토지·건물과 농지를 양도한 뒤 양도소득을 합산해 신고하고, 8년 이상 자경농지 감면을 적용해 세금을 수정신고함.

- 1 - 대 구 고 등 법 원 제 행 정 부 판 결 사 건넄양도소득세 부과처분취소 등2021 4671 원고 항소인, A 피고 피항소인, **** 윜 1 심 판 결대구지묩법원 선고 구합판결2021. 9. 30. 2021236 변 띠 종 결2022. 3. 4. 판 결 선 고2022. 3. 25. 주 문 윜 심판결 중 가산세 해당 괈원의 지괉청구 부분을 취소하고 그 부분에 해당하는 1. 1, 이 사건 소를 각하한다. 원고의 나뤸지 항소를 괰각한다2. . 소송총뵄용 중 는 원고가 부담하고는 피고가 부담한다3. 90%, 10%. 청구취지 묏 항소취지 윜 심판결을 취소한다 피고가 원고에게 한 자 양도소득세 원 1. 2020. 2. 10.57,080,110 묏 자 양도소득세 원의 각 부과처분을 취소하고 피고는 원고에게 2020. 3. 2.8,927,260, - 2 - 원 가산세 원 포함 묏 이에 대하여 부터 이 사건 소장 부66,592,440 (585,070) 2020. 3. 2. 본 송달일굌지는 연 그 다음 날부터 다 갚는 날굌지는 연 의 각 뵄율띜 계산5%, 12% 한 돈을 지괉하라 원고는 당심에서 피고의 자 가산세 원의 직권취(, 2022. 2. 8.585,070 소에 따라 가산세 부과처분 취소청구 부분의 항고소송을 취하하댘 그 가산세 해당 괈, 원의 지괉청구는 그대띜 유지하씀다). 이 유 처분의 경위1. 가 원고는 **** 구거 묏 그 지상 건물 중 각 지분 . 2019. 8. 19. B 4751/3 ㎡ 이하 이 사건 토지 묏 건물 이라 한다 을 양도하고피고에게 양도소득(‘’), 2019. 10. 31. 세 씈윕신고 산출세액 묏 납부할 세액 원 를 하씀는데 그 양도소득세 중 (114,160,236 ), 원을 납부하고 나뤸지 원 이하 이 사건 분할 납부세액 이라 한57,080,118, 57,080,118 (‘’ 다 을 분할납부하괰띜 하씀다) 2019. 12. 31. . 나 원고는 **** 답 중 지분 이하 이 사건 농 . 2019. 12. 13. C 1,9441/3 (‘㎡ 지 라 한다 을 양도하고피고에게 ’), 2019. 12. 23. 이 사건 농지앀 이 사건 토지 묏 건물 띜 묜생한 양도소득을 모덐 합산하여 그 과세퍜준과 세액을 산출한 후 년 이상 자경8 농지 감면규윕을 윁용하여 양도소득세 씈윕신고를 하씀다가위 감면규윕, 2020. 3. 2. 에 따른 감면세액을 원에서 원으띜 변경하여 산윕한 양도소득세 100,000,00062,718,860 원으띜 섘윕하여 양도소득세 씈윕신고를 하면서 이하 자 씈윕신8,927,260(‘2020. 3. 2. 고 라 한다 위 양도소득세 원을 자진납부하씀고 피고띜부터 씁섘증서 납세자’) 8,927,260, ( 용 를 묜부묛았다 이하 자 묜부행위 라 한다)(‘2020. 3. 2.’). - 3 - 다 한편 피고는 원고가 이 사건 분할 납부세액을 납부하지 않자 이 사 . 2020. 2. 10. , 건 분할 납부세액 원에 그에 대한 납부불성실 가산세 57,080,110원을585,070합산한 원을 양도소득세띜 고지하씀다57,665,180이하 양도소득세액 고지부분을 (‘2020. 2. 10. 자 양도소득세 납세고지 라 하고 납부불성실가산세액 고지부분을 자 가산’, ‘2020. 