은 이유 없으므로 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 별지2 관계 법령 ■구 법인세법(2004. 1. 29.법률 제7117호로 개정된 것) 제51조의2 (유동화전문회사등에 대한 소득공제) ①다음 각호의1에 해당하는 내국법인이 대통령령이 정하는 배당가능이익의100분의90이상을 배당한 경우 그 금액은 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 공제한다. 6.제1호 내지 제5호와 유사한 투자회사로서 다음 각목의 요건을 갖춘 법인일 것 가.회사의 자산을 설비투자,사회간접자본시설투자,자원개발 그 밖에 상당한 기간과 자금이 소요되는 특정사업에 운용하고 그 수익을 주주에게 배분하는 회사일 것 나.본점외의 영업소를 설치하지 아니하고 직원과 상근인 임원을 두지 아니할 것 다.한시적으로 설립된 회사로서 존립기간이2년 이상일 것 라.상법 그 밖의 법률의 규정에 의한 주식회사로서 발기설립의 방법으로 설립할 것 마.발기인이 기업구조조정투자회사법 제4조제2항 각호의1에 해당하지 아니하고 대통령령이 정하는 요건을 충족할 것 바.이사가 기업구조조정투자회사법 제12조 각호의1에 해당하지 아니할 것 사.감사는 기업구조조정투자회사법 제17조의 규정에 적합할 것.이 경우 동조중"기업구조조정투자회사"는"회사"로 본다. 아.자본금 규모,자산관리업무와 자금관리업무의 위탁 및 설립신고 등에 관하여 대통령령이 정하는 요건을 충족할 것 ■조세특례제한법(2004. 7. 26.법률 제7216호로 개정된 것) 제120조(취득세의 면제등) ④다음 각호의1에 해당하는 부동산에 대하여는 취득세의100분의50에 상당하는 세액을 감면한다. 3.프로젝트금융투자회사가 취득하는 부동산 ■조세특례제한법(2010. 1. 1.법률 제9921호로 개정된 것) 제120조(취득세의 면제 등) ④다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산에 대해서는 취득세의100분의30(제3호의 경우에는100분의50)에 상당하는 세액을 감면한다. 3.프로젝트금융투자회사가2012년12월31일까지 취득하는 부동산 부칙 제76조(등록세 및 취득세의 면제 등에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 설립ㆍ등기한 프로젝트금융회사가 취득하는 부동산에 대한 등록세와 취득세의 감면에 대해서는 제119조제6항제3호 및 제120조제4항제3호의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다. ■조세특례제한법(2013. 1. 1.법률 제11614호로 개정된 것) 제120조(취득세의 면제 등) ④다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산(「지방세법」제13조제5항 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산은 제외한다)을2014년12월31일까지 취득하는 경우에는 취득세의100분의30(제3호의 경우에는100분의50)에 상당하는 세액을 감면한다.이 경우「지방세법」제13조제2항 본문 및 제3항의 세율을 적용하지 아니한다. 3.프로젝트금융투자회사가 취득하는 부동산 ■조세특례제한법(2014. 12. 23.법률 제12853호로 개정된 것) 제120조 삭제 부칙 제72조(프로젝트금융투자회사에 대한 취득세의 면제 등에 관한 경과조치) 2014년12월31일 이전에 설립ㆍ등기한 프로젝트금융투자회사가2015년12월31일까지 취득하는 부동산에 대하여는 제120조제4항제3호의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다. 부칙 제76조(등록세 및 취득세의 면제 등에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 설립ㆍ등기한 프로젝트금융회사가2016년12월31일까지 취득하는 부동산에 대한 등록세와 취득세의 감면에 대해서는 제119조제6항제3호 및 제120조제4항제3호의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다. ■지방세특례제한법(2014. 12. 31.법률 제12955호로 개정된 것) 제23조(프로젝트금융회사에 관한 경과조치) 법률 제9921호 조세특례제한법 일부개정법률 부칙 제76조에 따라「법인세법」제51조의2제1항제9호에 해당하는 회사가2010년1월1일 이전에 설립ㆍ등기한 경우,해당 회사가 취득하는 부동산에 대한 취득세의 감면에 대해서는 종전의 규정에 따른다. ■농어촌특별세법 시행령(2015. 2. 27.대통령령 제26125호로 개정된 것) 부칙 제4조(프로젝트금융투자회사에 대한 취득세 감면분에 대한 농어촌특별세 비과세에 관한 경과조치) ①법률 제9921호 조세특례제한법 일부개정법률 부칙 제76조에 따라2010년1월1일 전에 설립ㆍ등기한 프로젝트금융투자회사가2016년12월31일까지 취득하는 부동산에 대한 취득세 감면분에 대한 농어촌특별세 비과세에 대해서는 제4조제6항제1호의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다. ②법률 제12853호 조세특례제한법 일부개정법률 부칙 제72조에 따라2014년12월31일 이전에 설립ㆍ등기한 프로젝트금융투자회사가2015년12월31일까지 취득하는 부동산에 대한 취득세 감면분에 대한 농어촌특별세 비과세에 대해서는 제4조제6항제1호의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.