과세관청이 법인세를 부과하면서 특별부가세를 별도로 구분하지 않고 법인세에 포함시켜 일괄 고지함

【심급】 1심 【세목】 기타 【주문】 1. 피고가 1997. 2. 15. 원고에 대하여 한 법인세 금 62,772,820원(특별부가세 금 57, 871,526원 포함)의 부과처분은 이를 취소한다. 2. 원고의 나머지 청구를 기각한다. 3. 소송비용은 이를 7분하여 그 6은 원고, 나머지는 피고의 각 부담으로 한다. 【이유】 1. 기초사실 갑 제1, 2호증, 갑 제3호증의 2, 갑 제4, 5호증, 갑 제6호증의 2, 갑 제7 내지 13호증, 을 제1, 2호증, 을 제3호증의 1 내지 3, 을 제4, 5호증, 을 제6호증의 1 내지 7, 을 제7호증의 1, 2, 을 제8호증의 1 내지 3, 을 제12호증의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하면 아래 사실을 인정할 수 있다. 가. 당초 처분 ⑴ 피고는 1997. 2. 15. 원고에게 1994년 귀속 갑종근로소득세 원천분 금 592,511,540원과 1994 사업연도분 법인세 금 180,465,740원(특별부가세 포함)을 부과하는 이 사건 처분(이하 ‘근로소득세 부과처분’, ‘법인세등 부과처분’이라고 한다)을 하였다. ⑵ 근로소득세 부과처분은 1994. 9. 5.까지 원고의 대표사원이었던소외 ****의 갑종근로소득으로 금 1,341,767,869원을 인정한 데 따른 것이었다. 즉, ① 원고가 1993. 4. 7. 매수한 ****의 6필지토지 매수대금 지급 잔액 금 35,847,450원, ② 원고가소외 ****등의 명의로 차입한 금 1,700,000,000원 중 미상환 잔액 금 900,000,000원, ③ 위 ①항의 매수 토지 중 2필지 토지의 수용으로 지급받은 금 1,052,179,000원 중 차입금 800,000,000원을 변제하고 남은 금 252,179,000원, ④ 원고가 1994. 9. 6. 위 주식회사금성종합건설의 명의로 차입한 100,000,000원 등 합계 금 1,288,026,450원을****에 대한 가지급금으로 보는 한편, ⑤ 아울러 위 ③항까지의 금액을 합한 금 1,188,026,450원의 가지급금에 대한 인정이자 금 53,741,419원 역시****의 소득으로 보아 총 합계 금 1,388,026,450원을****의 1994년 귀속 갑종근로소득으로 계산한 것이었다. ⑶ 그리고 법인세등 부과처분은 위와 같은 가지급금과 가지급금에 대한 인정이자 등을 익금에 가산하는 등의 세무조정을 거치고, 위 2필지 수용토지에 대한 특별부가세로 금 74,063,830원을 산출합산하여 산정된 금 180,465,740원을 부과한 것이었다. 다만 그 납세고지서(갑 제4호증)에서는 과세표준, 세율, 산출세액, 가산세 등을 표시함에 있어 특별부가세 부분을 별도로 표시하지 아니한 채 일괄하여 법인세로만 표시하였다. 부과처분에 앞서 결정전통지서(을 제12호증)를 1997. 1. 23.자로 원고측에 교부하였으나, 거기에도 ‘결정할 내용’이라는 항목에 법인세와 근로소득세 외에 양도소득세라고만 표시되어 있었을 뿐이었고, 그에 첨부된 조사종결복명서 등에도 특별부가세의 과세표준, 세율, 산출세액 등이 구체적으로 정확하게 기재되어 있지 않았다. 나. 감액경정처분과 재처분 ⑴ 위와 같은 당초처분에 대하여 원고가 심판청구를 한 결과,****의 소득금액 중 인정이자 등을 재계산하고, 특별부가세의 양도차익을 재산출하여 과세표준과 세액을 경정하라는 결정이 내려지자, 피고는 1999. 3. 22.