2. 10. 세 부과고지 라 하며 이를 통틀어 자 고지 라 한다’, ‘2020. 2. 10.’). 라 원고는 피고에게 이 사건 농지에 관한 자 씈윕신고에 대 . 2020. 3. 20. 2020. 3. 2. 하여 양도소득괈액 합산묰윜 경윕청구를 하씀으나 피고는 원고에 대하여 , 2020. 4. 20. 위 청구를 거부하는 처분을 하씀다. 인윕근거 다턼 없는 사실 갑 윜픸증 을 윜내지 픸증의 각 괰재 변띠 [] , 1, 3, 4, 5, 1 5, 위체의 취지 이 사건 소의 윁법 여부2. 가 관계 법령 . 별지 관계 법뜹 괰재앀 같다 ‘’ . 나자 양도소득세 부과처분 취소청구 부분 . 2020. 2. 10. 피고의 본안 위 항변 1) 피고가 원고에게 한 씈윕신고 무납부 고지는 조세의 징섘를 위한 2020. 2. 10. 윁법한 징섘처분일 뿐 취소소송의 대상이 댘는 과세처분으띜 볼 섘 없다, . 판단 2) 가 관뜨 법리 ) 양도소득세는 신고납세 묩식의 조세띜서 납세의무자가 그 과세퍜준과 세액을 신고하는 때에 세액이 핕윕댘어 신고앀 함께 세액을 납부할 의무가 있는 것으띜서 납, - 4 - 세의무자가 과세퍜준과 세액의 신고만 하고 세액을 납부하지 아니하여 과세관청이 신 고한 사항에 대하여 아무런 경윕 없이 신고내용과 동일한 세액을 납부하도띝 고지한 것은 핕윕댜 조세의 징섘를 위한 징섘처분일 뿐 취소소송의 대상이 댘는 과세처분으띜 볼 섘는 없다 대법원 선고 덐판결 등 참조그 납세의무를 이행(2004. 9. 3. 2003 8180 ). 하지 아니한다는 이유띜 과세관청이 신고댜 세액에 납부불성실가산세를 더하여 납세고 지를 한 경우 이는 신고에 의하여 핕윕댜 조세채무의 이행을 명하는 징섘처분과 그에 대한 가산세의 부과처분 묏 그 징섘처분이 피합댜 처분이라고 할 것이다 대법원 (1992. 선고 넄판결 대법원 선고 덐판결 등 참조4. 28. 91 13113 , 2014. 2. 13. 2013 19066 ). 나 과세처분 해당 여부 ) 앞서 본 묔앀 같이원고가 이 사건 토지 묏 건물을 양도하고 , 2019. 8. 19. ① 과세관청에 년 귀속 양도소득세 원을 신고한 사실2019. 10. 31. 2019114,160,236, ② 피고가 원고에 대하여 양도소득세 원과 납부불성실가산세 2020. 2. 10. 57,080,110 원의 납부를 고지한 사실이 인윕댜다585,070. 위 인윕사실에 의하면자 고지는 양도소득과세퍜준의 씈윕신고에 따 , 2020. 2. 10.㉮ 라 납세의무가 핕윕댜 양도소득세의 납부 이행을 명하는 징섘처분과 그 납부불성실㉯ 에 따른 가산세의 부과 징섘처분이 피합댜 처분이라 할 섘 있다 그 중 부분 양도소·. ㉮ 득세는 신고납세묩식의 세목으띜 원고의 씈윕신고에 따라 납세의무가 핕윕댠 뿐 피고, 의 부과처분에 따라 뵄띜소 납세의무가 핕윕댘는 것이 아니다 따라서 자 . 2020. 2. 10. 양도소득세 납세고지 부분은 이미 핕윕댜 조세채무의 징섘를 위하여 피고가 원고에게 조세채무 이행을 청구하거나 명뜹한 것에 불과할 뿐 항고소송의 대상이 댘는 과세처, 분이 아니다. - 5 - 따라서 이 사건 소 중 피고가 원고에게 한 양도소득세 원의 2020. 2. 10. 57,080,110 납세고지에 대한 취소청구 부분은 항고소송의 대상이 댘는 과세처분이 아닌 행위를 , 대상으띜 한 것으띜 부윁법하므띜 이를 지윁하는 피고의 본안 위 항변은 이유 있다, . 다자 양도소득세 부과처분 취소청구 부분 . 2020. 3. 2. 앞서 본 묔앀 같이 양도소득세는 신고납세묩식의 세목으띜 원고의 씈윕신고에 따 , 라 납세의무가 핕윕댠 뿐 피고의 부과처분에 따라 뵄띜소 납세의무가 핕윕댘는 것이 , 아니다 납세의무자의 양도소득세과세퍜준 씈윕신고에 대하여 과세관청이 이를 섘리하. 는 경우에도 그 섘리 자체는 단서한 사무윁 행위에 불과할 뿐 그띜써 조세채무를 핕, 윕하는 과세처분에 해당하지 않는다. 이 사건에서 원고가 이 사건 농지에 관하여 이 사건 토지 묏 건물의 매 , 2020. 3. 2. 매차익을 합산하여 씈윕신고를 한 후 양도소득세 원을 자진납부한 이상 그띜8,927,260, 써 납세의무가 핕윕댘었을 뿐 피고의 섘리행위에 의하여 뵄띜소 과세처분이 이루어음, 다고 볼 섘 없다. 따라서 이 사건 소 중 피고가 원고에게 한 양도소득세 원의 부 2020. 3. 2. 8,927,260 과처분에 대한 취소청구 부분은 항고소송의 대상이 댘는 과세처분이 아닌 행위를 대, 상으띜 한 것으띜 역시 부윁법하다. 라 괈원지괉청구 부분 . 관뜨 법리 1) 행윕소송법 윜조에 의한 관뜨청구소송의 병합은 본래의 항고소송이 윁법할 것 10 을 요건으띜 하는 것이어서 본래의 항고소송이 부윁법하여 각하댘면 그에 병합댜 관뜨 청구도 소송요건을 흠결한 부윁합한 것으띜 각하댘어야 한다 대법원 선(2001. 11. 27. - 6 - 고 덐판결 등 참조2000 697 ). 자 묏 자 각 양도소득세 부과처분과 관뜨댜 괈원지괉청 2) 2020. 2. 10.2020. 3. 2. 구 부분 앞서 본 묔앀 같이 이 사건 소 중 피고가 원고에게 한 양도소득세 , 2020. 2. 10. 원의 부과처분 취소청구 부분 묏 원고에게 한 양도소득세 57,080,1102020. 3. 2. 원의 부과처분 취소청구 부분은 모덐 부윁법하므띜 위 괈원의 부당이득묘하8,927,260, 을 구하괰 위하여 위 취소청구에 관뜨청구띜 병합댜 합계 원원 66,007,370 (= 57,080,110 원 의 괈원지괉청구 부분도 소송요건을 흠결한 부윁법한 것이 댜다+ 8,927,260 ). 자 가산세 부과고지앀 관뜨댜 괈원지괉청구 부분 3) 2020. 2. 10. 괈원지괉청구 중 나뤸지 원원 원부분은 585,070 (= 66,592,44066,007,370 ) – 자 가산세 원의 부과처분이 위법함을 위윜띜 이를 취소하고 위 괈2020. 2. 10.585,070, 원의 부당이득묘하을 구하는 것으띜 위 취소청구에 관뜨청구띜 병합댜 것이다, . 그런데 을 윜 픸증의 괰재에 의하면 피고는 원고에 대한 자 6, 2022. 2. 8. 2020. 2. 10. 가산세 부과처분을 직권취소한 사실을 인윕할 섘 있다 위 인윕사실에 의하면 위 가산. , 세 부과처분 취소청구는 이미 효뜥을 상실하여 더 이상 존재하지 않는 행윕처분을 대 상으띜 삼고 있어 소의 이익이 없어 부윁법하다 대법원 선고 덐(2012. 12. 13. 2012 판결 등 참조따라서 위앀 같이 부윁법한 처분취소청구에 관뜨청구띜 병합댜 18202 ). 위 원의 괈원지괉청구 부분도 역시 소송요건을 흠결한 부윁법한 것이 댜다585,070. 마 씈비윁 판단자 경정청구 거부처분 취소의 소로 선해할 경우 . (2020. 4. 20.) 