자로 1994년 귀속 근로소득세 원천분을 금 380,812,750원으로, 1994사업연도분 법인세를 금 62,772,821원(특별부가세 금 57, 871,526원 포함)으로 각각 감액경정하였다. ⑵ 근로소득세 원천분에 대한감액경정은 위 가. ⑵에서 본****의 근로소득 중, ①항 내지 ③항의 가지급금을 합계 금 786,636,280원으로, ④항의 가지급금을 금 70,000, 000원으로, ⑤항의 인정이자로 인한 소득을 금 14,689,844원으로 각각 감액 인정하여 총 근로소득을 합계 금 871,326,124원으로 감액한 데 따른 것이었다. ⑶ 그 후 피고는, 1999. 9. 21. 위와 같이 감액경정된 근로소득세 원천분 금 380,812,755원의 부과처분을 고지절차의 하자를 이유로 직권 취소하고 1999. 9. 27. 같은 금액의 부과처분을 다시 하였다. 반면 법인세등 부과처분에 대하여는 위 감액경정을 유지하고 있으나, 위 감액경정 당시에도 특별부가세에 대한 과세표준과 세율 등을 별도로 고지하지는 아니하였다. 2. 이 사건 처분의 적법 여부 ⑴ 국세를 징수하고자 할 때에는 그 국세의 과세연도세목세액 및 그 산출근거납부기한과 납부장소 등을 명시한 고지서를 발부하여야 하는 것으로 규정하고 있는국세징수법 제9조의 규정과 토지등의 양도에 대한 특별부가세에 있어 그 과세표준에 대한 결정경정 및 징수 등에 관하여는 법인세의 과세표준 등에 관한 결정경정 및 징수에 관한 규정을 준용하는 것으로 규정하고 있는법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 전문 개정되기 전의 법률) 제59조의5등의 규정 내용, 납세고지에 관한 이러한 규정의 취지가 조세법률주의의 대원칙에 따라 처분청으로 하여금 자의를 배제하고 신중하고도 합리적인 처분을 행하게 함으로써 조세행정의 공정성을 기함과 동시에 납세의무자에게 부과처분의 내용을 상세하게 알려서 불복 여부의 결정 및 그 불복신청에 편의를 주려는 데 있는 점(대법원 2001. 6. 12. 선고 2000두7967 판결등 참조), 그리고 사업연도 소득에 대한 법인세와 토지등의 양도에 대한 특별부가세는 별개의 과세단위를 이루고 있는 것이어서 사업연도 소득에 대한 법인세 부과처분과 토지등의 양도에 대한 특별부가세 부과처분은 어디까지나 별개의 과세처분인 점(대법원 2001. 10. 30. 선고 99두4310 판결등 참조,국세기본법 제2조 제1호에서 특별부가세를 법인세와 별도로 규정하고 있지 아니하나 그렇다고 하여 법인세법상 인정되는 특별부가세가 독립한 세목이 아니라고 할 수 없다)을 모두 고려하면, 특별부가세가 법인세와 함께 부과되는 경우에도 그에 대한 납세고지는 과세표준, 세율 등 세액의 산출 근거를 별도로 명확하게 밝혀 독립적으로 행하여져야 할 것이다. 이러한 관점에서 보면, 피고가 1997. 2. 15.자로 하였다가 1999. 3. 27. 감액경정한 법인세등 부과처분은 우선 특별부가세에 대하여 별도의 납세고지를 하지 아니한 절차상의 하자로 인하여 위법하다고 하지 않을 수 없다. ⑵ 반면 갑 제14 내지 24호증, 갑 제25호증의 1 내지 4, 갑 제26 내지 29호증, 갑 제30호증의 1 내지 9, 갑 제31호증의 1 내지 6, 갑 제32호증의 각 기재로는 앞서 인정한 사실과는 달리 이 사건 처분에서****의 가지급금과 인정이자로 인한 소득으로 전제한 금액 중 실제 원고의 사업에 사용된 금액이 있다고 볼 수가 없으므로, 근로소득세 부과처분은 이를 위법하다고 할 수가 없다. 3. 결론 그러므로, 원고의 이 사건 청구 중 법인세등 부과처분의 취소를 구하는 부분은 이유 있어 이를 인용하고, 그 나머지 근로소득세 부과처분의 취소를 구하는 부분은 이유 없어 이를 기각하며, 소송비용은 쌍방이 그 패소비율에 따라 부담하도록 정하여 주문과 같이 판결한다.