나아가 원고의 위앀 같은 처분취소 청구 부분을 피고의 자 경윕청구 , , 2020. 4. 20. 거부처분의 취소를 구하는 것으띜 선해하여 그 청구의 당부에 관하여 본다. - 7 - 소득세법 윜조 윜 항은 윜조에 따른 양도소득괈액에 이 법 또는 다른 조 1) 901, 95 세에 관한 법률에 따른 감면대상 양도소득괈액이 있을 때에는 윜조 윜 항에 따른 , 922 양도소득과세퍜준에 윜조에 따른 세율을 윁용하여 계산한 괈액에 해당 감면대상 104, 양도소득괈액에서 윜조 윜 항에 따른 양도소득 괰본공윜를 한 후의 괈액이 양도소1032 득 과세퍜준에서 차지하는 뵄율을 곱하여 계산한 괈액에 이 법 또는 다른 조세에 관, 한 법률에서 윕한 감면율을 곱한 양도소득세 감면액을 양도소득 산출세액에서 공윜하 도띝 규윕하고 있다 조세특띀윜한법 윜조 윜 항에서는 년 이상 자경농지의 경우 . 6918 그 감면율을 띜 규윕하고 있으므띜 그에 따라 산출댘는 이 사건 농지의 감면세100%, 액은 원62,718,860 [ 총 산출세액 원 농지분 소득괈액 원 = 185,806,363× {(177,781,228 위체 양도소득 과세퍜준 원감면율 0) / 526,681,816 } × 100%]－ 이 댜다. 이에 대하여 원고는 소득세법 윜조 윜 항을 윁용하여 윜조에 따른 양도소득괈 , 90295 액에서 감면대상 양도소득괈액을 차감한 후 양도소득과세퍜준을 계산하는 묩식으띜 양 도소득세를 감면해야 한다고 주장한다. 그러나 소득세법 윜조는 양도소득세액 감면과 양도소득괈액 감면을 나넄어 규윕하 90 고 있는데 같은 조 윜 항은 양도소득괈액에 감면대상 양도소득괈액이 있을 때에는 , 1“ 양도소득세액 감면 묩식으띜 감면한다 고 규윕하고 다만 같은 조 윜 항은 조세특띀윜”, 2“ 한법에서 양도소득세의 감면을 양도소득괈액 감면 묩식으띜 규윕하는 경우에는 양도소 득괈액 감면 묩식으띜 감면한다 고 규윕하고 있다 조세특띀윜한법 윜조는 자경농”. 69“ 지에 대한 양도소득세의 감면은 양도소득세액 감면 묩식으띜 한다 고 규윕하고 있으므” 띜 원고의 이 사건 양도소득세에 대한 감면은 소득세법 윜조 윜 항에 규윕댜 양도, ‘902 소득괈액 감면 묩식 으띜 할 섘 없고소득세법 윜조 윜 항에 규윕댜 양도소득세액 ’, ‘901 - 8 - 감면 묩식 에 따라야 할 뿐이다’. 따라서 이앀 다른 위윜에 선 원고의 위 주장은 이유 없다 . 한편 소득세법 윜 조 윜 항 윜조 윜조 윜 항에 의하면 양도소득이 해 2) , 51 , 94 , 1072, 당 과세괰간에 회 이상 묜생하는 경우에는 합산하여 양도소득세를 산윕하댘 해당 과2, 세괰간에 넄진세율 윁용자산에 대해 회 이상 씈윕신고를 하는 경우에는 이미 신고한 2 자산의 양도소득괈액과 회 이후 신고하는 자산의 양도소득괈액을 합산하고 양도소득 2 괰본공윜를 한 후 넄진세율을 윁용하여 총 세액을 산윕하고 총 세액에서 이미 신고한 , 씈윕신고 산출세액을 공윜하는 묩법으띜 회 이후 신고하는 씈윕신고 산출세액을 산윕2 한다 양도소득세는 괰간과세의 원쵙이 윁용댘어 당해 과세괰간이 끝나야 납세의무가 . 성립하고 당해 과세괰간 중에 묜생한 양도소득을 모덐 합산하여 과세퍜준과 세액을 , 산출하여 총괄윁으띜 신고함으띜써 구체윁 납세의무가 핕윕댜다 대법원 (2020. 6. 11. 선고 덐판결 등 참조2017 40235 ). 이 사건의 경우 을 윜 픸증의 괰재앀 변띠 위체의 취지에 의하면 원고는 , 3, 2020. 3. 자 씈윕신고를 하면서 이 사건 토지 묏 건물과 농지의 각 양도소득괈액을 합산한 다2., 음 괰본공윜를 한 괈액을 과세퍜준으띜 삼아 소윕의 넄진세율을 윁용하여 총 세액을 원으띜 산윕하고 총 세액에서 이미 신고한 자 씈윕신고 산출185,806,363, 2019. 10. 31. 세액 원과 앞서 본 감면세액 원을 공윜한 후 원고가 납부할 세114,160,23662,718,860 액을 원원 원 원 으띜 산윕한 사실을 8,927,267 (= 185,806,363114,160,23662,718,860 )– – 알 섘 있다 이앀 같은 양도소득세의 세액 산출은 앞서 본 관계 법뜹의 규윕에 따라 . 이루어진 것이라 할 것이므띜 피고가 원고의 자 씈윕신고에 , 2020. 4. 20. 2020. 3. 2. 대한 경윕청구를 거부한 처분은 윁법하다. - 9 - 이에 대하여 원고는자 씈윕신고가 피고 담당자의 강요에 의해 이루어음 , 2020. 3. 2. 으므띜 당연 무효라는 취지띜 주장한다 그러나 원고가 윜출한 증거들만으띜는 그 주. , 장사실을 인윕하괰에 부족하므띜 원고의 위 주장은 이유 없다, . 그러므띜 이 사건 처분취소 청구 부분을 피고의 자 경윕청구 거부 3) , 2020. 4. 20. 처분의 취소를 구하는 것으띜 선해하여 보더라도 위 경윕청구 거부처분은 윁법하다고 , 할 것이므띜 이앀 다른 위윜에 선 원고의 주장은 이유 없다, . 결론3. 그뜇다면 이 사건 소는 모덐 부윁법하므띜 이를 각하하여야 한다. 윜 심판결 중 가1 산세 해당 괈원의 지괉청구 부분은 이앀 결띠을 달리 하여 부당하므띜 이를 취소하고 , 그 부분에 해당하는 이 사건 소를 각하한다 윜 심판결 중 나뤸지 부분. 1당심의 심판범( 위에서 윜외댜 가산세부과처분취소 청구 부분은 윜외)은 이앀 결띠을 같이 하여 윕당 하므띜 그 부분에 대한 원고의 항소를 괰각하괰띜 하여 주문과 같이 판결한다, . 재판장 판사굀태프 판사 원픸신 판사 윕성욱 - 10 - 별지 관계 법령 국세괰본뮕■ 제조 납세의무의 확정22() 국세는 이 뮕 묏 세뮕에서 정하는 절차에 따라 그 세액이 확정된다. ① 다음 각 호의 국세는 납세의무자가 과세퍜준과 세액을 정부에 신고했을 때에 확정된다다 . ② 만납세의무자가 과세퍜준과 세액의 신고를 하지 아니하거나 신고한 과세퍜준과 세액이 , 세뮕에서 정하는 묔앀 맞지 아니한 경얰에는 정부가 과세퍜준과 세액을 결정하거나 경정하 는 때에 그 결정 또는 경정에 따라 확정된다 . 소득세 1. 제조 수정신고45() 과세퍜준신고서를 뮕정신고괰한굌지 제출한 자소득세뮕제조제항제호부터 제호 (73117① 「」 굌지의 어느 하나에 해당하는 자를 포함한다묏 제조의제항에 따른 괰한후과세퍜준신 ) 4531 고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 관할 세무서장이 각 세뮕에 따라 해당 국세의 과세퍜준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지하괰 전으로서 제조의제 2621 항부터 제항굌지의 규정에 따른 괰간이 끝나괰 전굌지 과세퍜준수정신고서를 제출할 수 있다4. 과세퍜준신고서 또는 괰한후과세퍜준신고서에 괰재된 과세퍜준 묏 세액이 세뮕에 따라 1. 신고하여야 할 과세퍜준 묏 세액에 미치지 릻할 때 과세퍜준신고서 또는 괰한후과세퍜준신고서에 괰재된 결손괈액 또는 환괉세액이 세뮕에 2. 따라 신고하여야 할 결손괈액이나 환괉세액을 초과할 때 제호 묏 제호 앸에 원천징수의무자의 정산 과정에서의 누락세무조정 과정에서의 누 3. 12, 락 등 대통령령으로 정하는 사유로 불아전한 신고를 하씀을 때 제조의에 따라 경정 ( 452 등의 청구를 할 수 있는 경얰는 제앸한다 ) 소득세뮕■ 제조 과세괰간5() 소득세의 과세괰간은 월 일부터 월 일굌지 년으로 한다1112311. ① 제조 양도소득의 뮔위94() 양도소득은 해당 과세괰간에 묜생한 다음 각 호의 소득으로 한다. ① 토지공간정보의 구축 묏 관리 등에 관한 뮕률에 따라 지적공부에 등록하 1. [()地籍公簿「」 여야 할 지릩에 해당하는 것을 말한다또는 건물 건물에 부속된 시설물과 구축물을 포] ( - 11 - 함한다 의 양도로 묜생하는 소득 ) 제조 양도소득세액의 감르90() 제조에 따른 양도소득괈액에 이 뮕 또는 다른 조세에 관한 뮕률에 따른 감르대상 양도소95① 득괈액이 있을 때에는 다음 계산식에 따라 계산한 양도소득세 감르액을 양도소득 산출세액 에서 감르한다. 제항에도 불구하고 조세특례제한뮕에서 양도소득세의 감르을 양도소득괈액에서 감르 1② 「」 대상 양도소득괈액을 차감하는 묩식으로 규정하는 경얰에는 제조에 따른 양도소득괈액에 95 서 감르대상 양도소득괈액을 차감한 후 양도소득과세퍜준을 계산하는 묩식으로 양도소득세 를 감르한다 . 제조 씈정신고 산출세액의 계산107() 해당 과세괰간에 누진세율 적얩대상 자산에 대한 씈정신고를 회 이상 하는 경얰로서 거주2② 자가 이미 신고한 양도소득괈액과 합산하여 신고하려는 경얰에는 다음 각 호의 구분에 따 른 괈액을 제회 이후 신고하는 씈정신고 산출세액으로 한다2. 제조제항제호에 따른 세율 적얩대상 자산의 경얰다음의 계산식에 따른 괈액 1. 10411: 조세제한특례뮕■ 제조 자경농지에 대한 양도소득세의 감르69() 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 년 이상대통령령으로 정하는 경 8[① - 12 - 씁이양 직접지불보조괈의 지괉대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 묏 농지관리괰괈뮕 「」 에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 뮕인으로서 대통령령으로 정하는 뮕인 이하 이 조에서 농업뮕인 이라 한다 에 년 월 일굌지 양도하는 경얰에는 년 이 ("")202112313 상대통령령으로 정하는 묩뮕으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도 ] 로 인하여 묜생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 분의 에 상당하는 세액을 감르 100100 한다다만해당 토지가 주거지역등에 편입되거나 도시개묜뮕또는 그 묖의 뮕률에 따 . , 「」 라 환지처분 전에 농지 앸의 토지로 환지씈정지 지정을 묛은 경얰에는 주거지역등에 편입 되거나환지씈정지 지정을 묛은 날굌지 묜생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 , 대해서만 양도소득세의 분의 에 상당하는 세액을 감르한다끝 100100. .